Logo Search packages:      
Sourcecode: python-biopython version File versions

Class Index

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _

  A  
DisorderedEntityWrapper (Bio::PDB::Entity)   Iterator (Bio::ECell)   PublicationDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SimpleFinisher (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   
AbstractCommandline (Bio::Application)   DisorderedResidue (Bio::PDB::Residue)   Iterator (Bio::Blast::NCBIStandalone)   PublicationDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SimpleIndexer (Bio::Mindy::SimpleSeqRecord)   
AbstractConsumer (Bio::ParserSupport)   Dispatcher (Martel::Dispatch)   Iterator (Bio::NBRF)   PublicationFetchMixin (Bio::EUtils::Mixins)   SinglePointCrossover (Bio::GA::Crossover::Point)   
AbstractCut (Bio::Restriction::Restriction)   DistributionPage (Bio::Graphics::Distribution)   Iterator (Bio::MetaTool)   
  Q  
SinglePointTest (test_GACrossover)   
AbstractDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   DiversitySelection (Bio::GA::Selection::Diversity)   Iterator (Bio::LocusLink)   qa (Bio::Sequencing::Ace)   SinglePositionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   
AbstractLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   DiversitySelectionTest (test_GASelection)   Iterator (Bio::IntelliGenetics)   Qualifier (Bio::GenBank::Record)   SinglePositionTest (test_GAMutation)   
AbstractParser (Bio::ParserSupport)   DNAStrand (test_MarkovModel)   Iterator (Bio::Gobase)   QueensCrossover (test_GAQueens)   SourceGen (Bio::EUtils::sourcegen)   
AbstractPosition (Bio::SeqFeature)   Domain (Bio::SCOP)   
  K  
QueensMutation (test_GAQueens)   SplitFDist (Bio::PopGen::FDist::Async)   
AbstractSelection (Bio::GA::Selection::Abstract)   Dot (Martel::Expression)   KDTree (Bio::KDTree::KDTree)   QueensRepair (test_GAQueens)   Stanza (Bio::config::_stanzaformat)   
AbstractSelectionTest (test_GASelection)   ds (Bio::Sequencing::Ace)   kNN (Bio::kNN)   Query (Bio::DocSQL)   StanzaFormat (Bio::config::_stanzaformat)   
AbstractTrainer (Bio::HMM::Trainer)   DSSP (Bio::PDB::DSSP)   KnownStateTrainer (Bio::HMM::Trainer)   
  R  
Statistics (Bio::Wise::dnal)   
ACEFileRecord (Bio::Sequencing::Ace)   
  E  
  L  
RandomMotifGenerator (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   SteadyStateEvolver (Bio::GA::Evolver)   
ACEParser (Bio::Sequencing::Ace)   ECellError (Bio::ECell)   LetterAlphabet (test_HMMGeneral)   RandomSequenceTest (test_HotRand)   StepMatrix (Bio::Nexus::Nexus)   
AceTestThree (test_Ace)   EConsenseCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LineDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   Range (Bio::EUtils::Datatypes)   StockholmIterator (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AceTestTwo (test_Ace)   EFetchTest (test_Entrez)   Link (Bio::EUtils::Datatypes)   rd (Bio::Sequencing::Ace)   StockholmIterator (Bio::SeqIO::StockholmIO)   
af (Bio::Sequencing::Ace)   EGQueryTest (test_Entrez)   LinkSetDb (Bio::EUtils::Datatypes)   Reaction (Bio::Pathway)   StockholmWriter (Bio::SeqIO::StockholmIO)   
affine_penalty (Bio::pairwise2)   EInfoTest (test_Entrez)   LinksLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Reads (Bio::Sequencing::Ace)   StockholmWriter (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AfterPosition (Bio::SeqFeature)   EInvertedCommandline (Bio::Emboss::Applications)   ListParser (Bio::SwissProt::KeyWList)   ReadTest (test_BioSQL)   StopTrainingTest (test_NNGeneral)   
align (Bio::pairwise2)   ELinkTest (test_Entrez)   LoaderTest (test_BioSQL)   Record (Bio::IntelliGenetics::Record)   Structure (Bio::PDB::Structure)   
align::alignment_function (Bio::pairwise2)   EmblScanner (Bio::GenBank::Scanner)   Local (Bio::PopGen::Async::Local)   Record (Bio::PopGen::GenePop)   StructureAlignment (Bio::PDB::StructureAlignment)   
AlignAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   EmbossIterator (Bio::AlignIO::EmbossIO)   Location (Bio::GFF::easy)   Record (Bio::SCOP::Des)   StructureBuilder (Bio::PDB::StructureBuilder)   
AlignAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   EmbossWriter (Bio::AlignIO::EmbossIO)   Location (Bio::Mindy::Location)   Record (Bio::Saf::Record)   Summary (Bio::EUtils::Datatypes)   
AlignAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   ENeighborCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LocationFromCoords (Bio::GFF::easy)   Record (Bio::SwissProt::SProt)   SummaryInfo (Bio::Align::AlignInfo)   
AlignAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   Entity (Bio::PDB::Entity)   LocationFromString (Bio::GFF::easy)   Record (Bio::Compass)   Superimposer (Bio::PDB::Superimposer)   
Alignment (Bio::Align::Generic)   EnzymeComparison (test_Restriction)   LocationJoin (Bio::GFF::easy)   Record (Bio::Geo::Record)   Surrogate (Bio::GFF::GenericTools)   
Alignment (Bio::Blast::Record)   EPostTest (test_Entrez)   LocationParserError (Bio::GenBank)   Record (Bio::Sequencing::Phd)   SVDSuperimposer (Bio::SVDSuperimposer::SVDSuperimposer)   
AlignmentIterator (Bio::AlignIO::Interfaces)   EProtDistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LogDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   Record (Bio::Rebase)   System (Bio::Pathway)   
AlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   EProtParsCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LogisticRegression (Bio::LogisticRegression)   Record (Bio::Medline)   
  T  
Alt (Martel::Expression)   Error (Bio::ECell)   LowQualityBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   Record (Bio::Prosite::Prodoc)   TaggingConsumer (Bio::ParserSupport)   
Ambiguous (Bio::Restriction::Restriction)   Error (Bio::Crystal)   
  M  
Record (Bio::PopGen::FDist)   TelomereSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
AmbiguousRepair (Bio::GA::Repair::Stabilizing)   ESearchTest (test_Entrez)   make_cached_expression (Bio::config::_support)   Record (Bio::SCOP::Dom)   Term (Bio::EUtils::Datatypes)   
AmbiguousRepairTest (test_GARepair)   ESeqBootCommandline (Bio::Emboss::Applications)   make_rate_limited_function (Bio::config::_support)   Record (Bio::SCOP::Hie)   test_biopython (setup)   
And (Bio::EUtils::Datatypes)   ESpellTest (test_Entrez)   MarkovModelBuilder (Bio::HMM::MarkovModel)   Record (Bio::Prosite)   TestAlphabet (test_GARepair)   
AnyEol (Martel::Expression)   Est2GenomeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MASTParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::Fasta)   TestAlphabet (test_GAOrganism)   
AppendableListDictionary (Bio::GFF::GenericTools)   ESummaryTest (test_Entrez)   MASTRecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::NBRF::Record)   TestAlphabet (test_GASelection)   
ApplicationResult (Bio::Application)   ETandemCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MaxEntropy (Bio::MaxEntropy)   Record (Bio::SwissProt::KeyWList)   TestAlphabet (test_GAMutation)   
AppTest (test_PopGen_SimCoal)   EUtilsDB (Bio::config::DBRegistry)   MEMEMotif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::MetaTool::Record)   TestAlphabet (test_GACrossover)   
AppTest (test_PopGen_FDist)   EUtilsError (Bio::EUtils::Datatypes)   MEMEParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::ECell::Record)   TestConsumer (test_ParserSupport)   
ArgsParser (Bio::GFF::GenericTools)   EUtilsSearchError (Bio::EUtils::Datatypes)   MEMERecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::Cluster)   TestCrossover (test_GACrossover)   
Astral (Bio::SCOP)   EventGenerator (Bio::ParserSupport)   Meth_Dep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::KEGG::Compound)   TestMutator (test_GAMutation)   
Async (Bio::PopGen::Async)   EventGeneratorTest (test_ParserSupport)   Meth_Undep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::CDD::Record)   TextLikeMixin (Bio::config::DBRegistry)   
AtBeginning (Martel::Expression)   Everything (Martel::RecordReader)   Model (Bio::PDB::Model)   Record (Bio::GenBank::Record)   ThinClient (Bio::EUtils::ThinClient)   
AtEnd (Martel::Expression)   ExactPosition (Bio::SeqFeature)   MostCountSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Record (Bio::SCOP::Cla)   TkTestRunner (unittestgui)   
  B  
ExampleManager (Bio::NeuralNetwork::Training)   Motif (Bio::AlignAce::Motif)   Record (Bio::KEGG::Enzyme)   TournamentSelection (Bio::GA::Selection::Tournament)   
BadMatrix (Bio::SubsMat)   ExampleManagerTest (test_NNGeneral)   Motif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::Gobase)   TournamentSelectionTest (test_GASelection)   
BarChartDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   ExPASyDictionary (Bio::SwissProt::SProt)   MotifCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   RecordParser (Bio::SwissProt::SProt)   TrainingExample (Bio::NeuralNetwork::Training)   
BarChartTest (test_GraphicsDistribution)   ExPASyDictionary (Bio::Prosite::Prodoc)   MotifCoderTest (test_NNGene)   RecordParser (Bio::NBRF)   TrainingSequence (Bio::HMM::Trainer)   
BaseDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   ExPASyDictionary (Bio::Prosite)   MotifFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   RecordParser (Bio::GenBank)   TranalignCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
BaseGUITestRunner (unittestgui)   Expression (Martel::Expression)   MotifFinderTest (test_NNGene)   RecordParser (Bio::PopGen::FDist)   Tree (Bio::Nexus::Trees)   
BaseSeqRecordIndexer (Bio::Mindy::SimpleSeqRecord)   Expression (Bio::EUtils::Datatypes)   MultiGraph (Bio::Pathway::Rep::MultiGraph)   RecordParser (Bio::Sequencing::Phd)   TwoCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   
BasicNetwork (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Network)   ExpressionList (Martel::Expression)   MultipleAlignCL (Bio::Clustalw)   RecordParser (Bio::Sequencing::Ace)   TwoCuts (Bio::Restriction::Restriction)   
BaumWelchTrainer (Bio::HMM::Trainer)   
  F  
MultipleAlignment (Bio::Blast::Record)   RecordParser (Bio::IntelliGenetics)   TwoPointCrossover (Bio::GA::Crossover::TwoPoint)   
BeforePosition (Bio::SeqFeature)   FastaAlignment (Bio::Fasta::FastaAlign)   MutationHelper (test_GAMutation)   RecordParser (Bio::LocusLink)   TwoPointTest (test_GACrossover)   
BetweenPosition (Bio::SeqFeature)   FastacmdCommandline (Bio::Blast::Applications)   my_install (Martel::setup)   RecordParser (Bio::CDD)   TypeCompiler (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   
Biblio (Bio::biblio)   FastaM10Iterator (Bio::AlignIO::FastaIO)   
  N  
RecordParser (Bio::Fasta)   
  U  
BiblioCollection (Bio::biblio)   FastaWriter (Bio::SeqIO::FastaIO)   NaiveBayes (Bio::NaiveBayes)   RecordParser (Bio::Saf)   UndoHandle (Bio::File)   
BinaryOp (Bio::EUtils::Datatypes)   FDistAsync (Bio::PopGen::FDist::Async)   NCBIDictionary (Bio::GenBank)   RecordParser (Bio::MetaTool)   UniformCrossover (Bio::GA::Crossover::Uniform)   
BioCorbaDB (Bio::config::DBRegistry)   Feature (Bio::GFF)   NdbParser (Bio::Ndb)   RecordParser (Bio::Prosite::Prodoc)   UniformTest (test_GACrossover)   
BioSQLAdapterDictionary (biocorba_sql_server)   Feature (Bio::GenBank::Record)   NeighborLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   RecordParser (Bio::Prosite)   UnigeneProtsimRecord (Bio::UniGene)   
BioSQLDB (Bio::config::DBRegistry)   FeatureAggregate (Bio::GFF)   NeighborSearch (Bio::PDB::NeighborSearch)   RecordParser (Bio::Medline)   UnigeneRecord (Bio::UniGene)   
Blast (Bio::Blast::Record)   FeatureDict (Bio::GFF::easy)   NetCatch (Bio::NetCatch)   RecordParser (Bio::ECell)   UnigeneSequenceRecord (Bio::UniGene)   
BlastallCommandline (Bio::Blast::Applications)   FeatureLocation (Bio::SeqFeature)   Network (Bio::Pathway)   RecordParser (Bio::Gobase)   UnigeneSTSRecord (Bio::UniGene)   
BlastErrorParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FeatureParser (Bio::GenBank)   newenzyme (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   RecordParser (Bio::Rebase)   Unknown (Bio::Restriction::Restriction)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIXML)   FeatureQuery (Bio::GFF)   NoCrossover (test_GASelection)   RecordParser (Bio::PopGen::GenePop)   UnorderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIWWW)   FeatureQueryRow (Bio::GFF)   NoCut (Bio::Restriction::Restriction)   RecordParser (Bio::Compass)   
  V  
BlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FeatureValueCleaner (Bio::GenBank::utils)   Node (Bio::SCOP)   RecordParser (Martel::Parser)   ValidationError (Bio::EUtils::POM)   
Block (Bio::Nexus::Nexus)   FileIndex (Bio::SCOP::FileIndex)   Node (Bio::Nexus::Nodes)   Reference (Bio::SeqFeature)   ValidationIncreaseStop (Bio::NeuralNetwork::StopTraining)   
Blunt (Bio::Restriction::Restriction)   FileRetriever (Bio::PopGen::Async)   NodeData (Bio::Nexus::Trees)   Reference (Bio::Prosite::Prodoc)   
  W  
bs (Bio::Sequencing::Ace)   FixDocumentBuilder (Bio::Mindy::SimpleSeqRecord)   NoMutation (test_GASelection)   Reference (Bio::GenBank::Record)   wa (Bio::Sequencing::Ace)   
  C  
FormatConverter (Bio::Align::FormatConvert)   NonPalindromic (Bio::Restriction::Restriction)   Reference (Bio::SwissProt::SProt)   WaterCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
CaPPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   FormatGroup (Bio::config::FormatRegistry)   NoRepair (test_GASelection)   RegisterableGroup (Bio::config::Registry)   WithinNDays (Bio::EUtils::Datatypes)   
CAPSMap (Bio::CAPS)   FormatObject (Bio::config::FormatRegistry)   NoSelection (test_GASelection)   RegisterableObject (Bio::config::Registry)   WithinPosition (Bio::SeqFeature)   
CelParser (Bio::Affy::CelFile)   FormatRegistry (Bio::config::FormatRegistry)   Not (Bio::EUtils::Datatypes)   Registry (Bio::config::Registry)   wr (Bio::Sequencing::Ace)   
CelRecord (Bio::Affy::CelFile)   FormattedSeq (Bio::Restriction::Restriction)   Not_available (Bio::Restriction::Restriction)   RegressionTest (run_tests)   
  _  
CelScanner (Bio::Affy::CelFile)   FourPointTest (test_GACrossover)   NotDefined (Bio::Restriction::Restriction)   Res (Bio::SCOP::Raf)   _AbstractHSExposure (Bio::PDB::HSExposure)   
CGIDB (Bio::config::DBRegistry)   Fragment (Bio::PDB::FragmentMapper)   Nothing (Martel::RecordReader)   ReseekFile (Bio::EUtils::ReseekFile)   _AbstractParameter (Bio::Application)   
Chain (Bio::Nexus::Nodes)   FragmentMapper (Bio::PDB::FragmentMapper)   NumberAlphabet (test_HMMGeneral)   Residue (Bio::PDB::Residue)   _Argument (Bio::Application)   
ChainSelector (Bio::PDB::Dice)   Fragments (Bio::EUtils::POM)   
  O  
ResidueDepth (Bio::PDB::ResidueDepth)   _BaseGenBankConsumer (Bio::GenBank)   
CharBuffer (Bio::Nexus::Nexus)   FSSPSumRec (Bio::FSSP)   ObjUrl (Bio::EUtils::Datatypes)   Residues (Bio::SCOP::Residues)   _ChromosomeComponent (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
CheckLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   FunctionIndexer (Bio::Mindy::SimpleSeqRecord)   OneCut (Bio::Restriction::Restriction)   RestrictionBatches (test_Restriction)   _ContentModelGenerator (Bio::EUtils::POM)   
Chromosome (Bio::Graphics::BasicChromosome)   FuzznucCommandline (Bio::Emboss::Applications)   OneOfPosition (Bio::SeqFeature)   RestrictionType (Bio::Restriction::Restriction)   _FeatureConsumer (Bio::GenBank)   
ChromosomeCounts (Bio::Graphics::DisplayRepresentation)   
  G  
Or (Bio::EUtils::Datatypes)   ResultChecker (test_CAPS)   _InMemoryIndex (Bio::Index)   
ChromosomeCountTest (test_GraphicsChromosome)   GenBankRetrievalTest (test_Registry)   OrderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   RetrieveSeqname (Bio::GFF)   _ListConsumer (Bio::SwissProt::KeyWList)   
ChromosomeSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   GenBankScanner (Bio::GenBank::Scanner)   Organism (Bio::GA::Organism)   RollbackImporter (unittestgui)   _MASTConsumer (Bio::MEME::Parser)   
ClustalAlignment (Bio::Clustalw)   GeneralPointCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   Organism (Bio::Graphics::BasicChromosome)   RouletteWheelSelection (Bio::GA::Selection::RouletteWheel)   _MASTScanner (Bio::MEME::Parser)   
ClustalIterator (Bio::AlignIO::ClustalIO)   GenerationEvolver (Bio::GA::Evolver)   OrganismGraphicTest (test_GraphicsChromosome)   RouletteWheelSelectionTest (test_GASelection)   _MEMEConsumer (Bio::MEME::Parser)   
ClustalWriter (Bio::SeqIO::ClustalIO)   GeneRecord (Bio::Gobase)   OrganismTest (test_GAOrganism)   Round (Bio::Blast::Record)   _MEMEScanner (Bio::MEME::Parser)   
ClustalWriter (Bio::AlignIO::ClustalIO)   GeneticAlgorithmFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Ov3 (Bio::Restriction::Restriction)   rt (Bio::Sequencing::Ace)   _Option (Bio::Application)   
CodonAdaptationIndex (Bio::SeqUtils::CodonUsage)   Graph (Bio::Pathway::Rep::Graph)   Ov5 (Bio::Restriction::Restriction)   run_install_tests (Martel::setup)   _PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   
Commandline (Bio::Nexus::Nexus)   GUITestResult (unittestgui)   OverhangError (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   run_local_tests (Martel::setup)   _Primer3RecordConsumer (Bio::Emboss::Primer)   
ComparativeScatterPlot (Bio::Graphics::Comparative)   
  H  
  P  
  S  
_Primer3Scanner (Bio::Emboss::Primer)   
ComparativeTest (test_GraphicsGeneral)   HashSet (Bio::Pathway::Rep::HashSet)   PalindromeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   SafeFitnessCrossover (Bio::GA::Crossover::General)   _PrimerSearchRecordConsumer (Bio::Emboss::Primer)   
CompareAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   Header (Bio::Blast::Record)   Palindromic (Bio::Restriction::Restriction)   SafeFitnessMutation (Bio::GA::Mutation::General)   _PrimerSearchScanner (Bio::Emboss::Primer)   
CompareAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   HeaderFooterParser (Martel::Parser)   Parameters (Bio::Blast::Record)   SafeFitnessTest (test_GAMutation)   _RecordConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
CompareAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   Hetero (Bio::Crystal)   Parser (Bio::SCOP::Cla)   SafeFitnessTest (test_GACrossover)   _RecordConsumer (Bio::GenBank)   
CompareAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   HexConversionTest (test_HotRand)   Parser (Martel::Parser)   ScaledDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Phd)   
Connection (Bio::GFF)   HiddenMarkovModel (Bio::HMM::MarkovModel)   ParserException (Martel::Parser)   Schema (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Ace)   
ContentModel (Bio::EUtils::POM)   HistoryClientTest (test_EUtils)   ParserFailureError (Bio::GenBank)   SchemaCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::Saf)   
Contig (Bio::Sequencing::Ace)   HistoryCookie (Bio::EUtils::HistoryClient)   ParserRecordException (Martel::Parser)   SchemaCoderTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::CDD)   
ConversionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   HistoryLookup (Bio::EUtils::HistoryClient)   PatternHit (Bio::Prosite)   SchemaDNAAlphabet (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::Rebase)   
ConversionTest (test_GAMutation)   HistoryRecord (Bio::EUtils::HistoryClient)   PatternIO (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SchemaFactory (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::Prosite::Prodoc)   
ConvertDispatchHandler (Bio::StdHandler)   HSExposureCA (Bio::PDB::HSExposure)   PatternIOTest (test_NNGene)   SchemaFactoryTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::Prosite)   
ConvertHandler (Bio::StdHandler)   HSExposureCB (Bio::PDB::HSExposure)   PatternRepository (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SchemaFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::GenePop)   
CountLines (Martel::RecordReader)   HSP (Bio::Blast::Record)   PatternRepositoryTest (test_NNGene)   SchemaFinderTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::FDist)   
CplusplusExtension (setup)   
  I  
PDBIO (Bio::PDB::PDBIO)   SchemaMatchingTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::ECell)   
CreatePopulationTest (test_GAOrganism)   IdCheck (Bio::EUtils::Datatypes)   PDBList (Bio::PDB::PDBList)   SchemaTest (test_NNGene)   _RecordConsumer (Bio::NBRF)   
CrystalError (Bio::Crystal)   identity_match (Bio::pairwise2)   PDBParser (Bio::PDB::PDBParser)   Scop (Bio::SCOP)   _RecordConsumer (Bio::MetaTool)   
ct (Bio::Sequencing::Ace)   IdUrlSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Pgdb_dbutils (BioSQL::DBUtils)   SearchResult (Bio::EUtils::Datatypes)   _RecordConsumer (Bio::Medline)   
  D  
Immune (Bio::Ais)   PhylipIterator (Bio::AlignIO::PhylipIO)   Segment (Bio::GFF)   _RecordConsumer (Bio::LocusLink)   
DatabaseDict (Bio::EUtils::Config)   InDepthLoadTest (test_BioSQL)   PhylipWriter (Bio::AlignIO::PhylipIO)   Select (Bio::PDB::PDBIO)   _RecordConsumer (Bio::IntelliGenetics)   
DatabaseInfo (Bio::EUtils::Config)   Index (Bio::SCOP::Cla)   PhylipWriter (Bio::SeqIO::PhylipIO)   Seq (Martel::Expression)   _RecordConsumer (Bio::Gobase)   
DatabaseLoader (BioSQL::Loader)   IndexedFileDB (Bio::config::DBRegistry)   Polypeptide (Bio::PDB::Polypeptide)   SeqDBRegistry (Bio::config::SeqDBRegistry)   _Scanner (Bio::UniGene)   
DatabaseRemover (BioSQL::Loader)   InsdcScanner (Bio::GenBank::Scanner)   PositionGap (Bio::SeqFeature)   SeqFeature (Bio::SeqFeature)   _Scanner (Bio::SwissProt::SProt)   
DatabaseReport (Bio::Blast::Record)   install_biopython (setup)   PostResult (Bio::EUtils::Datatypes)   SeqInterfaceTest (test_BioSQL)   _Scanner (Bio::Compass)   
Date (Bio::EUtils::Datatypes)   Instance (Bio::MEME::Motif)   PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   SeqMap (Bio::SCOP::Raf)   _Scanner (Bio::SwissProt::KeyWList)   
DateRange (Bio::EUtils::Datatypes)   Interaction (Bio::Pathway)   Primer3Commandline (Bio::Emboss::Applications)   SeqMapIndex (Bio::SCOP::Raf)   _Scanner (Bio::Sequencing::Phd)   
DBGroup (Bio::config::DBRegistry)   InterlacedSequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   Primer3Parser (Bio::Emboss::Primer)   SeqMat (Bio::SubsMat)   _Scanner (Bio::Sequencing::Ace)   
DBIds (Bio::EUtils::Datatypes)   InterleaveCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   Primer3Primers (Bio::Emboss::Primer)   SeqRecord (Bio::SeqRecord)   _Scanner (Bio::CDD)   
DBIdsClient (Bio::EUtils::DBIdsClient)   InterleaveTest (test_GACrossover)   Primer3Record (Bio::Emboss::Primer)   SequenceDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::Saf)   
DBIdsLookup (Bio::EUtils::DBIdsClient)   InterProParser (Bio::InterPro)   PrimerSearchAmplifier (Bio::Emboss::Primer)   SequenceDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::Enzyme)   
DBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::Compass)   PrimerSearchCommandline (Bio::Emboss::Applications)   SequenceDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::Rebase)   
DBObject (Bio::config::DBRegistry)   Iterator (Bio::SwissProt::SProt)   PrimerSearchInputRecord (Bio::Emboss::Primer)   SequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Prosite::Prodoc)   
DBRegistry (Bio::config::DBRegistry)   Iterator (Bio::GenBank)   PrimerSearchInputTest (test_EmbossPrimer)   SequenceParser (Bio::SwissProt::SProt)   _Scanner (Bio::Prosite)   
DBSeqRecord (BioSQL::BioSeq)   Iterator (Bio::Sequencing::Phd)   PrimerSearchOutputRecord (Bio::Emboss::Primer)   SequenceParser (Bio::Fasta)   _Scanner (Bio::PopGen::GenePop)   
Defined (Bio::Restriction::Restriction)   Iterator (Bio::Sequencing::Ace)   PrimerSearchParser (Bio::Emboss::Primer)   SequenceRecord (Bio::Gobase)   _Scanner (Bio::PopGen::FDist)   
Description (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Fasta)   print_debug (Martel::Generate)   SequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::ECell)   
Dictionary (Bio::SwissProt::SProt)   Iterator (Bio::CDD)   print_info (Martel::Generate)   SequentialAlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIWWW)   
Dictionary (Bio::Rebase)   Iterator (Bio::SCOP::Raf)   PrintFormat (Bio::Restriction::PrintFormat)   SequentialSequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::NBRF)   
Dictionary (Bio::PubMed)   Iterator (Bio::SCOP::Hie)   Problem (Bio::EUtils::Datatypes)   SGMLExtractorHandle (Bio::SGMLExtractor)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
Dictionary (Bio::Prosite::Prodoc)   Iterator (Bio::SCOP::Dom)   ProgressBar (unittestgui)   SGMLHandle (Bio::File)   _Scanner (Bio::MetaTool)   
Dictionary (Bio::Prosite)   Iterator (Bio::SCOP::Des)   ProteinAnalysis (Bio::SeqUtils::ProtParam)   SGMLStrippingConsumer (Bio::ParserSupport)   _Scanner (Bio::Medline)   
Dictionary (Bio::Gobase)   Iterator (Bio::SCOP::Cla)   ProteinRecord (Bio::Gobase)   ShortQueryBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   _Scanner (Bio::LocusLink)   
dictionary_match (Bio::pairwise2)   Iterator (Bio::Saf)   Provider (Bio::EUtils::Datatypes)   SignatureCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::IntelliGenetics)   
DifferentialCutsite (Bio::CAPS)   Iterator (Bio::Medline)   PSIBlast (Bio::Blast::Record)   SignatureCoderTest (test_NNGene)   _Scanner (Bio::Gobase)   
DifferentialSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Iterator (Bio::Rebase)   PSIBlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   SignatureFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _SequenceConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
DirectoryRetriever (Bio::PopGen::Async)   Iterator (Bio::Prosite::Prodoc)   PSSM (Bio::Align::AlignInfo)   SignatureFinderTest (test_NNGene)   _ShelveIndex (Bio::Index)   
DisorderedAtom (Bio::PDB::Atom)   Iterator (Bio::Prosite)   PublicationDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SimpleEnzyme (test_Restriction)   _XMLparser (Bio::Blast::NCBIXML)   

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _


Generated by  Doxygen 1.6.0   Back to index