Logo Search packages:      
Sourcecode: python-biopython version File versions  Download package

Class Index

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _

  A  
Dot (Martel::Expression)   LineDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   QueensCrossover (test_GAQueens)   Statistics (Bio::Wise::dnal)   
AbstractCommandline (Bio::Application)   DSSP (Bio::PDB::DSSP)   Link (Bio::EUtils::Datatypes)   QueensMutation (test_GAQueens)   SteadyStateEvolver (Bio::GA::Evolver)   
AbstractConsumer (Bio::ParserSupport)   
  E  
LinkSetDb (Bio::EUtils::Datatypes)   QueensRepair (test_GAQueens)   StepMatrix (Bio::Nexus::Nexus)   
AbstractCut (Bio::Restriction::Restriction)   ECellError (Bio::ECell)   LinksLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Query (Bio::DocSQL)   StopTrainingTest (test_NNGeneral)   
AbstractDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   EConsenseCommandline (Bio::Emboss::Applications)   ListParser (Bio::SwissProt::KeyWList)   
  R  
Structure (Bio::PDB::Structure)   
AbstractLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   EInvertedCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LoaderTest (test_BioSQL)   RadialBasisFunctionKernel (Bio::SVM)   StructureAlignment (Bio::PDB::StructureAlignment)   
AbstractParser (Bio::ParserSupport)   ENeighborCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Location (Bio::GFF::easy)   RandomMotifGenerator (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   StructureBuilder (Bio::PDB::StructureBuilder)   
AbstractPosition (Bio::SeqFeature)   Entity (Bio::PDB::Entity)   Location (Bio::Mindy::Location)   RandomSequenceTest (test_HotRand)   Summary (Bio::EUtils::Datatypes)   
AbstractSelection (Bio::GA::Selection::Abstract)   EnzymeComparison (test_Restriction)   LocationFromCoords (Bio::GFF::easy)   Range (Bio::EUtils::Datatypes)   SummaryInfo (Bio::Align::AlignInfo)   
AbstractSelectionTest (test_GASelection)   EProtDistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LocationFromString (Bio::GFF::easy)   Reaction (Bio::Pathway)   Superimposer (Bio::PDB::Superimposer)   
AbstractTrainer (Bio::HMM::Trainer)   EProtParsCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LocationJoin (Bio::GFF::easy)   ReadTest (test_BioSQL)   Surrogate (Bio::GFF::GenericTools)   
ACEFileRecord (Bio::Sequencing::Ace)   Error (Bio::Crystal)   LocationParserError (Bio::GenBank)   Record (Bio::Compass)   SVDSuperimposer (Bio::SVDSuperimposer::SVDSuperimposer)   
ACEParser (Bio::Sequencing::Ace)   Error (Bio::Geo)   LogDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   Record (Bio::Geo::Record)   SVM (Bio::SVM)   
affine_penalty (Bio::pairwise2)   Error (Bio::ECell)   LogisticRegression (Bio::LogisticRegression)   Record (Bio::GenBank::Record)   System (Bio::Pathway)   
AfterPosition (Bio::SeqFeature)   ErrorParser (Bio::GenBank)   LowQualityBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   Record (Bio::Sequencing::Phd)   
  T  
align (Bio::pairwise2)   ESeqBootCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
  M  
Record (Bio::CDD::Record)   TaggingConsumer (Bio::ParserSupport)   
align::alignment_function (Bio::pairwise2)   Est2GenomeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   make_cached_expression (Bio::config::_support)   Record (Bio::ECell::Record)   Task (Bio::MultiProc::Task)   
AlignAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   ETandemCommandline (Bio::Emboss::Applications)   make_rate_limited_function (Bio::config::_support)   Record (Bio::Fasta)   TelomereSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
AlignAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   EUtilsDB (Bio::config::DBRegistry)   make_timed_function (Bio::config::_support)   Record (Bio::Prosite::Prodoc)   Term (Bio::EUtils::Datatypes)   
AlignAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   EUtilsError (Bio::EUtils::Datatypes)   MarkovModelBuilder (Bio::HMM::MarkovModel)   Record (Bio::SCOP::Cla)   test_biopython (setup)   
AlignAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   EUtilsSearchError (Bio::EUtils::Datatypes)   MASTParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::KEGG::Enzyme)   TestAlphabet (test_GAOrganism)   
Alignment (Bio::Blast::Record)   EventGenerator (Bio::ParserSupport)   MASTRecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::Saf::Record)   TestAlphabet (test_GAMutation)   
Alignment (Bio::Align::Generic)   EventGeneratorTest (test_ParserSupport)   MatchSequenceTest (test_ais)   Record (Bio::SCOP::Hie)   TestAlphabet (test_GASelection)   
Alt (Martel::Expression)   Everything (Martel::RecordReader)   MaxEntropy (Bio::MaxEntropy)   Record (Bio::Rebase)   TestAlphabet (test_GACrossover)   
Ambiguous (Bio::Restriction::Restriction)   ExactPosition (Bio::SeqFeature)   MEMEMotif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::KEGG::Compound)   TestAlphabet (test_GARepair)   
AmbiguousRepair (Bio::GA::Repair::Stabilizing)   ExampleManager (Bio::NeuralNetwork::Training)   MEMEParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::IntelliGenetics::Record)   TestConsumer (test_ParserSupport)   
AmbiguousRepairTest (test_GARepair)   ExampleManagerTest (test_NNGeneral)   MEMERecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::SCOP::Dom)   TestCrossover (test_GACrossover)   
And (Bio::EUtils::Datatypes)   ExPASyDictionary (Bio::SwissProt::SProt)   Meth_Dep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::Prosite)   TestMutator (test_GAMutation)   
AnyEol (Martel::Expression)   ExPASyDictionary (Bio::Prosite::Prodoc)   Meth_Undep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::Medline)   TextLikeMixin (Bio::config::DBRegistry)   
AppendableListDictionary (Bio::GFF::GenericTools)   ExPASyDictionary (Bio::Prosite)   Model (Bio::PDB::Model)   Record (Bio::MetaTool::Record)   ThinClient (Bio::EUtils::ThinClient)   
ApplicationResult (Bio::Application)   Expression (Martel::Expression)   MostCountSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Record (Bio::NBRF::Record)   TkTestRunner (unittestgui)   
ArgsParser (Bio::GFF::GenericTools)   Expression (Bio::EUtils::Datatypes)   Motif (Bio::AlignAce::Motif)   Record (Bio::Kabat::Record)   TournamentSelection (Bio::GA::Selection::Tournament)   
Astral (Bio::SCOP)   ExpressionList (Martel::Expression)   Motif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::Gobase)   TournamentSelectionTest (test_GASelection)   
AtBeginning (Martel::Expression)   
  F  
MotifCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   Record (Bio::SwissProt::SProt)   TrainingExample (Bio::NeuralNetwork::Training)   
AtEnd (Martel::Expression)   FastaAlignment (Bio::Fasta::FastaAlign)   MotifCoderTest (test_NNGene)   Record (Bio::SCOP::Des)   TrainingSequence (Bio::HMM::Trainer)   
  B  
FastacmdCommandline (Bio::Blast::Applications)   MotifFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   RecordParser (Bio::LocusLink)   TranalignCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
BadMatrix (Bio::SubsMat)   Feature (Bio::GFF)   MotifFinderTest (test_NNGene)   RecordParser (Bio::Geo)   TransductiveTrainer (Bio::SVM)   
BarChartDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   Feature (Bio::GenBank::Record)   MultiGraph (Bio::Pathway::Rep::MultiGraph)   RecordParser (Bio::IntelliGenetics)   Tree (Bio::Nexus::Trees)   
BarChartTest (test_GraphicsDistribution)   FeatureAggregate (Bio::GFF)   MultipleAlignCL (Bio::Clustalw)   RecordParser (Bio::GenBank)   TwoCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   
BaseDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   FeatureDict (Bio::GFF::easy)   MultipleAlignment (Bio::Blast::Record)   RecordParser (Bio::Sequencing::Ace)   TwoCuts (Bio::Restriction::Restriction)   
BaseGUITestRunner (unittestgui)   FeatureLocation (Bio::SeqFeature)   MutationHelper (test_GAMutation)   RecordParser (Bio::SwissProt::SProt)   TwoPointCrossover (Bio::GA::Crossover::TwoPoint)   
BaseSeqRecordIndexer (Bio::Mindy::SimpleSeqRecord)   FeatureParser (Bio::GenBank)   my_install (Martel::setup)   RecordParser (Bio::Fasta)   TwoPointTest (test_GACrossover)   
BasicNetwork (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Network)   FeatureQuery (Bio::GFF)   
  N  
RecordParser (Bio::Kabat)   TypeCompiler (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   
BaumWelchTrainer (Bio::HMM::Trainer)   FeatureQueryRow (Bio::GFF)   NaiveBayes (Bio::NaiveBayes)   RecordParser (Bio::Saf)   
  U  
BeforePosition (Bio::SeqFeature)   FeatureValueCleaner (Bio::GenBank::utils)   NCBIDictionary (Bio::GenBank)   RecordParser (Bio::Prosite::Prodoc)   UndoHandle (Bio::File)   
BetweenPosition (Bio::SeqFeature)   FileIndex (Bio::SCOP::FileIndex)   NdbParser (Bio::Ndb)   RecordParser (Bio::Prosite)   UniformCrossover (Bio::GA::Crossover::Uniform)   
Biblio (Bio::biblio)   FixDocumentBuilder (Bio::Mindy::SimpleSeqRecord)   NeighborLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   RecordParser (Bio::CDD)   UniformTest (test_GACrossover)   
BiblioCollection (Bio::biblio)   FormatConverter (Bio::Align::FormatConvert)   NeighborSearch (Bio::PDB::NeighborSearch)   RecordParser (Martel::Parser)   Unknown (Bio::Restriction::Restriction)   
BinaryOp (Bio::EUtils::Datatypes)   FormatGroup (Bio::config::FormatRegistry)   NetCatch (Bio::NetCatch)   RecordParser (Bio::NBRF)   UnorderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   
BioCorbaDB (Bio::config::DBRegistry)   FormatObject (Bio::config::FormatRegistry)   Network (Bio::Pathway)   RecordParser (Bio::Gobase)   
  V  
BioSQLAdapterDictionary (biocorba_sql_server)   FormatRegistry (Bio::config::FormatRegistry)   newenzyme (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   RecordParser (Bio::ECell)   ValidationError (Bio::EUtils::POM)   
BioSQLDB (Bio::config::DBRegistry)   FormattedSeq (Bio::Restriction::Restriction)   NoCrossover (test_GASelection)   RecordParser (Bio::MetaTool)   ValidationIncreaseStop (Bio::NeuralNetwork::StopTraining)   
Blast (Bio::Blast::Record)   FourPointTest (test_GACrossover)   NoCut (Bio::Restriction::Restriction)   RecordParser (Bio::Medline)   
  W  
BlastallCommandline (Bio::Blast::Applications)   Fragment (Bio::PDB::FragmentMapper)   Node (Bio::SCOP)   RecordParser (Bio::Rebase)   WaterCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
BlastErrorParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FragmentMapper (Bio::PDB::FragmentMapper)   Node (Bio::Nexus::Nodes)   RecordParser (Bio::Compass)   WithinNDays (Bio::EUtils::Datatypes)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   Fragments (Bio::EUtils::POM)   NodeData (Bio::Nexus::Trees)   RecordParser (Bio::Sequencing::Phd)   WithinPosition (Bio::SeqFeature)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIXML)   FSSPSumRec (Bio::FSSP)   NoMutation (test_GASelection)   Reference (Bio::SeqFeature)   
  _  
BlastParser (Bio::Blast::NCBIWWW)   FunctionIndexer (Bio::Mindy::SimpleSeqRecord)   NonPalindromic (Bio::Restriction::Restriction)   Reference (Bio::SwissProt::SProt)   _AbstractHSExposure (Bio::PDB::HSExposure)   
Block (Bio::Nexus::Nexus)   FuzznucCommandline (Bio::Emboss::Applications)   NoRepair (test_GASelection)   Reference (Bio::Prosite::Prodoc)   _AbstractParameter (Bio::Application)   
Blunt (Bio::Restriction::Restriction)   
  G  
NoSelection (test_GASelection)   Reference (Bio::GenBank::Record)   _AlignCreator (Bio::Clustalw)   
  C  
GenBankRetrievalTest (test_Registry)   Not (Bio::EUtils::Datatypes)   RegisterableGroup (Bio::config::Registry)   _Argument (Bio::Application)   
CaPPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   GeneralPointCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   Not_available (Bio::Restriction::Restriction)   RegisterableObject (Bio::config::Registry)   _BaseGenBankConsumer (Bio::GenBank)   
CAPSMap (Bio::CAPS)   GenerationEvolver (Bio::GA::Evolver)   NotDefined (Bio::Restriction::Restriction)   Registry (Bio::config::Registry)   _ChromosomeComponent (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
CelParser (Bio::Affy::CelFile)   GeneRecord (Bio::Gobase)   Nothing (Martel::RecordReader)   RegressionTest (run_tests)   _Consumer (Bio::KEGG::Map)   
CelRecord (Bio::Affy::CelFile)   GeneticAlgorithmFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   NumberAlphabet (test_HMMGeneral)   Res (Bio::SCOP::Raf)   _Consumer (Bio::KEGG::Enzyme)   
CelScanner (Bio::Affy::CelFile)   GeoError (Bio::Geo)   
  O  
ReseekFile (Bio::EUtils::ReseekFile)   _Consumer (Bio::KEGG::Compound)   
CGIDB (Bio::config::DBRegistry)   Graph (Bio::Pathway::Rep::Graph)   ObjUrl (Bio::EUtils::Datatypes)   Residue (Bio::PDB::Residue)   _ContentModelGenerator (Bio::EUtils::POM)   
Chain (Bio::Nexus::Nodes)   GUITestResult (unittestgui)   OneCut (Bio::Restriction::Restriction)   ResidueDepth (Bio::PDB::ResidueDepth)   _FastaFunctionIndexer (Bio::Fasta)   
ChainSelector (Bio::PDB::Dice)   
  H  
OneOfPosition (Bio::SeqFeature)   Residues (Bio::SCOP::Residues)   _FastaTitleIndexer (Bio::Fasta)   
CharBuffer (Bio::Nexus::Nexus)   HashSet (Bio::Pathway::Rep::HashSet)   Or (Bio::EUtils::Datatypes)   RestrictionBatches (test_Restriction)   _FeatureConsumer (Bio::GenBank)   
CheckLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Header (Bio::Blast::Record)   OrderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   RestrictionType (Bio::Restriction::Restriction)   _FormParser (Bio::Blast::NCBIWWW)   
Chromosome (Bio::Graphics::BasicChromosome)   HeaderFooterParser (Martel::Parser)   Organism (Bio::Graphics::BasicChromosome)   ResultChecker (test_CAPS)   _IndexerHandler (Bio::Medline::NLMMedlineXML)   
ChromosomeCounts (Bio::Graphics::DisplayRepresentation)   Hetero (Bio::Crystal)   Organism (Bio::GA::Organism)   RetrieveSeqname (Bio::GFF)   _InMemoryIndex (Bio::Index)   
ChromosomeCountTest (test_GraphicsChromosome)   HexConversionTest (test_HotRand)   OrganismGraphicTest (test_GraphicsChromosome)   RollbackImporter (unittestgui)   _ListConsumer (Bio::SwissProt::KeyWList)   
ChromosomeSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   HiddenMarkovModel (Bio::HMM::MarkovModel)   OrganismTest (test_GAOrganism)   RouletteWheelSelection (Bio::GA::Selection::RouletteWheel)   _MartelBaseFastaParser (Bio::Fasta)   
Citation (Bio::Medline::NLMMedlineXML)   HistoryClientTest (test_EUtils)   Ov3 (Bio::Restriction::Restriction)   RouletteWheelSelectionTest (test_GASelection)   _MASTConsumer (Bio::MEME::Parser)   
CitationParser (Bio::Medline::NLMMedlineXML)   HistoryCookie (Bio::EUtils::HistoryClient)   Ov5 (Bio::Restriction::Restriction)   Round (Bio::Blast::Record)   _MASTScanner (Bio::MEME::Parser)   
ClustalAlignment (Bio::Clustalw)   HistoryLookup (Bio::EUtils::HistoryClient)   OverhangError (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   run_install_tests (Martel::setup)   _MEMEConsumer (Bio::MEME::Parser)   
CodonAdaptationIndex (Bio::SeqUtils::CodonUsage)   HistoryRecord (Bio::EUtils::HistoryClient)   
  P  
run_local_tests (Martel::setup)   _MEMEScanner (Bio::MEME::Parser)   
Commandline (Bio::Nexus::Nexus)   HSExposureCA (Bio::PDB::HSExposure)   PalindromeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
  S  
_Option (Bio::Application)   
ComparativeScatterPlot (Bio::Graphics::Comparative)   HSExposureCB (Bio::PDB::HSExposure)   Palindromic (Bio::Restriction::Restriction)   SafeFitnessCrossover (Bio::GA::Crossover::General)   _PickleHandle (Bio::MultiProc::copen)   
ComparativeTest (test_GraphicsGeneral)   HSP (Bio::Blast::Record)   Parameters (Bio::Blast::Record)   SafeFitnessMutation (Bio::GA::Mutation::General)   _PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   
CompareAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   HyperbolicTangentKernel (Bio::SVM)   Parser (Bio::SCOP::Des)   SafeFitnessTest (test_GACrossover)   _Primer3RecordConsumer (Bio::Emboss::Primer)   
CompareAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   
  I  
Parser (Bio::SCOP::Cla)   SafeFitnessTest (test_GAMutation)   _Primer3Scanner (Bio::Emboss::Primer)   
CompareAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   IdCheck (Bio::EUtils::Datatypes)   Parser (Bio::SCOP::Raf)   ScaledDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   _PrimerSearchRecordConsumer (Bio::Emboss::Primer)   
CompareAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   identity_match (Bio::pairwise2)   Parser (Martel::Parser)   Scheduler (Bio::MultiProc::Scheduler)   _PrimerSearchScanner (Bio::Emboss::Primer)   
Connection (Bio::GFF)   IdUrlSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Parser (Bio::KEGG::Map)   Schema (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _ProcHandle (Bio::MultiProc::copen)   
ContentModel (Bio::EUtils::POM)   Immune (Bio::Ais)   Parser (Bio::KEGG::Compound)   SchemaCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::Geo)   
Contig (Bio::Sequencing::Ace)   ImmuneTest (test_ais)   Parser (Bio::KEGG::Enzyme)   SchemaCoderTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
ConversionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   InDepthLoadTest (test_BioSQL)   Parser (Bio::SCOP::Hie)   SchemaDNAAlphabet (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Phd)   
ConversionTest (test_GAMutation)   Index (Bio::SCOP::Cla)   Parser (Bio::SCOP::Dom)   SchemaFactory (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::GenBank)   
ConvertDispatchHandler (Bio::StdHandler)   IndexedFileDB (Bio::config::DBRegistry)   ParserException (Martel::Parser)   SchemaFactoryTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Ace)   
ConvertHandler (Bio::StdHandler)   install_biopython (setup)   ParserFailureError (Bio::GenBank)   SchemaFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::Saf)   
CountLines (Martel::RecordReader)   Instance (Bio::MEME::Motif)   ParserRecordException (Martel::Parser)   SchemaFinderTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::Rebase)   
CplusplusExtension (setup)   Interaction (Bio::Pathway)   PatternHit (Bio::Prosite)   SchemaMatchingTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::Prosite::Prodoc)   
CreatePopulationTest (test_GAOrganism)   InterleaveCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   PatternIO (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SchemaTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::Prosite)   
CrystalError (Bio::Crystal)   InterleaveTest (test_GACrossover)   PatternIOTest (test_NNGene)   Scop (Bio::SCOP)   _RecordConsumer (Bio::CDD)   
  D  
InterProParser (Bio::InterPro)   PatternRepository (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SearchResult (Bio::EUtils::Datatypes)   _RecordConsumer (Bio::NBRF)   
DatabaseDict (Bio::EUtils::Config)   Iterator (Bio::Gobase)   PatternRepositoryTest (test_NNGene)   Segment (Bio::GFF)   _RecordConsumer (Bio::MetaTool)   
DatabaseInfo (Bio::EUtils::Config)   Iterator (Bio::IntelliGenetics)   PDBIO (Bio::PDB::PDBIO)   Select (Bio::PDB::PDBIO)   _RecordConsumer (Bio::Medline)   
DatabaseLoader (BioSQL::Loader)   Iterator (Bio::Geo)   PDBList (Bio::PDB::PDBList)   Seq (Martel::Expression)   _RecordConsumer (Bio::ECell)   
DatabaseRemover (BioSQL::Loader)   Iterator (Bio::SwissProt::SProt)   PDBParser (Bio::PDB::PDBParser)   SeqDBRegistry (Bio::config::SeqDBRegistry)   _RecordConsumer (Bio::LocusLink)   
DatabaseReport (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Sequencing::Phd)   Pgdb_dbutils (BioSQL::DBUtils)   SeqFeature (Bio::SeqFeature)   _RecordConsumer (Bio::Kabat)   
Date (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::Sequencing::Ace)   PolynomialKernel (Bio::SVM)   SeqInterfaceTest (test_BioSQL)   _RecordConsumer (Bio::IntelliGenetics)   
DateRange (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::GenBank)   Polypeptide (Bio::PDB::Polypeptide)   SeqMap (Bio::SCOP::Raf)   _RecordConsumer (Bio::Gobase)   
DBGroup (Bio::config::DBRegistry)   Iterator (Bio::SCOP::Raf)   PositionGap (Bio::SeqFeature)   SeqMapIndex (Bio::SCOP::Raf)   _Scanner (Bio::SwissProt::SProt)   
DBIds (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::Compass)   PostResult (Bio::EUtils::Datatypes)   SeqMat (Bio::SubsMat)   _Scanner (Bio::Geo)   
DBIdsClient (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Hie)   PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   SequenceDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::SwissProt::KeyWList)   
DBIdsLookup (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Dom)   Primer3Commandline (Bio::Emboss::Applications)   SequenceDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::GenBank)   
DBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Des)   Primer3Parser (Bio::Emboss::Primer)   SequenceDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::Sequencing::Phd)   
DBObject (Bio::config::DBRegistry)   Iterator (Bio::SCOP::Cla)   Primer3Primers (Bio::Emboss::Primer)   SequenceParser (Bio::SwissProt::SProt)   _Scanner (Bio::Sequencing::Ace)   
DBRegistry (Bio::config::DBRegistry)   Iterator (Bio::Saf)   Primer3Record (Bio::Emboss::Primer)   SequenceParser (Bio::Fasta)   _Scanner (Bio::Saf)   
DBSeqRecord (BioSQL::BioSeq)   Iterator (Bio::Fasta)   PrimerSearchAmplifier (Bio::Emboss::Primer)   SequenceRecord (Bio::Gobase)   _Scanner (Bio::Compass)   
Defined (Bio::Restriction::Restriction)   Iterator (Bio::Rebase)   PrimerSearchCommandline (Bio::Emboss::Applications)   SGMLExtractorHandle (Bio::SGMLExtractor)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
Description (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Prosite::Prodoc)   PrimerSearchInputRecord (Bio::Emboss::Primer)   SGMLHandle (Bio::File)   _Scanner (Bio::Rebase)   
Dictionary (Bio::Gobase)   Iterator (Bio::Prosite)   PrimerSearchInputTest (test_EmbossPrimer)   SGMLStrippingConsumer (Bio::ParserSupport)   _Scanner (Bio::Prosite::Prodoc)   
Dictionary (Bio::SwissProt::SProt)   Iterator (Bio::CDD)   PrimerSearchOutputRecord (Bio::Emboss::Primer)   ShortQueryBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   _Scanner (Bio::Prosite)   
Dictionary (Bio::GenBank)   Iterator (Bio::Blast::NCBIStandalone)   PrimerSearchParser (Bio::Emboss::Primer)   SignatureCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::Enzyme)   
Dictionary (Bio::Fasta)   Iterator (Bio::NBRF)   print_debug (Martel::Generate)   SignatureCoderTest (test_NNGene)   _Scanner (Bio::CDD)   
Dictionary (Bio::Rebase)   Iterator (Bio::ECell)   print_info (Martel::Generate)   SignatureFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::NBRF)   
Dictionary (Bio::PubMed)   Iterator (Bio::MetaTool)   PrintFormat (Bio::Restriction::PrintFormat)   SignatureFinderTest (test_NNGene)   _Scanner (Bio::MetaTool)   
Dictionary (Bio::Prosite::Prodoc)   Iterator (Bio::Medline)   Problem (Bio::EUtils::Datatypes)   SimpleEnzyme (test_Restriction)   _Scanner (Bio::ECell)   
Dictionary (Bio::Prosite)   Iterator (Bio::LocusLink)   ProgressBar (unittestgui)   SimpleFinisher (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _Scanner (Bio::Medline)   
dictionary_match (Bio::pairwise2)   Iterator (Bio::KEGG::Map)   ProteinAnalysis (Bio::SeqUtils::ProtParam)   SimpleIndexer (Bio::Mindy::SimpleSeqRecord)   _Scanner (Bio::LocusLink)   
DifferentialCutsite (Bio::CAPS)   Iterator (Bio::KEGG::Enzyme)   ProteinRecord (Bio::Gobase)   SinglePointCrossover (Bio::GA::Crossover::Point)   _Scanner (Bio::KEGG::Map)   
DifferentialSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Iterator (Bio::KEGG::Compound)   Provider (Bio::EUtils::Datatypes)   SinglePointTest (test_GACrossover)   _Scanner (Bio::KEGG::Enzyme)   
DisorderedAtom (Bio::PDB::Atom)   Iterator (Bio::Kabat)   PSIBlast (Bio::Blast::Record)   SinglePositionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   _Scanner (Bio::KEGG::Compound)   
DisorderedEntityWrapper (Bio::PDB::Entity)   
  K  
PSIBlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   SinglePositionTest (test_GAMutation)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIWWW)   
DisorderedResidue (Bio::PDB::Residue)   KDTree (Bio::KDTree::KDTree)   PSSM (Bio::Align::AlignInfo)   SMOTrainer (Bio::SVM)   _Scanner (Bio::Kabat)   
Dispatcher (Martel::Dispatch)   KeerthiTrainer (Bio::SVM)   PublicationDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SourceGen (Bio::EUtils::sourcegen)   _Scanner (Bio::IntelliGenetics)   
DistributionPage (Bio::Graphics::Distribution)   kNN (Bio::kNN)   PublicationDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SparseLinearKernel (Bio::SVM)   _Scanner (Bio::Gobase)   
DiversitySelection (Bio::GA::Selection::Diversity)   KnownStateTrainer (Bio::HMM::Trainer)   PublicationDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SparsePolynomialKernel (Bio::SVM)   _SequenceConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
DiversitySelectionTest (test_GASelection)   
  L  
PublicationFetchMixin (Bio::EUtils::Mixins)   SparseRadialBasisFunctionKernel (Bio::SVM)   _ShelveIndex (Bio::Index)   
DNAStrand (test_MarkovModel)   LetterAlphabet (test_HMMGeneral)   
  Q  
Stanza (Bio::config::_stanzaformat)   _XMLparser (Bio::Blast::NCBIXML)   
Domain (Bio::SCOP)   LinearKernel (Bio::SVM)   Qualifier (Bio::GenBank::Record)   StanzaFormat (Bio::config::_stanzaformat)   

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _


Generated by  Doxygen 1.6.0   Back to index