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  A  
DNAsearch (xbb_search)   IUPACAmbiguousRNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   Primer3Commandline (Bio::Emboss::Applications)   SplitFDist (Bio::PopGen::FDist::Async)   
AbsoluteLocation (Bio::GenBank::LocationParser)   DNAStrand (test_MarkovModel)   IUPACProtein (Bio::Alphabet::IUPAC)   Primer3ParseTest (test_EmbossPrimer)   Statistics (Bio::Wise::dnal)   
AbstractAtomPropertyMap (Bio::PDB::AbstractPropertyMap)   DocSum (Bio::EUtils::DTDs::eSummary_020511)   IUPACUnambiguousDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   Primers (Bio::Emboss::Primer3)   SteadyStateEvolver (Bio::GA::Evolver)   
AbstractCommandline (Bio::Application)   Domain (Bio::SCOP)   IUPACUnambiguousRNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   PrimerSearchCommandline (Bio::Emboss::Applications)   StepMatrix (Bio::Nexus::Nexus)   
AbstractConsumer (Bio::ParserSupport)   DomTests (test_SCOP_Dom)   
  K  
PrimerSearchInputTest (test_EmbossPrimer)   StockholmIterator (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AbstractCut (Bio::Restriction::Restriction)   ds (Bio::Sequencing::Ace)   KDTree (Bio::KDTree::KDTree)   PrimersearchParseTest (test_EmbossPrimer)   StockholmWriter (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AbstractDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   DSSP (Bio::PDB::DSSP)   KDTree   PrintFormat (Bio::Restriction::PrintFormat)   StopTrainingTest (test_NNGeneral)   
AbstractDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_AbstractDrawer)   DTDConsumerForSourceGeneration (Bio::EUtils::POM)   KeyWListTest (test_KeyWList)   ProbconsApplication (test_Probcons_tool)   StringElement (Bio::Entrez::Parser)   
AbstractLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   DupLoadTest (test_BioSQL)   kNN (Bio::kNN)   ProbconsApplication (test_TCoffee_tool)   StringMethodTests (test_Seq_objs)   
AbstractParser (Bio::ParserSupport)   
  E  
KnownStateTrainer (Bio::HMM::Trainer)   ProbconsCommandline (Bio::Align::Applications::_Probcons)   strip (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
AbstractPosition (Bio::SeqFeature)   EConsenseCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
  L  
Problem (Bio::EUtils::Datatypes)   Structure (Bio::PDB::Structure)   
AbstractPropertyMap (Bio::PDB::AbstractPropertyMap)   EFetchTest (test_Entrez)   LabelTest (test_GenomeDiagram)   PropertyManager (Bio::PropertyManager)   StructureAlignment (Bio::PDB::StructureAlignment)   
AbstractResiduePropertyMap (Bio::PDB::AbstractPropertyMap)   EGQueryTest (test_Entrez)   LetterAlphabet (test_HMMGeneral)   Prosite (Bio::Prosite::Pattern)   StructureBuilder (Bio::PDB::StructureBuilder)   
AbstractSelection (Bio::GA::Selection::Abstract)   eInfoResult (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   LinearDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_LinearDrawer)   PrositeAlphabet (Bio::Prosite::Pattern)   StructureElement (Bio::Entrez::Parser)   
AbstractTrainer (Bio::HMM::Trainer)   EInfoTest (test_Entrez)   LineDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   PrositeMatch (Bio::Prosite::Pattern)   STSLine (Bio::UniGene)   
AbstractTrainerTest (test_HMMGeneral)   EInvertedCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Link (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   PrositeTerm (Bio::Prosite::Pattern)   SUBCLASS (Bio::EUtils::sourcegen)   
ACEFileRecord (Bio::Sequencing::Ace)   ElementNode (Bio::EUtils::POM)   Link (Bio::EUtils::Datatypes)   ProteinAlphabet (Bio::Alphabet)   SubjectType (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   
ACEParser (Bio::Sequencing::Ace)   eLinkResult (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   Link (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   ProteinAnalysis (Bio::SeqUtils::ProtParam)   SubjectType (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
AceTestOne (test_Ace)   ELinkTest (test_Entrez)   Link (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   ProteinX (nextorf)   SubObjectSelector (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
AceTestThree (test_Ace)   EmblScanner (Bio::GenBank::Scanner)   LinkId (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   ProteinX (Bio::SeqUtils)   SubProvider (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
AceTestTwo (test_Ace)   EmbossIterator (Bio::AlignIO::EmbossIO)   LinkList (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   ProtsimLine (Bio::UniGene)   subs (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
Adaptor (BioSQL::BioSeqDatabase)   EmbossWriter (Bio::AlignIO::EmbossIO)   LinkMixin (Bio::EUtils::Mixins)   Provider (Bio::EUtils::Datatypes)   Summary (Bio::EUtils::Datatypes)   
af (Bio::Sequencing::Ace)   ENeighborCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LinkName (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   Provider (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   SummaryInfo (Bio::Align::AlignInfo)   
affine_penalty (Bio::pairwise2)   ENTITIES (Bio::EUtils::POM)   LinkSet (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   Provider (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   Superimposer (Bio::PDB::Superimposer)   
AfterPosition (Bio::SeqFeature)   ENTITY (Bio::EUtils::POM)   LinkSet (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   ProviderId (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   Surrogate (Bio::GFF::GenericTools)   
Algorithm (Bio::Search)   Entity (Bio::PDB::Entity)   LinkSetDb (Bio::EUtils::Datatypes)   PSEA (Bio::PDB::PSEA)   SurrogateNotInitedError (Bio::GFF::GenericTools)   
align (Bio::FSSP::fssp_rec)   Enumeration (Bio::EUtils::POM)   LinkSetDb (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   PSIBlast (Bio::Blast::Record)   SVDSuperimposer (Bio::SVDSuperimposer::SVDSuperimposer)   
align (Bio::pairwise2)   EnzymeComparison (test_Restriction)   LinksLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   PSIBlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   Symbol (Bio::GenBank::LocationParser)   
AlignAceCommandline (Bio::Motif::Applications::_AlignAce)   EnzymeRecord (Bio::Enzyme)   ListElement (Bio::Entrez::Parser)   PSSM (Bio::Align::AlignInfo)   System (Bio::Pathway)   
AlignAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   ePostResult (Bio::EUtils::DTDs::ePost_020511)   ListParser (Bio::SwissProt::KeyWList)   Psycopg2_dbutils (BioSQL::DBUtils)   
  T  
AlignAceConsumer (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   EPostTest (test_Entrez)   LoaderTest (test_BioSQL)   Psycopg_dbutils (BioSQL::DBUtils)   TableInfo (Bio::Search)   
AlignAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   EProtDistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Local (Bio::PopGen::Async::Local)   PublicationDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   TabWriter (Bio::SeqIO::TabIO)   
AlignAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   EProtParsCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Location (Bio::GFF::easy)   PublicationDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   TaggingConsumer (Bio::ParserSupport)   
AlignAceParser (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   ERROR (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   LocationFromCoords (Bio::GFF::easy)   PublicationDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   TCoffeeCommandline (Bio::Align::Applications::_TCoffee)   
AlignAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   ERROR (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   LocationFromString (Bio::GFF::easy)   PublicationFetchMixin (Bio::EUtils::Mixins)   TelomereSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
AlignAceScanner (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   ERROR (Bio::EUtils::DTDs::eSummary_020511)   LocationJoin (Bio::GFF::easy)   PublicationHistoryFetchMixin (Bio::EUtils::HistoryClient)   TempFile (Bio::GFF::GenericTools)   
Alignment (Bio::Blast::Record)   ERROR (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   LocationParser (Bio::GenBank::LocationParser)   PublicationHistoryRecord (Bio::EUtils::HistoryClient)   TemplateTest (test_PopGen_SimCoal_nodepend)   
Alignment (Bio::Wise::psw)   ERROR (Bio::EUtils::DTDs::ePost_020511)   LocationParserError (Bio::GenBank)   PublicationHistoryRecordSet (Bio::EUtils::HistoryClient)   Term (Bio::EUtils::Datatypes)   
Alignment (Bio::Align::Generic)   ErrorList (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   LocationScanner (Bio::GenBank::LocationParser)   PyNeighbor   Term (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   
align::alignment_function (Bio::pairwise2)   ErrorProblem (Bio::EUtils::Datatypes)   LogDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   PyNode   TermCount (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   
AlignmentColumn (Bio::Wise::psw)   eSearchResult (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   LogisticRegression (Bio::LogisticRegression)   PyTree   TermSet (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   
AlignmentColumnFullException (Bio::Wise::psw)   ESearchTest (test_Entrez)   LowBound (Bio::GenBank::LocationParser)   
  Q  
test_biopython (setup)   
AlignmentHasDifferentLengthsError (Bio::CAPS)   ESeqBootCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LowQualityBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   qa (Bio::Sequencing::Ace)   test_lowess (test_lowess)   
AlignmentIterator (Bio::AlignIO::Interfaces)   ESpellTest (test_Entrez)   
  M  
Qualifier (Bio::GenBank::Record)   TestAlphabet (test_GACrossover)   
AlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   Est2GenomeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MafftApplication (test_Mafft_tool)   QualPhredWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   TestAlphabet (test_GAMutation)   
Alphabet (Bio::Alphabet)   eSummaryResult (Bio::EUtils::DTDs::eSummary_020511)   MafftCommandline (Bio::Align::Applications::_Mafft)   QueensAlphabet (test_GAQueens)   TestAlphabet (test_GASelection)   
AlphabetEncoder (Bio::Alphabet)   ESummaryTest (test_Entrez)   MappingTests (test_SeqIO_QualityIO)   QueensCrossover (test_GAQueens)   TestAlphabet (test_GARepair)   
Ambiguous (Bio::Restriction::Restriction)   ETandemCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MarkovModel (Bio::MarkovModel)   QueensMutation (test_GAQueens)   TestAlphabet (test_GAOrganism)   
AmbiguousCodonTable (Bio::Data::CodonTable)   EUtilsError (Bio::EUtils::Datatypes)   MarkovModelBuilder (Bio::HMM::MarkovModel)   QueensRepair (test_GAQueens)   TestBlastRecord (test_NCBITextParser)   
AmbiguousForwardTable (Bio::Data::CodonTable)   EUtilsSearchError (Bio::EUtils::Datatypes)   MarkovModelBuilderTest (test_HMMGeneral)   Query (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   TestCAPS (test_CAPS)   
AmbiguousRepair (Bio::GA::Repair::Stabilizing)   EventGenerator (Bio::ParserSupport)   MASTParser (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Query (Bio::Search)   TestCluster (test_Cluster)   
AmbiguousRepairTest (test_GARepair)   ExactPosition (Bio::SeqFeature)   MASTParser (Bio::MEME::Parser)   Query (Bio::DocSQL)   TestCrossover (test_GACrossover)   
Amplifier (Bio::Emboss::PrimerSearch)   ExampleManager (Bio::NeuralNetwork::Training)   MASTRecord (Bio::Motif::Parsers::MEME)   QueryAll (Bio::DocSQL)   TestEnzyme (test_Enzyme)   
Analysis (Bio::Restriction::Restriction)   ExampleManagerTest (test_NNGeneral)   MASTRecord (Bio::MEME::Parser)   QueryAllFirstItem (Bio::DocSQL)   TestFastqErrors (test_SeqIO_QualityIO)   
And (Bio::EUtils::Datatypes)   ExclQuery (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   MaxEntropy (Bio::MaxEntropy)   QueryGeneric (Bio::DocSQL)   TestHandle (test_ParserSupport)   
apad (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   Explode (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   MEMEInstance (Bio::Motif::Parsers::MEME)   QueryKey (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   TestKNN (test_kNN)   
AppendableListDictionary (Bio::GFF::GenericTools)   Exposure (test_PDB_unit)   MEMEMotif (Bio::Motif::Parsers::MEME)   QueryKey (Bio::EUtils::DTDs::ePost_020511)   TestLogisticRegression (test_LogisticRegression)   
ApplicationResult (Bio::Application)   ExposureCN (Bio::PDB::HSExposure)   MEMEMotif (Bio::MEME::Motif)   QueryRow (Bio::DocSQL)   TestMedline (test_Medline)   
AppTest (test_PopGen_SimCoal)   Expression (Bio::EUtils::Datatypes)   MEMEParser (Bio::Motif::Parsers::MEME)   QuerySingle (Bio::DocSQL)   TestMutator (test_GAMutation)   
AppTest (test_PopGen_FDist)   ExtendedIUPACDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   MEMEParser (Bio::MEME::Parser)   QueryTranslation (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   TestNCBIStandalone (test_NCBIStandalone)   
ArgsParser (Bio::GFF::GenericTools)   ExtendedIUPACProtein (Bio::Alphabet::IUPAC)   MEMERecord (Bio::Motif::Parsers::MEME)   QuotedPhraseNotFound (Bio::EUtils::Datatypes)   TestNCBITextParser (test_NCBITextParser)   
Astral (Bio::SCOP)   ExtractUrls (Bio::NetCatch)   MEMERecord (Bio::MEME::Parser)   QuotedPhraseNotFound (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   TestNCBIXML (test_NCBIXML)   
AstralTests (test_SCOP_Astral)   
  F  
Menu (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   
  R  
TestProdocParse (test_prodoc)   
Async (Bio::PopGen::Async)   FastaAlignment (Bio::Fasta::FastaAlign)   MenuName (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   Radius   TestProdocRead (test_prodoc)   
Atom (Bio::PDB::NeighborSearch)   FastacmdCommandline (Bio::Blast::Applications)   Meta (Bio::GFF::binning)   RafTests (test_SCOP_Raf)   TestPrositePattern (test_prosite)   
Atom (Bio::PDB::Atom)   FastaM10Iterator (Bio::AlignIO::FastaIO)   Meth_Dep (Bio::Restriction::Restriction)   RandomMotifGenerator (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   TestPrositeRead (test_prosite)   
Attribute (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   FastaWriter (Bio::SeqIO::FastaIO)   Meth_Undep (Bio::Restriction::Restriction)   RandomSequenceTest (test_HotRand)   TestPSW (test_psw)   
Attribute (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   FastqIlluminaWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   MethodHolder (Bio::EUtils::sourcegen)   Range (Bio::EUtils::Datatypes)   TestQual (test_SeqIO_QualityIO)   
AttributeList (Bio::EUtils::POM)   FastqPhredWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   MissingExternalDependencyError (Bio)   Range (Bio::GenBank::LocationParser)   TestReadWrite (test_SeqIO_QualityIO)   
  B  
FastqSolexaWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   MissingTable (nextorf)   rd (Bio::Sequencing::Ace)   TestRunner (run_tests)   
BadMatrix (Bio::SubsMat)   FDistAsync (Bio::PopGen::FDist::Async)   MissingTable (Bio::SeqUtils)   Reaction (Bio::Pathway)   TestSwissProt (test_SwissProt)   
BarChartDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   FDistController (Bio::PopGen::FDist::Controller)   MMCIF2Dict (Bio::PDB::MMCIF2Dict)   ReactionTestCase (test_Pathway)   TestUniGene (test_UniGene)   
BarChartTest (test_GraphicsDistribution)   Feature (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Feature)   MMCIFParser (Bio::PDB::MMCIFParser)   Reads (Bio::Sequencing::Ace)   TestWise (test_Wise)   
Base (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   Feature (Bio::GFF)   Model (Bio::PDB::Model)   ReadTest (test_BioSQL)   TestWiseDryRun (test_Wise)   
BaseDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Feature (Bio::GenBank::Record)   MostCountSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   RebaseUpdate (Bio::Restriction::_Update::Update)   TestWriteRead (test_SeqIO_QualityIO)   
BaseHistoryRecordSet (Bio::EUtils::HistoryClient)   FeatureAggregate (Bio::GFF)   Motif (Bio::AlignAce::Motif)   Record (Bio::Fasta)   TestWriteRead (test_SeqIO_features)   
BasicNetwork (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Network)   FeatureDict (Bio::GFF::easy)   Motif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::Cluster)   Text (Bio::EUtils::POM)   
BaumWelchTrainer (Bio::HMM::Trainer)   FeatureLocation (Bio::SeqFeature)   Motif (Bio::Motif::_Motif)   Record (Bio::Compass)   TheVoid (test_PDB)   
BeforePosition (Bio::SeqFeature)   FeatureName (Bio::GenBank::LocationParser)   MotifCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   Record (Bio::UniGene)   ThinClient (Bio::EUtils::ThinClient)   
Between (Bio::GenBank::LocationParser)   FeatureParser (Bio::GenBank)   MotifCoderTest (test_NNGene)   Record (Bio::InterPro)   ThreeLetterProtein (Bio::Alphabet)   
BetweenPosition (Bio::SeqFeature)   FeatureQuery (Bio::GFF)   MotifFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   Record (Bio::SwissProt::KeyWList)   TitleFunctions (test_SeqIO_FastaIO)   
BinaryOp (Bio::EUtils::Datatypes)   FeatureQueryRow (Bio::GFF)   MotifFinderTest (test_NNGene)   Record (Bio::SwissProt)   To (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   
BioSeqDatabase (BioSQL::BioSeqDatabase)   FeatureSet (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_FeatureSet)   MotifTestsBasic (test_Motif)   Record (Bio::Prosite)   Token (Bio::GenBank::LocationParser)   
BioSQLAdapterDictionary (biocorba_sql_server)   FeatureValueCleaner (Bio::GenBank::utils)   MultiGraph (Bio::Pathway::Rep::MultiGraph)   Record (Bio::SwissProt::SProt)   tolower (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
Blast (Bio::Blast::Record)   FeatureWriting (test_SeqIO_features)   MultiGraphTestCase (test_Pathway)   Record (Bio::SCOP::Cla)   toupper (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
BlastallCommandline (Bio::Blast::Applications)   fff_rec (Bio::FSSP::fssp_rec)   MultipleAlignCL (Bio::Clustalw)   Record (Bio::Geo::Record)   TournamentSelection (Bio::GA::Selection::Tournament)   
BlastDisplayer (xbb_blastbg)   Field (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   MultipleAlignment (Bio::Blast::Record)   Record (Bio::ExPASy::ScanProsite)   TournamentSelectionTest (test_GASelection)   
BlastErrorParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   Field (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   Murphy10 (Bio::Alphabet::Reduced)   Record (Bio::ExPASy::Prosite)   Track (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Track)   
BlastIt (xbb_blast)   FieldNotFound (Bio::EUtils::Datatypes)   Murphy15 (Bio::Alphabet::Reduced)   Record (Bio::ExPASy::Prodoc)   TrackTest (test_GenomeDiagram)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIXML)   FieldNotFound (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   Murphy4 (Bio::Alphabet::Reduced)   Record (Bio::SCOP::Hie)   TrainingExample (Bio::NeuralNetwork::Training)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIWWW)   FiledList (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   Murphy8 (Bio::Alphabet::Reduced)   Record (Bio::Ndb)   TrainingSequence (Bio::HMM::Trainer)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FileIndex (Bio::SCOP::FileIndex)   MuscleApplication (test_Muscle_tool)   Record (Bio::SCOP::Des)   TranalignCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
BlastpgpCommandline (Bio::Blast::Applications)   FileRetriever (Bio::PopGen::Async)   MuscleCommandline (Bio::Align::Applications::_Muscle)   Record (Bio::ExPASy::Enzyme)   Transcribe (Bio::Transcribe)   
BlastTableEntry (Bio::Blast::ParseBlastTable)   FilteredReader (Bio::FilteredReader)   MutableSeq (Bio::Seq)   Record (Bio::Sequencing::Phd)   TransferTest (test_BioSQL)   
BlastTableReader (Bio::Blast::ParseBlastTable)   ForgivingDictionary (Bio::GFF::GenericTools)   MutationHelper (test_GAMutation)   Record (Bio::Prosite::Prodoc)   Translation (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   
BlastTableRec (Bio::Blast::ParseBlastTable)   FormatConverter (Bio::Align::FormatConvert)   MyApp (SeqGui)   Record (Bio::PopGen::FDist)   TranslationError (Bio::Data::CodonTable)   
BlastWorker (xbb_blastbg)   FormattedSeq (Bio::Restriction::Restriction)   SGMLStripper::MyParser (Bio::File)   Record (Bio::Emboss::Primer3)   TranslationSet (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   
Block (Bio::Nexus::Nexus)   FourPointTest (test_GACrossover)   Mysql_dbutils (BioSQL::DBUtils)   Record (Bio::PopGen::GenePop)   TranslationStack (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   
Blunt (Bio::Restriction::Restriction)   Fragment (Bio::PDB::FragmentMapper)   
  N  
Record (Bio::SCOP::Dom)   TranslationTests (test_Emboss)   
Brief (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   FragmentMapper (Bio::PDB::FragmentMapper)   NACCESS (Bio::PDB::NACCESS)   Record (Bio::GenBank::Record)   Translator (Bio::Translate)   
bs (Bio::Sequencing::Ace)   Fragments (Bio::EUtils::POM)   NACCESS_atomic (Bio::PDB::NACCESS)   Record (Bio::Affy::CelFile)   Tree (Bio::Nexus::Trees)   
build_ext_biopython (setup)   FreqTable (Bio::SubsMat::FreqTable)   NaiveBayes (Bio::NaiveBayes)   Record (Bio::Medline)   TreeError (Bio::Nexus::Trees)   
build_py_biopython (setup)   From (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   Name (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   Record (Bio::KEGG::Enzyme)   trieobject   
  C  
FSSPAlign (Bio::FSSP::FSSPTools)   Name (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   Record (Bio::KEGG::Compound)   TwoBound (Bio::GenBank::LocationParser)   
CaPPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   FSSPAlignDict (Bio::FSSP)   Name (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   RecordParser (Bio::Sequencing::Phd)   TwoCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   
CAPSMap (Bio::CAPS)   FSSPAlignRec (Bio::FSSP)   NameAbbr (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   RecordParser (Bio::Prosite::Prodoc)   TwoCuts (Bio::Restriction::Restriction)   
CDATA (Bio::EUtils::POM)   FSSPHeader (Bio::FSSP)   NameAbbr (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   RecordParser (Bio::Compass)   TwoPointCrossover (Bio::GA::Crossover::TwoPoint)   
CelConsumer (Bio::Affy::CelFile)   FSSPMultAlign (Bio::FSSP::FSSPTools)   NC_000932 (test_SeqIO_features)   RecordParser (Bio::PopGen::GenePop)   TwoPointTest (test_GACrossover)   
CelParser (Bio::Affy::CelFile)   FSSPSumDict (Bio::FSSP)   NC_005816 (test_SeqIO_features)   RecordParser (Bio::Enzyme)   TypeCompiler (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   
CelRecord (Bio::Affy::CelFile)   FSSPSumRec (Bio::FSSP)   NCBICodonTable (Bio::Data::CodonTable)   RecordParser (Bio::Prosite)   
  U  
CelScanner (Bio::Affy::CelFile)   FtpNameError (Bio::Restriction::_Update::Update)   NCBICodonTableDNA (Bio::Data::CodonTable)   RecordParser (Bio::PopGen::FDist)   UndoHandle (Bio::File)   
Chain (Bio::Crystal)   FtpPasswordError (Bio::Restriction::_Update::Update)   NCBICodonTableRNA (Bio::Data::CodonTable)   RecordParser (Bio::UniGene)   UnicodeElement (Bio::Entrez::Parser)   
Chain (Bio::PDB::Chain)   Function (Bio::GenBank::LocationParser)   NCBIDictionary (Bio::GenBank)   RecordParser (Bio::Medline)   UniformCrossover (Bio::GA::Crossover::Uniform)   
Chain (Bio::Nexus::Nodes)   FunctionHolder (Bio::EUtils::sourcegen)   NdbParser (Bio::Ndb)   RecordParser (Bio::Sequencing::Ace)   UniformTest (test_GACrossover)   
ChainException (Bio::Nexus::Nodes)   FuzznucCommandline (Bio::Emboss::Applications)   NeedleCommandline (Bio::Emboss::Applications)   RecordParser (Bio::GenBank)   UnigeneProtsimRecord (Bio::UniGene)   
ChainSelector (Bio::PDB::Dice)   
  G  
Neighbor   RecordParser (Bio::SwissProt::SProt)   UnigeneRecord (Bio::UniGene)   
ChainTestCase (test_Crystal)   Gapped (Bio::Alphabet)   NeighborLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   RecordParser (Bio::Fasta)   UnigeneSequenceRecord (Bio::UniGene)   
CharBuffer (Bio::Nexus::Nexus)   GenBankScanner (Bio::GenBank::Scanner)   NeighborSearch (Bio::PDB::NeighborSearch)   RecordTest (test_Fasta)   UnigeneSTSRecord (Bio::UniGene)   
CheckLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   GenBankWriter (Bio::SeqIO::InsdcIO)   NetCatch (Bio::NetCatch)   RecordTest (test_PopGen_FDist_nodepend)   Unknown (Bio::Restriction::Restriction)   
Chromosome (Bio::Graphics::BasicChromosome)   GeneralPointCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   Network (Bio::Pathway)   RecordTest (test_PopGen_GenePop)   UnknownSeq (Bio::Seq)   
ChromosomeCounts (Bio::Graphics::DisplayRepresentation)   GenerationEvolver (Bio::GA::Evolver)   newenzyme (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   Reference (Bio::ExPASy::Prodoc)   UnorderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   
ChromosomeCountTest (test_GraphicsChromosome)   Generic_dbutils (BioSQL::DBUtils)   NextOrf (nextorf)   Reference (Bio::Prosite::Prodoc)   UnsignedInteger (Bio::GenBank::LocationParser)   
ChromosomeSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   GenericASTBuilder (Bio::Parsers::spark)   Nexus (Bio::Nexus::Nexus)   Reference (Bio::SwissProt::SProt)   Update (Bio::DocSQL)   
CircularDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_CircularDrawer)   GenericASTMatcher (Bio::Parsers::spark)   NexusError (Bio::Nexus::Nexus)   Reference (Bio::SwissProt)   Url (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
ClassHolder (Bio::EUtils::sourcegen)   GenericASTTraversal (Bio::Parsers::spark)   NexusTest1 (test_Nexus)   Reference (Bio::GenBank::Record)   Url (Bio::NetCatch)   
ClaTests (test_SCOP_Cla)   GenericASTTraversalPruningException (Bio::Parsers::spark)   NexusWriter (Bio::AlignIO::NexusIO)   Reference (Bio::SeqFeature)   Url (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   
ClosedLoopTest (test_BioSQL)   GenericParser (Bio::Parsers::spark)   NMTOKEN (Bio::EUtils::POM)   Region   UrlName (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
ClustalAlignment (Bio::Clustalw)   GenericScanner (Bio::Parsers::spark)   NMTOKENS (Bio::EUtils::POM)   RequestLimiter (Bio::WWW)   UsePOMParser (Bio::EUtils::parse)   
ClustalIterator (Bio::AlignIO::ClustalIO)   GeneticAlgorithmFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   NoCrossover (test_GASelection)   Res (Bio::SCOP::Raf)   UtilsTest (test_PopGen_GenePop)   
ClustalwCommandline (Bio::Align::Applications::_Clustalw)   GetObject (Bio::EUtils::parse)   NoCut (Bio::Restriction::Restriction)   ReseekFile (Bio::EUtils::ReseekFile)   
  V  
ClustalWriter (Bio::AlignIO::ClustalIO)   Graph (Bio::Pathway::Rep::Graph)   Node   Residue (Bio::PDB::Residue)   ValidationError (Bio::EUtils::POM)   
CodonAdaptationIndex (Bio::SeqUtils::CodonUsage)   GraphData (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Graph)   Node (Bio::SCOP)   ResidueDepth (Bio::PDB::ResidueDepth)   ValidationIncreaseStop (Bio::NeuralNetwork::StopTraining)   
CodonTable (Bio::Data::CodonTable)   GraphSet (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_GraphSet)   Node (Bio::Nexus::Nodes)   Residues (Bio::SCOP::Residues)   Vector (Bio::PDB::Vector)   
ColorsTest (test_GenomeDiagram)   GraphTest (test_GenomeDiagram)   NodeData (Bio::Nexus::Trees)   ResiduesTests (test_SCOP_Residues)   VerboseDict (Bio::GFF::GenericTools)   
ColorTranslator (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Colors)   GraphTestCase (test_Pathway)   NodeException (Bio::Nexus::Nodes)   RestrictionBatch (Bio::Restriction::Restriction)   VerboseList (Bio::GFF::GenericTools)   
ColumnUnit (Bio::Wise::psw)   
  H  
NoInsertionError (Bio::DocSQL)   RestrictionBatches (test_Restriction)   
  W  
Commandline (Bio::Nexus::Nexus)   HashSet (Bio::Pathway::Rep::HashSet)   NoMutation (test_GASelection)   RestrictionType (Bio::Restriction::Restriction)   wa (Bio::Sequencing::Ace)   
Comment (Bio::EUtils::POM)   HashSetTestCase (test_Pathway)   NonPalindromic (Bio::Restriction::Restriction)   RetMax (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   WarningList (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   
Commercially_available (Bio::Restriction::Restriction)   HasStopCodon (Bio::Alphabet)   NoRepair (test_GASelection)   RetrieveSeqname (Bio::GFF)   WarningProblem (Bio::EUtils::Datatypes)   
ComparativeScatterPlot (Bio::Graphics::Comparative)   Header (Bio::Blast::Record)   normalize (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   RetStart (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   WaterCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
ComparativeTest (test_GraphicsGeneral)   Hetero (Bio::Crystal)   NoSelection (test_GASelection)   RNAAlphabet (Bio::Alphabet)   WebEnv (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   
CompareAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   HeteroTestCase (test_Crystal)   Not (Bio::EUtils::Datatypes)   RouletteWheelSelection (Bio::GA::Selection::RouletteWheel)   WebEnv (Bio::EUtils::DTDs::ePost_020511)   
CompareAceCommandline (Bio::Motif::Applications::_AlignAce)   HiddenLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   Not_available (Bio::Restriction::Restriction)   RouletteWheelSelectionTest (test_GASelection)   WithinNDays (Bio::EUtils::Datatypes)   
CompareAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   HiddenMarkovModel (Bio::HMM::MarkovModel)   NotDefined (Bio::Restriction::Restriction)   Round (Bio::Blast::Record)   WithinPosition (Bio::SeqFeature)   
CompareAceConsumer (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   HiddenMarkovModelTest (test_HMMGeneral)   NotePad (xbb_utils)   RpsBlastCommandline (Bio::Blast::Applications)   wr (Bio::Sequencing::Ace)   
CompareAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   Hierarchy (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   NucleotideAlphabet (Bio::Alphabet)   rt (Bio::Sequencing::Ace)   
  X  
CompareAceParser (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   HieTests (test_SCOP_Hie)   NumberAlphabet (test_HMMGeneral)   Rule (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   xbb_io (xbb_io)   
CompareAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   HighBound (Bio::GenBank::LocationParser)   
  O  
RuleToMany (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   xbb_sequence (xbb_sequence)   
CompareAceScanner (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   HistoryClient (Bio::EUtils::HistoryClient)   ObjectList (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   
  S  
xbb_translations (xbb_translations)   
ComparisonTestCase (run_tests)   HistoryCookie (Bio::EUtils::HistoryClient)   ObjectParserHandler (Bio::EUtils::POM)   SafeFitnessCrossover (Bio::GA::Crossover::General)   xbb_widget (xbb_widget)   
CompassTest (test_Compass)   HistoryLookup (Bio::EUtils::HistoryClient)   ObjectSelector (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   SafeFitnessMutation (Bio::GA::Mutation::General)   xbbtools_help (xbb_help)   
Connection (Bio::GFF)   HistoryRecord (Bio::EUtils::HistoryClient)   ObjectUrl (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   SafeFitnessTest (test_GAMutation)   XDNAsearch (xbb_search)   
ConnectionError (Bio::Restriction::_Update::Update)   Hit (Bio::Search)   ObjId (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   SafeFitnessTest (test_GACrossover)   XMLAttribute (Bio::EUtils::POM)   
ContentHandler (Bio::ExPASy::ScanProsite)   HomologySeq (Bio::Search)   ObjUrl (Bio::EUtils::Datatypes)   ScaledDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   XpkEntry (Bio::NMR::xpktools)   
ContentModel (Bio::EUtils::POM)   HotCache (Bio::HotRand)   ObjUrl (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   ScaledDPAlgorithmsTest (test_HMMGeneral)   
  Y  
Contig (Bio::Sequencing::Ace)   HotRandom (Bio::HotRand)   OneCut (Bio::Restriction::Restriction)   Schema (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   yy_buffer_state   
ConversionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   HPModel (Bio::Alphabet::Reduced)   OneOfPosition (Bio::SeqFeature)   SchemaCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   
  _  
ConversionTest (test_GAMutation)   HSExposureCA (Bio::PDB::HSExposure)   OP (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   SchemaCoderTest (test_NNGene)   _AbstractHSExposure (Bio::PDB::HSExposure)   
ConversionTest (test_PopGen_FDist_nodepend)   HSExposureCB (Bio::PDB::HSExposure)   Or (Bio::EUtils::Datatypes)   SchemaDNAAlphabet (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _AbstractParameter (Bio::Application)   
Count (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   HSP (Bio::Blast::Record)   OrderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   SchemaFactory (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _AlignmentConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
Count (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   HSP (Bio::Search)   Organism (Bio::GA::Organism)   SchemaFactoryTest (test_NNGene)   _Argument (Bio::Application)   
Create (Bio::DocSQL)   HSPSeq (Bio::Search)   Organism (Bio::Graphics::BasicChromosome)   SchemaFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _AttributeType (Bio::EUtils::POM)   
CreateDict (Bio::PropertyManager)   
  I  
OrganismGraphicTest (test_GraphicsChromosome)   SchemaFinderTest (test_NNGene)   _BaseGenBankConsumer (Bio::GenBank)   
CreatePopulationTest (test_GAOrganism)   IconUrl (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   OrganismTest (test_GAOrganism)   SchemaMatchingTest (test_NNGene)   _BaseMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   
Crystal (Bio::Crystal)   IconUrl (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   OutputLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   SchemaTest (test_NNGene)   _BlastAllOrPgpCommandLine (Bio::Blast::Applications)   
CrystalError (Bio::Crystal)   ID (Bio::EUtils::POM)   OutputMessage (Bio::EUtils::Datatypes)   Scop (Bio::SCOP)   _BlastCommandLine (Bio::Blast::Applications)   
CrystalTestCase (test_Crystal)   Id (Bio::EUtils::DTDs::eSummary_020511)   OutputMessage (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   ScopTests (test_SCOP_Scop)   _BlastConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
ct (Bio::Sequencing::Ace)   Id (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   OutputRecord (Bio::Emboss::PrimerSearch)   Score (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   _BlastErrorConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
  D  
Id (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   Ov3 (Bio::Restriction::Restriction)   ScoreDistribution (Bio::Motif::Thresholds)   _ChromosomeComponent (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
Database (Bio::Search)   Id (Bio::EUtils::DTDs::ePost_020511)   Ov5 (Bio::Restriction::Restriction)   Search (Bio::Search)   _Consumer (Bio::Compass)   
Database (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   IdCheck (Bio::EUtils::Datatypes)   OverhangError (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   SearchResult (Bio::EUtils::Datatypes)   _ContentModelGenerator (Bio::EUtils::POM)   
DatabaseDict (Bio::EUtils::Config)   IdCheckList (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   
  P  
SecondaryStructure (Bio::Alphabet)   _DatabaseReportConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
DatabaseInfo (Bio::EUtils::Config)   identity_match (Bio::pairwise2)   pad (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   Segment (Bio::GFF)   _DescriptionConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
DatabaseLoader (BioSQL::Loader)   IdList (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   PairwiseAlignmentTests (test_Emboss)   Select (Bio::PDB::PDBIO)   _EmbossCommandLine (Bio::Emboss::Applications)   
DatabaseRemover (BioSQL::Loader)   IdList (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   PalindromeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Separator (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   _EmbossMinimalCommandLine (Bio::Emboss::Applications)   
DatabaseReport (Bio::Blast::Record)   IDREF (Bio::EUtils::POM)   Palindromic (Bio::Restriction::Restriction)   Seq (Bio::Seq)   _FeatureConsumer (Bio::GenBank)   
DataHandler (Bio::Entrez::Parser)   IDREFS (Bio::EUtils::POM)   Parameters (Bio::Blast::Record)   SeqFeature (Bio::SeqFeature)   _HeaderConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
DataPoint   IdUrlList (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   ParamsPanel (SeqGui)   SeqFrame (SeqGui)   _HSPConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
DataRecord (Bio::Enzyme)   IdUrlSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Parser (Bio::ExPASy::ScanProsite)   SeqInterfaceTest (test_BioSQL)   _InMemoryIndex (Bio::Index)   
Date (Bio::EUtils::Datatypes)   IdUrlSet (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   Parser (Bio::SCOP::Hie)   SeqMap (Bio::SCOP::Raf)   _ListConsumer (Bio::SwissProt::KeyWList)   
DateRange (Bio::EUtils::Datatypes)   IepCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Parser (Bio::SCOP::Dom)   SeqMapIndex (Bio::SCOP::Raf)   _MASTConsumer (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
DB_Index (getgene)   InclQuery (Bio::EUtils::DTDs::LinkOut)   Parser (Bio::SCOP::Des)   SeqMat (Bio::SubsMat)   _MASTConsumer (Bio::MEME::Parser)   
DbFrom (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   IndentedText (Bio::EUtils::POM)   Parser (Bio::SCOP::Raf)   SeqPanel (SeqGui)   _MASTScanner (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
DBIds (Bio::EUtils::Datatypes)   InDepthLoadTest (test_BioSQL)   Parser (Bio::SCOP::Cla)   SeqRecord (Bio::SeqRecord)   _MASTScanner (Bio::MEME::Parser)   
DBIdsClient (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Index (Bio::SCOP::Cla)   ParserFailureError (Bio::GenBank)   SeqRecordCreation (test_SeqIO_features)   _MEMEConsumer (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
DBIdsLookup (Bio::EUtils::DBIdsClient)   IndexList   ParserTest (test_Fasta)   SeqRetAlignIOTests (test_Emboss)   _MEMEConsumer (Bio::MEME::Parser)   
DBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Info (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   ParserTest (test_PopGen_FDist_nodepend)   SeqretCommandline (Bio::Emboss::Applications)   _MEMEScanner (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
DbInfo (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   InputLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   ParserTest (test_PopGen_GenePop)   SeqRetSeqIOTests (test_Emboss)   _MEMEScanner (Bio::MEME::Parser)   
DbList (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   InputRecord (Bio::Emboss::PrimerSearch)   Path (Bio::GenBank::LocationParser)   SequenceDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _Option (Bio::Application)   
DbName (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   InsdcScanner (Bio::GenBank::Scanner)   PatternHit (Bio::Prosite)   SequenceDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _ParametersConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
DBSeq (BioSQL::BioSeq)   Insert (Bio::DocSQL)   PatternIO (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SequenceDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   
DBSeqRecord (BioSQL::BioSeq)   install_biopython (setup)   PatternIOTest (test_NNGene)   SequenceFetchMixin (Bio::EUtils::Mixins)   _PSIBlastConsumer (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
DBServer (BioSQL::BioSeqDatabase)   Instance (Bio::MEME::Motif)   PatternRepository (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SequenceHistoryFetchMixin (Bio::EUtils::HistoryClient)   _RecordConsumer (Bio::UniGene)   
DbTo (Bio::EUtils::DTDs::eLink_020511)   Integer (Bio::GenBank::LocationParser)   PatternRepositoryTest (test_NNGene)   SequenceHistoryRecord (Bio::EUtils::HistoryClient)   _RecordConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
DbTo (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   IntegerElement (Bio::Entrez::Parser)   PC5 (Bio::Alphabet::Reduced)   SequenceHistoryRecordSet (Bio::EUtils::HistoryClient)   _RecordConsumer (Bio::GenBank)   
DebuggingConsumer (debug_blast_parser)   Interaction (Bio::Pathway)   PDBConstructionException (Bio::PDB::PDBExceptions)   SequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Ace)   
defaultdict (Bio::SCOP::FileIndex)   InterlacedSequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   PDBConstructionWarning (Bio::PDB::PDBExceptions)   SequenceLine (Bio::UniGene)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Phd)   
Defined (Bio::Restriction::Restriction)   InterleaveCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   PDBException (Bio::PDB::PDBExceptions)   SequenceParser (Bio::SwissProt::SProt)   _RecordConsumer (Bio::Prosite::Prodoc)   
Description (Bio::Blast::Record)   InterleaveTest (test_GACrossover)   PDBExceptionTest (test_PDB_unit)   SequenceParser (Bio::Fasta)   _RecordConsumer (Bio::Enzyme)   
Descriptor (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   InterProParser (Bio::InterPro)   PDBIO (Bio::PDB::PDBIO)   SequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _RecordConsumer (Bio::Prosite)   
DesTests (test_SCOP_Des)   InvalidIdList (Bio::EUtils::DTDs::ePost_020511)   PDBList (Bio::PDB::PDBList)   SequentialAlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::GenePop)   
Diagram (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Diagram)   IsDate (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   PDBNeighborTest (test_PDB_unit)   SequentialSequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::FDist)   
DiagramTest (test_GenomeDiagram)   IsNumerical (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   PDBParser (Bio::PDB::PDBParser)   SGMLHandle (Bio::File)   _RecordConsumer (Bio::Medline)   
DialignApplication (test_Dialign_tool)   IsoelectricPoint (Bio::SeqUtils::IsoelectricPoint)   PDBParseTest (test_PDB_unit)   SGMLStripper (Bio::File)   _RestrictedDict (Bio::SeqRecord)   
DialignCommandline (Bio::Align::Applications::_Dialign)   Item (Bio::EUtils::DTDs::eSummary_020511)   Peaklist (Bio::NMR::xpktools)   SGMLStrippingConsumer (Bio::ParserSupport)   _Scanner (Bio::Compass)   
DiceRollAlphabet (test_HMMCasino)   IterationCursor (Bio::DocSQL)   Pgdb_dbutils (BioSQL::DBUtils)   ShortQueryBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   _Scanner (Bio::UniGene)   
DiceTypeAlphabet (test_HMMCasino)   Iterator (Bio::Compass)   PhdTest454 (test_Phd)   SigilsTest (test_GenomeDiagram)   _Scanner (Bio::SwissProt::SProt)   
Dictionary (Bio::SwissProt::SProt)   Iterator (Bio::UniGene)   PhdTestOne (test_Phd)   SignatureCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::SwissProt::KeyWList)   
Dictionary (Bio::PubMed)   Iterator (Bio::GenBank)   PhdTestSolexa (test_Phd)   SignatureCoderTest (test_NNGene)   _Scanner (Bio::Sequencing::Phd)   
Dictionary (Bio::Prosite::Prodoc)   Iterator (Bio::SwissProt::SProt)   PhdTestTwo (test_Phd)   SignatureFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::Sequencing::Ace)   
Dictionary (Bio::Prosite)   Iterator (Bio::Sequencing::Phd)   PhraseIgnored (Bio::EUtils::Datatypes)   SignatureFinderTest (test_NNGene)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIWWW)   
dictionary_match (Bio::pairwise2)   Iterator (Bio::Sequencing::Ace)   PhraseIgnored (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   SimCoalCache (Bio::PopGen::SimCoal::Cache)   _Scanner (Bio::Prosite::Prodoc)   
DictionaryBuilder (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   Iterator (Bio::Fasta)   PhraseNotFound (Bio::EUtils::Datatypes)   SimCoalCache (Bio::PopGen::SimCoal::Async)   _Scanner (Bio::Prosite)   
DictionaryElement (Bio::Entrez::Parser)   Iterator (Bio::SCOP::Raf)   PhraseNotFound (Bio::EUtils::DTDs::eSearch_020511)   SimCoalController (Bio::PopGen::SimCoal::Controller)   _Scanner (Bio::Enzyme)   
DifferentialCutsite (Bio::CAPS)   Iterator (Bio::SCOP::Hie)   PhylipIterator (Bio::AlignIO::PhylipIO)   SimpleAlignTest (test_Muscle_tool)   _Scanner (Bio::PopGen::GenePop)   
DifferentialSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Iterator (Bio::SCOP::Dom)   PhylipWriter (Bio::AlignIO::PhylipIO)   SimpleEnzyme (test_Restriction)   _Scanner (Bio::PopGen::FDist)   
DiffseqCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Iterator (Bio::SCOP::Des)   Polypeptide (Bio::PDB::Polypeptide)   SimpleFinisher (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
DirectoryRetriever (Bio::PopGen::Async)   Iterator (Bio::SCOP::Cla)   POMDocument (Bio::EUtils::POM)   SingleLetterAlphabet (Bio::Alphabet)   _Scanner (Bio::Medline)   
DisorderedAtom (Bio::PDB::Atom)   Iterator (Bio::Enzyme)   PosAlign (Bio::FSSP)   SinglePointCrossover (Bio::GA::Crossover::Point)   _SeqLength (Bio::Search)   
DisorderedEntityWrapper (Bio::PDB::Entity)   Iterator (Bio::Prosite::Prodoc)   PositionGap (Bio::SeqFeature)   SinglePointTest (test_GACrossover)   _SequenceConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
DisorderedResidue (Bio::PDB::Residue)   Iterator (Bio::Blast::NCBIStandalone)   PostResult (Bio::EUtils::Datatypes)   SinglePositionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   _ShelveIndex (Bio::Index)   
DistributionPage (Bio::Graphics::Distribution)   Iterator (Bio::Prosite)   PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   SinglePositionTest (test_GAMutation)   _Switch (Bio::Application)   
DiversitySelection (Bio::GA::Selection::Diversity)   Iterator (Bio::Medline)   PrankApplication (test_Prank_tool)   SingleToken (Bio::EUtils::DTDs::eInfo_020511)   _Transition   
DiversitySelectionTest (test_GASelection)   IteratorTest (test_Fasta)   PrankCommandline (Bio::Align::Applications::_Prank)   SourceFile (Bio::EUtils::sourcegen)   _Trie   
DNAAlphabet (Bio::Alphabet)   IUPACAmbiguousDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   PrankConversion (test_Prank_tool)   SourceGen (Bio::EUtils::sourcegen)   _XMLparser (Bio::Blast::NCBIXML)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | _

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