Logo Search packages:      
Sourcecode: python-biopython version File versions

Class Index

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _

  A  
DiffseqCommandline (Bio::Emboss::Applications)   kNN (Bio::kNN)   Provider (Bio::EUtils::Datatypes)   SimpleAlignTest (test_Muscle_tool)   
AbstractCommandline (Bio::Application)   DirectoryRetriever (Bio::PopGen::Async)   KnownStateTrainer (Bio::HMM::Trainer)   PSIBlast (Bio::Blast::Record)   SimpleEnzyme (test_Restriction)   
AbstractConsumer (Bio::ParserSupport)   DisorderedAtom (Bio::PDB::Atom)   
  L  
PSIBlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   SimpleFinisher (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   
AbstractCut (Bio::Restriction::Restriction)   DisorderedEntityWrapper (Bio::PDB::Entity)   LabelTest (test_GenomeDiagram)   PSSM (Bio::Align::AlignInfo)   SinglePointCrossover (Bio::GA::Crossover::Point)   
AbstractDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   DisorderedResidue (Bio::PDB::Residue)   LetterAlphabet (test_HMMGeneral)   PublicationDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SinglePointTest (test_GACrossover)   
AbstractDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_AbstractDrawer)   DistributionPage (Bio::Graphics::Distribution)   LinearDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_LinearDrawer)   PublicationDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SinglePositionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   
AbstractLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   DiversitySelection (Bio::GA::Selection::Diversity)   LineDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   PublicationDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SinglePositionTest (test_GAMutation)   
AbstractParser (Bio::ParserSupport)   DiversitySelectionTest (test_GASelection)   Link (Bio::EUtils::Datatypes)   PublicationFetchMixin (Bio::EUtils::Mixins)   SourceGen (Bio::EUtils::sourcegen)   
AbstractPosition (Bio::SeqFeature)   DNAStrand (test_MarkovModel)   LinkSetDb (Bio::EUtils::Datatypes)   
  Q  
SplitFDist (Bio::PopGen::FDist::Async)   
AbstractSelection (Bio::GA::Selection::Abstract)   Domain (Bio::SCOP)   LinksLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   qa (Bio::Sequencing::Ace)   Statistics (Bio::Wise::dnal)   
AbstractTrainer (Bio::HMM::Trainer)   ds (Bio::Sequencing::Ace)   ListParser (Bio::SwissProt::KeyWList)   Qualifier (Bio::GenBank::Record)   SteadyStateEvolver (Bio::GA::Evolver)   
ACEFileRecord (Bio::Sequencing::Ace)   DSSP (Bio::PDB::DSSP)   LoaderTest (test_BioSQL)   QualPhredWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   StepMatrix (Bio::Nexus::Nexus)   
ACEParser (Bio::Sequencing::Ace)   DupLoadTest (test_BioSQL)   Local (Bio::PopGen::Async::Local)   QueensCrossover (test_GAQueens)   StockholmIterator (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AceTestThree (test_Ace)   
  E  
Location (Bio::GFF::easy)   QueensMutation (test_GAQueens)   StockholmWriter (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AceTestTwo (test_Ace)   EConsenseCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LocationFromCoords (Bio::GFF::easy)   QueensRepair (test_GAQueens)   StopTrainingTest (test_NNGeneral)   
af (Bio::Sequencing::Ace)   EFetchTest (test_Entrez)   LocationFromString (Bio::GFF::easy)   Query (Bio::DocSQL)   Structure (Bio::PDB::Structure)   
affine_penalty (Bio::pairwise2)   EGQueryTest (test_Entrez)   LocationJoin (Bio::GFF::easy)   
  R  
StructureAlignment (Bio::PDB::StructureAlignment)   
AfterPosition (Bio::SeqFeature)   EInfoTest (test_Entrez)   LocationParserError (Bio::GenBank)   RandomMotifGenerator (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   StructureBuilder (Bio::PDB::StructureBuilder)   
align (Bio::pairwise2)   EInvertedCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LogDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   RandomSequenceTest (test_HotRand)   STSLine (Bio::UniGene)   
align::alignment_function (Bio::pairwise2)   ELinkTest (test_Entrez)   LogisticRegression (Bio::LogisticRegression)   Range (Bio::EUtils::Datatypes)   Summary (Bio::EUtils::Datatypes)   
AlignAceCommandline (Bio::Motif::Applications::_AlignAce)   EmblScanner (Bio::GenBank::Scanner)   LowQualityBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   rd (Bio::Sequencing::Ace)   SummaryInfo (Bio::Align::AlignInfo)   
AlignAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   EmbossIterator (Bio::AlignIO::EmbossIO)   
  M  
Reaction (Bio::Pathway)   Superimposer (Bio::PDB::Superimposer)   
AlignAceConsumer (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   EmbossWriter (Bio::AlignIO::EmbossIO)   MafftCommandline (Bio::Align::Applications::_Mafft)   Reads (Bio::Sequencing::Ace)   Surrogate (Bio::GFF::GenericTools)   
AlignAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   ENeighborCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MarkovModelBuilder (Bio::HMM::MarkovModel)   ReadTest (test_BioSQL)   SVDSuperimposer (Bio::SVDSuperimposer::SVDSuperimposer)   
AlignAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   Entity (Bio::PDB::Entity)   MASTParser (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::Cluster)   System (Bio::Pathway)   
AlignAceParser (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   EnzymeComparison (test_Restriction)   MASTParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::KEGG::Enzyme)   
  T  
AlignAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   EPostTest (test_Entrez)   MASTRecord (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::Compass)   TabWriter (Bio::SeqIO::TabIO)   
AlignAceScanner (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   EProtDistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MASTRecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::Prosite::Prodoc)   TaggingConsumer (Bio::ParserSupport)   
Alignment (Bio::Blast::Record)   EProtParsCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MaxEntropy (Bio::MaxEntropy)   Record (Bio::SwissProt)   TCoffeeCommandline (Bio::Align::Applications::_TCoffee)   
Alignment (Bio::Align::Generic)   ESearchTest (test_Entrez)   MEMEInstance (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::PopGen::GenePop)   TelomereSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
AlignmentIterator (Bio::AlignIO::Interfaces)   ESeqBootCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MEMEMotif (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::Fasta)   Term (Bio::EUtils::Datatypes)   
AlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   ESpellTest (test_Entrez)   MEMEMotif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::ExPASy::Prodoc)   test_biopython (setup)   
Ambiguous (Bio::Restriction::Restriction)   Est2GenomeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MEMEParser (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::ExPASy::Prosite)   TestAlphabet (test_GAOrganism)   
AmbiguousRepair (Bio::GA::Repair::Stabilizing)   ESummaryTest (test_Entrez)   MEMEParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::ExPASy::Enzyme)   TestAlphabet (test_GACrossover)   
AmbiguousRepairTest (test_GARepair)   ETandemCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MEMERecord (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::SCOP::Cla)   TestAlphabet (test_GAMutation)   
Amplifier (Bio::Emboss::PrimerSearch)   EUtilsError (Bio::EUtils::Datatypes)   MEMERecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::ExPASy::ScanProsite)   TestAlphabet (test_GASelection)   
And (Bio::EUtils::Datatypes)   EUtilsSearchError (Bio::EUtils::Datatypes)   Meth_Dep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::PopGen::FDist)   TestAlphabet (test_GARepair)   
AppendableListDictionary (Bio::GFF::GenericTools)   EventGenerator (Bio::ParserSupport)   Meth_Undep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::Emboss::Primer3)   TestCrossover (test_GACrossover)   
ApplicationResult (Bio::Application)   ExactPosition (Bio::SeqFeature)   Model (Bio::PDB::Model)   Record (Bio::Prosite)   TestMutator (test_GAMutation)   
AppTest (test_PopGen_SimCoal)   ExampleManager (Bio::NeuralNetwork::Training)   MostCountSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Record (Bio::GenBank::Record)   TestWriteRead (test_SeqIO_features)   
AppTest (test_PopGen_FDist)   ExampleManagerTest (test_NNGeneral)   Motif (Bio::AlignAce::Motif)   Record (Bio::SCOP::Des)   ThinClient (Bio::EUtils::ThinClient)   
ArgsParser (Bio::GFF::GenericTools)   Expression (Bio::EUtils::Datatypes)   Motif (Bio::Motif::_Motif)   Record (Bio::UniGene)   TournamentSelection (Bio::GA::Selection::Tournament)   
Astral (Bio::SCOP)   ExtendedIUPACDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   Motif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::Geo::Record)   TournamentSelectionTest (test_GASelection)   
Async (Bio::PopGen::Async)   ExtendedIUPACProtein (Bio::Alphabet::IUPAC)   MotifCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   Record (Bio::SCOP::Dom)   Track (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Track)   
  B  
  F  
MotifCoderTest (test_NNGene)   Record (Bio::Medline)   TrainingExample (Bio::NeuralNetwork::Training)   
BadMatrix (Bio::SubsMat)   FastaAlignment (Bio::Fasta::FastaAlign)   MotifFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   Record (Bio::SwissProt::SProt)   TrainingSequence (Bio::HMM::Trainer)   
BarChartDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   FastacmdCommandline (Bio::Blast::Applications)   MotifFinderTest (test_NNGene)   Record (Bio::KEGG::Compound)   TranalignCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
BarChartTest (test_GraphicsDistribution)   FastaM10Iterator (Bio::AlignIO::FastaIO)   MultiGraph (Bio::Pathway::Rep::MultiGraph)   Record (Bio::Sequencing::Phd)   TransferTest (test_BioSQL)   
BaseDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   FastaWriter (Bio::SeqIO::FastaIO)   MultipleAlignCL (Bio::Clustalw)   Record (Bio::SCOP::Hie)   TranslationTests (test_Emboss)   
BasicNetwork (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Network)   FastqIlluminaWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   MultipleAlignment (Bio::Blast::Record)   Record (Bio::SwissProt::KeyWList)   Tree (Bio::Nexus::Trees)   
BaumWelchTrainer (Bio::HMM::Trainer)   FastqPhredWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   MuscleCommandline (Bio::Align::Applications::_Muscle)   Record (Bio::Affy::CelFile)   TwoCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   
BeforePosition (Bio::SeqFeature)   FastqSolexaWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   MutableSeq (Bio::Seq)   RecordParser (Bio::Prosite::Prodoc)   TwoCuts (Bio::Restriction::Restriction)   
BetweenPosition (Bio::SeqFeature)   FDistAsync (Bio::PopGen::FDist::Async)   MutationHelper (test_GAMutation)   RecordParser (Bio::Sequencing::Phd)   TwoPointCrossover (Bio::GA::Crossover::TwoPoint)   
BinaryOp (Bio::EUtils::Datatypes)   Feature (Bio::GFF)   
  N  
RecordParser (Bio::PopGen::GenePop)   TwoPointTest (test_GACrossover)   
BioSQLAdapterDictionary (biocorba_sql_server)   Feature (Bio::GenBank::Record)   NaiveBayes (Bio::NaiveBayes)   RecordParser (Bio::PopGen::FDist)   TypeCompiler (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   
Blast (Bio::Blast::Record)   Feature (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Feature)   NCBIDictionary (Bio::GenBank)   RecordParser (Bio::SwissProt::SProt)   
  U  
BlastallCommandline (Bio::Blast::Applications)   FeatureAggregate (Bio::GFF)   NdbParser (Bio::Ndb)   RecordParser (Bio::GenBank)   UndoHandle (Bio::File)   
BlastErrorParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FeatureDict (Bio::GFF::easy)   NeedleCommandline (Bio::Emboss::Applications)   RecordParser (Bio::Prosite)   UniformCrossover (Bio::GA::Crossover::Uniform)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIXML)   FeatureLocation (Bio::SeqFeature)   NeighborLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   RecordParser (Bio::Sequencing::Ace)   UniformTest (test_GACrossover)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIWWW)   FeatureParser (Bio::GenBank)   NeighborSearch (Bio::PDB::NeighborSearch)   RecordParser (Bio::Fasta)   UnigeneProtsimRecord (Bio::UniGene)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FeatureQuery (Bio::GFF)   NetCatch (Bio::NetCatch)   RecordParser (Bio::Medline)   UnigeneRecord (Bio::UniGene)   
BlastpgpCommandline (Bio::Blast::Applications)   FeatureQueryRow (Bio::GFF)   Network (Bio::Pathway)   RecordParser (Bio::Compass)   UnigeneSequenceRecord (Bio::UniGene)   
Block (Bio::Nexus::Nexus)   FeatureSet (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_FeatureSet)   newenzyme (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   Reference (Bio::ExPASy::Prodoc)   UnigeneSTSRecord (Bio::UniGene)   
Blunt (Bio::Restriction::Restriction)   FeatureValueCleaner (Bio::GenBank::utils)   NexusWriter (Bio::AlignIO::NexusIO)   Reference (Bio::SwissProt::SProt)   Unknown (Bio::Restriction::Restriction)   
bs (Bio::Sequencing::Ace)   FileIndex (Bio::SCOP::FileIndex)   NoCrossover (test_GASelection)   Reference (Bio::SwissProt)   UnknownSeq (Bio::Seq)   
  C  
FileRetriever (Bio::PopGen::Async)   NoCut (Bio::Restriction::Restriction)   Reference (Bio::GenBank::Record)   UnorderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   
CaPPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   FormatConverter (Bio::Align::FormatConvert)   Node (Bio::SCOP)   Reference (Bio::Prosite::Prodoc)   
  V  
CAPSMap (Bio::CAPS)   FormattedSeq (Bio::Restriction::Restriction)   Node (Bio::Nexus::Nodes)   Reference (Bio::SeqFeature)   ValidationError (Bio::EUtils::POM)   
CelParser (Bio::Affy::CelFile)   FourPointTest (test_GACrossover)   NodeData (Bio::Nexus::Trees)   Res (Bio::SCOP::Raf)   ValidationIncreaseStop (Bio::NeuralNetwork::StopTraining)   
CelRecord (Bio::Affy::CelFile)   Fragment (Bio::PDB::FragmentMapper)   NoMutation (test_GASelection)   ReseekFile (Bio::EUtils::ReseekFile)   
  W  
CelScanner (Bio::Affy::CelFile)   FragmentMapper (Bio::PDB::FragmentMapper)   NonPalindromic (Bio::Restriction::Restriction)   Residue (Bio::PDB::Residue)   wa (Bio::Sequencing::Ace)   
Chain (Bio::Nexus::Nodes)   Fragments (Bio::EUtils::POM)   NoRepair (test_GASelection)   ResidueDepth (Bio::PDB::ResidueDepth)   WaterCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
ChainSelector (Bio::PDB::Dice)   FSSPSumRec (Bio::FSSP)   NoSelection (test_GASelection)   Residues (Bio::SCOP::Residues)   WithinNDays (Bio::EUtils::Datatypes)   
CharBuffer (Bio::Nexus::Nexus)   FuzznucCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Not (Bio::EUtils::Datatypes)   RestrictionBatches (test_Restriction)   WithinPosition (Bio::SeqFeature)   
CheckLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   
  G  
Not_available (Bio::Restriction::Restriction)   RestrictionType (Bio::Restriction::Restriction)   wr (Bio::Sequencing::Ace)   
Chromosome (Bio::Graphics::BasicChromosome)   GenBankScanner (Bio::GenBank::Scanner)   NotDefined (Bio::Restriction::Restriction)   RetrieveSeqname (Bio::GFF)   
  _  
ChromosomeCounts (Bio::Graphics::DisplayRepresentation)   GeneralPointCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   NumberAlphabet (test_HMMGeneral)   RouletteWheelSelection (Bio::GA::Selection::RouletteWheel)   _AbstractHSExposure (Bio::PDB::HSExposure)   
ChromosomeCountTest (test_GraphicsChromosome)   GenerationEvolver (Bio::GA::Evolver)   
  O  
RouletteWheelSelectionTest (test_GASelection)   _AbstractParameter (Bio::Application)   
ChromosomeSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   GeneticAlgorithmFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   ObjUrl (Bio::EUtils::Datatypes)   Round (Bio::Blast::Record)   _Argument (Bio::Application)   
CircularDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_CircularDrawer)   Graph (Bio::Pathway::Rep::Graph)   OneCut (Bio::Restriction::Restriction)   RpsBlastCommandline (Bio::Blast::Applications)   _BaseGenBankConsumer (Bio::GenBank)   
ClosedLoopTest (test_BioSQL)   GraphData (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Graph)   OneOfPosition (Bio::SeqFeature)   rt (Bio::Sequencing::Ace)   _BlastAllOrPgpCommandLine (Bio::Blast::Applications)   
ClustalAlignment (Bio::Clustalw)   GraphSet (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_GraphSet)   Or (Bio::EUtils::Datatypes)   
  S  
_BlastCommandLine (Bio::Blast::Applications)   
ClustalIterator (Bio::AlignIO::ClustalIO)   
  H  
OrderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   SafeFitnessCrossover (Bio::GA::Crossover::General)   _ChromosomeComponent (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
ClustalwCommandline (Bio::Align::Applications::_Clustalw)   HashSet (Bio::Pathway::Rep::HashSet)   Organism (Bio::Graphics::BasicChromosome)   SafeFitnessMutation (Bio::GA::Mutation::General)   _ContentModelGenerator (Bio::EUtils::POM)   
ClustalWriter (Bio::AlignIO::ClustalIO)   Header (Bio::Blast::Record)   Organism (Bio::GA::Organism)   SafeFitnessTest (test_GACrossover)   _EmbossCommandLine (Bio::Emboss::Applications)   
CodonAdaptationIndex (Bio::SeqUtils::CodonUsage)   Hetero (Bio::Crystal)   OrganismGraphicTest (test_GraphicsChromosome)   SafeFitnessTest (test_GAMutation)   _FeatureConsumer (Bio::GenBank)   
ColorTranslator (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Colors)   HiddenMarkovModel (Bio::HMM::MarkovModel)   OrganismTest (test_GAOrganism)   ScaledDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   _InMemoryIndex (Bio::Index)   
Commandline (Bio::Nexus::Nexus)   HistoryCookie (Bio::EUtils::HistoryClient)   OutputRecord (Bio::Emboss::PrimerSearch)   Schema (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _ListConsumer (Bio::SwissProt::KeyWList)   
ComparativeScatterPlot (Bio::Graphics::Comparative)   HistoryLookup (Bio::EUtils::HistoryClient)   Ov3 (Bio::Restriction::Restriction)   SchemaCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _MASTConsumer (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
ComparativeTest (test_GraphicsGeneral)   HistoryRecord (Bio::EUtils::HistoryClient)   Ov5 (Bio::Restriction::Restriction)   SchemaCoderTest (test_NNGene)   _MASTConsumer (Bio::MEME::Parser)   
CompareAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   HSExposureCA (Bio::PDB::HSExposure)   OverhangError (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   SchemaDNAAlphabet (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _MASTScanner (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
CompareAceCommandline (Bio::Motif::Applications::_AlignAce)   HSExposureCB (Bio::PDB::HSExposure)   
  P  
SchemaFactory (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _MASTScanner (Bio::MEME::Parser)   
CompareAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   HSP (Bio::Blast::Record)   PairwiseAlignmentTests (test_Emboss)   SchemaFactoryTest (test_NNGene)   _MEMEConsumer (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
CompareAceConsumer (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   
  I  
PalindromeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   SchemaFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _MEMEConsumer (Bio::MEME::Parser)   
CompareAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   IdCheck (Bio::EUtils::Datatypes)   Palindromic (Bio::Restriction::Restriction)   SchemaFinderTest (test_NNGene)   _MEMEScanner (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
CompareAceParser (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   identity_match (Bio::pairwise2)   Parameters (Bio::Blast::Record)   SchemaMatchingTest (test_NNGene)   _MEMEScanner (Bio::MEME::Parser)   
CompareAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   IdUrlSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Parser (Bio::SCOP::Cla)   SchemaTest (test_NNGene)   _Option (Bio::Application)   
CompareAceScanner (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   IepCommandline (Bio::Emboss::Applications)   ParserFailureError (Bio::GenBank)   Scop (Bio::SCOP)   _PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   
ComparisonTestCase (run_tests)   InDepthLoadTest (test_BioSQL)   PatternHit (Bio::Prosite)   ScoreDistribution (Bio::Motif::Thresholds)   _Primer3RecordConsumer (Bio::Emboss::Primer)   
Connection (Bio::GFF)   Index (Bio::SCOP::Cla)   PatternIO (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SearchResult (Bio::EUtils::Datatypes)   _Primer3Scanner (Bio::Emboss::Primer)   
ContentModel (Bio::EUtils::POM)   InputRecord (Bio::Emboss::PrimerSearch)   PatternIOTest (test_NNGene)   Segment (Bio::GFF)   _PrimerSearchRecordConsumer (Bio::Emboss::Primer)   
Contig (Bio::Sequencing::Ace)   InsdcScanner (Bio::GenBank::Scanner)   PatternRepository (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   Select (Bio::PDB::PDBIO)   _PrimerSearchScanner (Bio::Emboss::Primer)   
ConversionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   install_biopython (setup)   PatternRepositoryTest (test_NNGene)   Seq (Bio::Seq)   _RecordConsumer (Bio::GenBank)   
ConversionTest (test_GAMutation)   Instance (Bio::MEME::Motif)   PDBIO (Bio::PDB::PDBIO)   SeqFeature (Bio::SeqFeature)   _RecordConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
CreatePopulationTest (test_GAOrganism)   Interaction (Bio::Pathway)   PDBList (Bio::PDB::PDBList)   SeqInterfaceTest (test_BioSQL)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Ace)   
ct (Bio::Sequencing::Ace)   InterlacedSequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   PDBParser (Bio::PDB::PDBParser)   SeqMap (Bio::SCOP::Raf)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Phd)   
  D  
InterleaveCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   Pgdb_dbutils (BioSQL::DBUtils)   SeqMapIndex (Bio::SCOP::Raf)   _RecordConsumer (Bio::Prosite::Prodoc)   
DatabaseDict (Bio::EUtils::Config)   InterleaveTest (test_GACrossover)   PhylipIterator (Bio::AlignIO::PhylipIO)   SeqMat (Bio::SubsMat)   _RecordConsumer (Bio::Prosite)   
DatabaseInfo (Bio::EUtils::Config)   InterProParser (Bio::InterPro)   PhylipWriter (Bio::AlignIO::PhylipIO)   SeqRecord (Bio::SeqRecord)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::GenePop)   
DatabaseLoader (BioSQL::Loader)   Iterator (Bio::Compass)   Polypeptide (Bio::PDB::Polypeptide)   SeqRecordCreation (test_SeqIO_features)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::FDist)   
DatabaseRemover (BioSQL::Loader)   Iterator (Bio::GenBank)   PositionGap (Bio::SeqFeature)   SeqRetAlignIOTests (test_Emboss)   _RecordConsumer (Bio::Medline)   
DatabaseReport (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Sequencing::Phd)   PostResult (Bio::EUtils::Datatypes)   SeqRetSeqIOTests (test_Emboss)   _RestrictedDict (Bio::SeqRecord)   
Date (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::SwissProt::SProt)   PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   SequenceDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::Compass)   
DateRange (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::Sequencing::Ace)   PrankCommandline (Bio::Align::Applications::_Prank)   SequenceDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::UniGene)   
DBIds (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::Fasta)   Primer3Commandline (Bio::Emboss::Applications)   SequenceDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Scanner (Bio::SwissProt::SProt)   
DBIdsClient (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Raf)   Primer3Parser (Bio::Emboss::Primer)   SequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::SwissProt::KeyWList)   
DBIdsLookup (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Hie)   Primer3Primers (Bio::Emboss::Primer)   SequenceLine (Bio::UniGene)   _Scanner (Bio::Sequencing::Phd)   
DBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Dom)   Primer3Record (Bio::Emboss::Primer)   SequenceParser (Bio::Fasta)   _Scanner (Bio::Sequencing::Ace)   
DBSeqRecord (BioSQL::BioSeq)   Iterator (Bio::SCOP::Des)   Primers (Bio::Emboss::Primer3)   SequenceParser (Bio::SwissProt::SProt)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIWWW)   
Defined (Bio::Restriction::Restriction)   Iterator (Bio::SCOP::Cla)   PrimerSearchAmplifier (Bio::Emboss::Primer)   SequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Enzyme)   
Description (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Prosite::Prodoc)   PrimerSearchCommandline (Bio::Emboss::Applications)   SequentialAlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Prosite::Prodoc)   
Diagram (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Diagram)   Iterator (Bio::Prosite)   PrimerSearchInputRecord (Bio::Emboss::Primer)   SequentialSequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Prosite)   
DiagramTest (test_GenomeDiagram)   Iterator (Bio::Blast::NCBIStandalone)   PrimerSearchInputTest (test_EmbossPrimer)   SGMLHandle (Bio::File)   _Scanner (Bio::PopGen::GenePop)   
DialignCommandline (Bio::Align::Applications::_Dialign)   Iterator (Bio::Medline)   PrimerSearchOutputRecord (Bio::Emboss::Primer)   SGMLStrippingConsumer (Bio::ParserSupport)   _Scanner (Bio::PopGen::FDist)   
Dictionary (Bio::SwissProt::SProt)   IUPACAmbiguousDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   PrimerSearchParser (Bio::Emboss::Primer)   ShortQueryBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
Dictionary (Bio::PubMed)   IUPACAmbiguousRNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   PrintFormat (Bio::Restriction::PrintFormat)   SigilsTest (test_GenomeDiagram)   _Scanner (Bio::Medline)   
Dictionary (Bio::Prosite::Prodoc)   IUPACProtein (Bio::Alphabet::IUPAC)   ProbconsCommandline (Bio::Align::Applications::_Probcons)   SignatureCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _SequenceConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
Dictionary (Bio::Prosite)   IUPACUnambiguousDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   Problem (Bio::EUtils::Datatypes)   SignatureCoderTest (test_NNGene)   _ShelveIndex (Bio::Index)   
dictionary_match (Bio::pairwise2)   IUPACUnambiguousRNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   ProteinAnalysis (Bio::SeqUtils::ProtParam)   SignatureFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Switch (Bio::Application)   
DifferentialCutsite (Bio::CAPS)   
  K  
ProtsimLine (Bio::UniGene)   SignatureFinderTest (test_NNGene)   _XMLparser (Bio::Blast::NCBIXML)   
DifferentialSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   KDTree (Bio::KDTree::KDTree)   

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _


Generated by  Doxygen 1.6.0   Back to index