Logo Search packages:      
Sourcecode: python-biopython version File versions  Download package

Class Index

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _

  A  
DifferentialSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   KDTree (Bio::KDTree::KDTree)   PublicationDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SinglePointCrossover (Bio::GA::Crossover::Point)   
AbstractCommandline (Bio::Application)   DiffseqCommandline (Bio::Emboss::Applications)   kNN (Bio::kNN)   PublicationDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SinglePointTest (test_GACrossover)   
AbstractConsumer (Bio::ParserSupport)   DirectoryRetriever (Bio::PopGen::Async)   KnownStateTrainer (Bio::HMM::Trainer)   PublicationFetchMixin (Bio::EUtils::Mixins)   SinglePositionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   
AbstractCut (Bio::Restriction::Restriction)   DisorderedAtom (Bio::PDB::Atom)   
  L  
  Q  
SinglePositionTest (test_GAMutation)   
AbstractDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   DisorderedEntityWrapper (Bio::PDB::Entity)   LabelTest (test_GenomeDiagram)   qa (Bio::Sequencing::Ace)   SourceGen (Bio::EUtils::sourcegen)   
AbstractDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_AbstractDrawer)   DisorderedResidue (Bio::PDB::Residue)   LetterAlphabet (test_HMMGeneral)   Qualifier (Bio::GenBank::Record)   SplitFDist (Bio::PopGen::FDist::Async)   
AbstractLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   DistributionPage (Bio::Graphics::Distribution)   LinearDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_LinearDrawer)   QualPhredWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   Statistics (Bio::Wise::dnal)   
AbstractParser (Bio::ParserSupport)   DiversitySelection (Bio::GA::Selection::Diversity)   LineDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   QueensCrossover (test_GAQueens)   SteadyStateEvolver (Bio::GA::Evolver)   
AbstractPosition (Bio::SeqFeature)   DiversitySelectionTest (test_GASelection)   Link (Bio::EUtils::Datatypes)   QueensMutation (test_GAQueens)   StepMatrix (Bio::Nexus::Nexus)   
AbstractSelection (Bio::GA::Selection::Abstract)   DNAStrand (test_MarkovModel)   LinkSetDb (Bio::EUtils::Datatypes)   QueensRepair (test_GAQueens)   StockholmIterator (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AbstractTrainer (Bio::HMM::Trainer)   Domain (Bio::SCOP)   LinksLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Query (Bio::DocSQL)   StockholmWriter (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
ACEFileRecord (Bio::Sequencing::Ace)   ds (Bio::Sequencing::Ace)   ListParser (Bio::SwissProt::KeyWList)   
  R  
StopTrainingTest (test_NNGeneral)   
ACEParser (Bio::Sequencing::Ace)   DSSP (Bio::PDB::DSSP)   LoaderTest (test_BioSQL)   RandomMotifGenerator (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Structure (Bio::PDB::Structure)   
AceTestThree (test_Ace)   DupLoadTest (test_BioSQL)   Local (Bio::PopGen::Async::Local)   RandomSequenceTest (test_HotRand)   StructureAlignment (Bio::PDB::StructureAlignment)   
AceTestTwo (test_Ace)   
  E  
Location (Bio::GFF::easy)   Range (Bio::EUtils::Datatypes)   StructureBuilder (Bio::PDB::StructureBuilder)   
af (Bio::Sequencing::Ace)   EConsenseCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LocationFromCoords (Bio::GFF::easy)   rd (Bio::Sequencing::Ace)   STSLine (Bio::UniGene)   
affine_penalty (Bio::pairwise2)   EFetchTest (test_Entrez)   LocationFromString (Bio::GFF::easy)   Reaction (Bio::Pathway)   Summary (Bio::EUtils::Datatypes)   
AfterPosition (Bio::SeqFeature)   EGQueryTest (test_Entrez)   LocationJoin (Bio::GFF::easy)   Reads (Bio::Sequencing::Ace)   SummaryInfo (Bio::Align::AlignInfo)   
align (Bio::pairwise2)   EInfoTest (test_Entrez)   LocationParserError (Bio::GenBank)   ReadTest (test_BioSQL)   Superimposer (Bio::PDB::Superimposer)   
align::alignment_function (Bio::pairwise2)   EInvertedCommandline (Bio::Emboss::Applications)   LogDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   Record (Bio::Fasta)   Surrogate (Bio::GFF::GenericTools)   
AlignAceCommandline (Bio::Motif::Applications::_AlignAce)   ELinkTest (test_Entrez)   LogisticRegression (Bio::LogisticRegression)   Record (Bio::Cluster)   SVDSuperimposer (Bio::SVDSuperimposer::SVDSuperimposer)   
AlignAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   EmblScanner (Bio::GenBank::Scanner)   LowQualityBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   Record (Bio::UniGene)   System (Bio::Pathway)   
AlignAceConsumer (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   EmbossIterator (Bio::AlignIO::EmbossIO)   
  M  
Record (Bio::Compass)   
  T  
AlignAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   EmbossWriter (Bio::AlignIO::EmbossIO)   MafftCommandline (Bio::Align::Applications::_Mafft)   Record (Bio::SwissProt::KeyWList)   TabWriter (Bio::SeqIO::TabIO)   
AlignAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   ENeighborCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MarkovModelBuilder (Bio::HMM::MarkovModel)   Record (Bio::SwissProt)   TaggingConsumer (Bio::ParserSupport)   
AlignAceParser (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   Entity (Bio::PDB::Entity)   MASTParser (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::Prosite)   TCoffeeCommandline (Bio::Align::Applications::_TCoffee)   
AlignAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   EnzymeComparison (test_Restriction)   MASTParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::SwissProt::SProt)   TelomereSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
AlignAceScanner (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   EPostTest (test_Entrez)   MASTRecord (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::Geo::Record)   Term (Bio::EUtils::Datatypes)   
Alignment (Bio::Blast::Record)   EProtDistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MASTRecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::ExPASy::ScanProsite)   test_biopython (setup)   
Alignment (Bio::Align::Generic)   EProtParsCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MaxEntropy (Bio::MaxEntropy)   Record (Bio::ExPASy::Prosite)   TestAlphabet (test_GAMutation)   
AlignmentIterator (Bio::AlignIO::Interfaces)   ESearchTest (test_Entrez)   MEMEInstance (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::ExPASy::Prodoc)   TestAlphabet (test_GARepair)   
AlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   ESeqBootCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MEMEMotif (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::SCOP::Hie)   TestAlphabet (test_GASelection)   
Ambiguous (Bio::Restriction::Restriction)   ESpellTest (test_Entrez)   MEMEMotif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::SCOP::Cla)   TestAlphabet (test_GACrossover)   
AmbiguousRepair (Bio::GA::Repair::Stabilizing)   Est2GenomeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MEMEParser (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::SCOP::Des)   TestAlphabet (test_GAOrganism)   
AmbiguousRepairTest (test_GARepair)   ESummaryTest (test_Entrez)   MEMEParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::ExPASy::Enzyme)   TestCrossover (test_GACrossover)   
Amplifier (Bio::Emboss::PrimerSearch)   ETandemCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MEMERecord (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::Sequencing::Phd)   TestFastqErrors (test_SeqIO_QualityIO)   
And (Bio::EUtils::Datatypes)   EUtilsError (Bio::EUtils::Datatypes)   MEMERecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::Prosite::Prodoc)   TestMutator (test_GAMutation)   
AppendableListDictionary (Bio::GFF::GenericTools)   EUtilsSearchError (Bio::EUtils::Datatypes)   Meth_Dep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::PopGen::GenePop)   TestQual (test_SeqIO_QualityIO)   
ApplicationResult (Bio::Application)   EventGenerator (Bio::ParserSupport)   Meth_Undep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::PopGen::FDist)   TestReadWrite (test_SeqIO_QualityIO)   
AppTest (test_PopGen_SimCoal)   ExactPosition (Bio::SeqFeature)   Model (Bio::PDB::Model)   Record (Bio::Emboss::Primer3)   TestWriteRead (test_SeqIO_features)   
AppTest (test_PopGen_FDist)   ExampleManager (Bio::NeuralNetwork::Training)   MostCountSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Record (Bio::SCOP::Dom)   TestWriteRead (test_SeqIO_QualityIO)   
ArgsParser (Bio::GFF::GenericTools)   ExampleManagerTest (test_NNGeneral)   Motif (Bio::AlignAce::Motif)   Record (Bio::GenBank::Record)   ThinClient (Bio::EUtils::ThinClient)   
Astral (Bio::SCOP)   Expression (Bio::EUtils::Datatypes)   Motif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::Affy::CelFile)   TitleFunctions (test_SeqIO_FastaIO)   
Async (Bio::PopGen::Async)   ExtendedIUPACDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   Motif (Bio::Motif::_Motif)   Record (Bio::Medline)   TournamentSelection (Bio::GA::Selection::Tournament)   
  B  
ExtendedIUPACProtein (Bio::Alphabet::IUPAC)   MotifCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   Record (Bio::KEGG::Enzyme)   TournamentSelectionTest (test_GASelection)   
BadMatrix (Bio::SubsMat)   
  F  
MotifCoderTest (test_NNGene)   Record (Bio::KEGG::Compound)   Track (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Track)   
BarChartDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   FastaAlignment (Bio::Fasta::FastaAlign)   MotifFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   RecordParser (Bio::Prosite::Prodoc)   TrainingExample (Bio::NeuralNetwork::Training)   
BarChartTest (test_GraphicsDistribution)   FastacmdCommandline (Bio::Blast::Applications)   MotifFinderTest (test_NNGene)   RecordParser (Bio::Medline)   TrainingSequence (Bio::HMM::Trainer)   
BaseDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   FastaM10Iterator (Bio::AlignIO::FastaIO)   MultiGraph (Bio::Pathway::Rep::MultiGraph)   RecordParser (Bio::Compass)   TranalignCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
BasicNetwork (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Network)   FastaWriter (Bio::SeqIO::FastaIO)   MultipleAlignCL (Bio::Clustalw)   RecordParser (Bio::Sequencing::Phd)   TransferTest (test_BioSQL)   
BaumWelchTrainer (Bio::HMM::Trainer)   FastqPhredWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   MultipleAlignment (Bio::Blast::Record)   RecordParser (Bio::PopGen::GenePop)   TranslationTests (test_Emboss)   
BeforePosition (Bio::SeqFeature)   FDistAsync (Bio::PopGen::FDist::Async)   MuscleCommandline (Bio::Align::Applications::_Muscle)   RecordParser (Bio::Prosite)   Tree (Bio::Nexus::Trees)   
BetweenPosition (Bio::SeqFeature)   Feature (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Feature)   MutableSeq (Bio::Seq)   RecordParser (Bio::PopGen::FDist)   TwoCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   
BinaryOp (Bio::EUtils::Datatypes)   Feature (Bio::GFF)   MutationHelper (test_GAMutation)   RecordParser (Bio::Sequencing::Ace)   TwoCuts (Bio::Restriction::Restriction)   
BioSQLAdapterDictionary (biocorba_sql_server)   Feature (Bio::GenBank::Record)   
  N  
RecordParser (Bio::SwissProt::SProt)   TwoPointCrossover (Bio::GA::Crossover::TwoPoint)   
Blast (Bio::Blast::Record)   FeatureAggregate (Bio::GFF)   NaiveBayes (Bio::NaiveBayes)   RecordParser (Bio::GenBank)   TwoPointTest (test_GACrossover)   
BlastallCommandline (Bio::Blast::Applications)   FeatureDict (Bio::GFF::easy)   NCBIDictionary (Bio::GenBank)   RecordParser (Bio::Fasta)   TypeCompiler (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   
BlastErrorParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FeatureLocation (Bio::SeqFeature)   NdbParser (Bio::Ndb)   Reference (Bio::ExPASy::Prodoc)   
  U  
BlastParser (Bio::Blast::NCBIXML)   FeatureParser (Bio::GenBank)   NeedleCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Reference (Bio::Prosite::Prodoc)   UndoHandle (Bio::File)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIWWW)   FeatureQuery (Bio::GFF)   NeighborLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Reference (Bio::SwissProt::SProt)   UniformCrossover (Bio::GA::Crossover::Uniform)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FeatureQueryRow (Bio::GFF)   NeighborSearch (Bio::PDB::NeighborSearch)   Reference (Bio::SwissProt)   UniformTest (test_GACrossover)   
BlastpgpCommandline (Bio::Blast::Applications)   FeatureSet (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_FeatureSet)   NetCatch (Bio::NetCatch)   Reference (Bio::GenBank::Record)   UnigeneProtsimRecord (Bio::UniGene)   
Block (Bio::Nexus::Nexus)   FeatureValueCleaner (Bio::GenBank::utils)   Network (Bio::Pathway)   Reference (Bio::SeqFeature)   UnigeneRecord (Bio::UniGene)   
Blunt (Bio::Restriction::Restriction)   FileIndex (Bio::SCOP::FileIndex)   newenzyme (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   Res (Bio::SCOP::Raf)   UnigeneSequenceRecord (Bio::UniGene)   
bs (Bio::Sequencing::Ace)   FileRetriever (Bio::PopGen::Async)   NexusWriter (Bio::AlignIO::NexusIO)   ReseekFile (Bio::EUtils::ReseekFile)   UnigeneSTSRecord (Bio::UniGene)   
  C  
FormatConverter (Bio::Align::FormatConvert)   NoCrossover (test_GASelection)   Residue (Bio::PDB::Residue)   Unknown (Bio::Restriction::Restriction)   
CaPPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   FormattedSeq (Bio::Restriction::Restriction)   NoCut (Bio::Restriction::Restriction)   ResidueDepth (Bio::PDB::ResidueDepth)   UnknownSeq (Bio::Seq)   
CAPSMap (Bio::CAPS)   FourPointTest (test_GACrossover)   Node (Bio::SCOP)   Residues (Bio::SCOP::Residues)   UnorderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   
CelParser (Bio::Affy::CelFile)   Fragment (Bio::PDB::FragmentMapper)   Node (Bio::Nexus::Nodes)   RestrictionBatches (test_Restriction)   
  V  
CelRecord (Bio::Affy::CelFile)   FragmentMapper (Bio::PDB::FragmentMapper)   NodeData (Bio::Nexus::Trees)   RestrictionType (Bio::Restriction::Restriction)   ValidationError (Bio::EUtils::POM)   
CelScanner (Bio::Affy::CelFile)   Fragments (Bio::EUtils::POM)   NoMutation (test_GASelection)   RetrieveSeqname (Bio::GFF)   ValidationIncreaseStop (Bio::NeuralNetwork::StopTraining)   
Chain (Bio::Nexus::Nodes)   FSSPSumRec (Bio::FSSP)   NonPalindromic (Bio::Restriction::Restriction)   RouletteWheelSelection (Bio::GA::Selection::RouletteWheel)   
  W  
ChainSelector (Bio::PDB::Dice)   FuzznucCommandline (Bio::Emboss::Applications)   NoRepair (test_GASelection)   RouletteWheelSelectionTest (test_GASelection)   wa (Bio::Sequencing::Ace)   
CharBuffer (Bio::Nexus::Nexus)   
  G  
NoSelection (test_GASelection)   Round (Bio::Blast::Record)   WaterCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
CheckLinkSet (Bio::EUtils::Datatypes)   GenBankScanner (Bio::GenBank::Scanner)   Not (Bio::EUtils::Datatypes)   RpsBlastCommandline (Bio::Blast::Applications)   WithinNDays (Bio::EUtils::Datatypes)   
Chromosome (Bio::Graphics::BasicChromosome)   GeneralPointCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   Not_available (Bio::Restriction::Restriction)   rt (Bio::Sequencing::Ace)   WithinPosition (Bio::SeqFeature)   
ChromosomeCounts (Bio::Graphics::DisplayRepresentation)   GenerationEvolver (Bio::GA::Evolver)   NotDefined (Bio::Restriction::Restriction)   
  S  
wr (Bio::Sequencing::Ace)   
ChromosomeCountTest (test_GraphicsChromosome)   GeneticAlgorithmFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   NumberAlphabet (test_HMMGeneral)   SafeFitnessCrossover (Bio::GA::Crossover::General)   
  _  
ChromosomeSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   Graph (Bio::Pathway::Rep::Graph)   
  O  
SafeFitnessMutation (Bio::GA::Mutation::General)   _AbstractHSExposure (Bio::PDB::HSExposure)   
CircularDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_CircularDrawer)   GraphData (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Graph)   ObjUrl (Bio::EUtils::Datatypes)   SafeFitnessTest (test_GAMutation)   _AbstractParameter (Bio::Application)   
ClosedLoopTest (test_BioSQL)   GraphSet (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_GraphSet)   OneCut (Bio::Restriction::Restriction)   SafeFitnessTest (test_GACrossover)   _Argument (Bio::Application)   
ClustalAlignment (Bio::Clustalw)   
  H  
OneOfPosition (Bio::SeqFeature)   ScaledDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   _BaseGenBankConsumer (Bio::GenBank)   
ClustalIterator (Bio::AlignIO::ClustalIO)   HashSet (Bio::Pathway::Rep::HashSet)   Or (Bio::EUtils::Datatypes)   Schema (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _BlastAllOrPgpCommandLine (Bio::Blast::Applications)   
ClustalwCommandline (Bio::Align::Applications::_Clustalw)   Header (Bio::Blast::Record)   OrderedMultiDict (Bio::EUtils::MultiDict)   SchemaCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _BlastCommandLine (Bio::Blast::Applications)   
ClustalWriter (Bio::AlignIO::ClustalIO)   Hetero (Bio::Crystal)   Organism (Bio::GA::Organism)   SchemaCoderTest (test_NNGene)   _ChromosomeComponent (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
CodonAdaptationIndex (Bio::SeqUtils::CodonUsage)   HiddenMarkovModel (Bio::HMM::MarkovModel)   Organism (Bio::Graphics::BasicChromosome)   SchemaDNAAlphabet (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _ContentModelGenerator (Bio::EUtils::POM)   
ColorTranslator (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Colors)   HistoryCookie (Bio::EUtils::HistoryClient)   OrganismGraphicTest (test_GraphicsChromosome)   SchemaFactory (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _EmbossCommandLine (Bio::Emboss::Applications)   
Commandline (Bio::Nexus::Nexus)   HistoryLookup (Bio::EUtils::HistoryClient)   OrganismTest (test_GAOrganism)   SchemaFactoryTest (test_NNGene)   _EmbossMinimalCommandLine (Bio::Emboss::Applications)   
ComparativeScatterPlot (Bio::Graphics::Comparative)   HistoryRecord (Bio::EUtils::HistoryClient)   OutputRecord (Bio::Emboss::PrimerSearch)   SchemaFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _FeatureConsumer (Bio::GenBank)   
ComparativeTest (test_GraphicsGeneral)   HSExposureCA (Bio::PDB::HSExposure)   Ov3 (Bio::Restriction::Restriction)   SchemaFinderTest (test_NNGene)   _InMemoryIndex (Bio::Index)   
CompareAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   HSExposureCB (Bio::PDB::HSExposure)   Ov5 (Bio::Restriction::Restriction)   SchemaMatchingTest (test_NNGene)   _ListConsumer (Bio::SwissProt::KeyWList)   
CompareAceCommandline (Bio::Motif::Applications::_AlignAce)   HSP (Bio::Blast::Record)   OverhangError (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   SchemaTest (test_NNGene)   _MASTConsumer (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
CompareAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   
  I  
  P  
Scop (Bio::SCOP)   _MASTConsumer (Bio::MEME::Parser)   
CompareAceConsumer (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   IdCheck (Bio::EUtils::Datatypes)   PairwiseAlignmentTests (test_Emboss)   ScoreDistribution (Bio::Motif::Thresholds)   _MASTScanner (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
CompareAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   identity_match (Bio::pairwise2)   PalindromeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   SearchResult (Bio::EUtils::Datatypes)   _MASTScanner (Bio::MEME::Parser)   
CompareAceParser (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   IdUrlSet (Bio::EUtils::Datatypes)   Palindromic (Bio::Restriction::Restriction)   Segment (Bio::GFF)   _MEMEConsumer (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
CompareAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   IepCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Parameters (Bio::Blast::Record)   Select (Bio::PDB::PDBIO)   _MEMEConsumer (Bio::MEME::Parser)   
CompareAceScanner (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   InDepthLoadTest (test_BioSQL)   Parser (Bio::SCOP::Cla)   Seq (Bio::Seq)   _MEMEScanner (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
ComparisonTestCase (run_tests)   Index (Bio::SCOP::Cla)   ParserFailureError (Bio::GenBank)   SeqFeature (Bio::SeqFeature)   _MEMEScanner (Bio::MEME::Parser)   
Connection (Bio::GFF)   InputRecord (Bio::Emboss::PrimerSearch)   PatternHit (Bio::Prosite)   SeqInterfaceTest (test_BioSQL)   _Option (Bio::Application)   
ContentModel (Bio::EUtils::POM)   InsdcScanner (Bio::GenBank::Scanner)   PatternIO (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SeqMap (Bio::SCOP::Raf)   _PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   
Contig (Bio::Sequencing::Ace)   install_biopython (setup)   PatternIOTest (test_NNGene)   SeqMapIndex (Bio::SCOP::Raf)   _RecordConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
ConversionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   Instance (Bio::MEME::Motif)   PatternRepository (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SeqMat (Bio::SubsMat)   _RecordConsumer (Bio::GenBank)   
ConversionTest (test_GAMutation)   Interaction (Bio::Pathway)   PatternRepositoryTest (test_NNGene)   SeqRecord (Bio::SeqRecord)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Ace)   
CreatePopulationTest (test_GAOrganism)   InterlacedSequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   PDBIO (Bio::PDB::PDBIO)   SeqRecordCreation (test_SeqIO_features)   _RecordConsumer (Bio::Sequencing::Phd)   
ct (Bio::Sequencing::Ace)   InterleaveCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   PDBList (Bio::PDB::PDBList)   SeqRetAlignIOTests (test_Emboss)   _RecordConsumer (Bio::Prosite::Prodoc)   
  D  
InterleaveTest (test_GACrossover)   PDBParser (Bio::PDB::PDBParser)   SeqretCommandline (Bio::Emboss::Applications)   _RecordConsumer (Bio::Prosite)   
DatabaseDict (Bio::EUtils::Config)   InterProParser (Bio::InterPro)   Pgdb_dbutils (BioSQL::DBUtils)   SeqRetSeqIOTests (test_Emboss)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::GenePop)   
DatabaseInfo (Bio::EUtils::Config)   Iterator (Bio::Compass)   PhylipIterator (Bio::AlignIO::PhylipIO)   SequenceDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::FDist)   
DatabaseLoader (BioSQL::Loader)   Iterator (Bio::GenBank)   PhylipWriter (Bio::AlignIO::PhylipIO)   SequenceDBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _RecordConsumer (Bio::Medline)   
DatabaseRemover (BioSQL::Loader)   Iterator (Bio::SwissProt::SProt)   Polypeptide (Bio::PDB::Polypeptide)   SequenceDBIdsRecordSet (Bio::EUtils::DBIdsClient)   _RestrictedDict (Bio::SeqRecord)   
DatabaseReport (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Sequencing::Phd)   PositionGap (Bio::SeqFeature)   SequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Compass)   
Date (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::Sequencing::Ace)   PostResult (Bio::EUtils::Datatypes)   SequenceLine (Bio::UniGene)   _Scanner (Bio::UniGene)   
DateRange (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::Fasta)   PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   SequenceParser (Bio::SwissProt::SProt)   _Scanner (Bio::SwissProt::SProt)   
DBIds (Bio::EUtils::Datatypes)   Iterator (Bio::SCOP::Raf)   PrankCommandline (Bio::Align::Applications::_Prank)   SequenceParser (Bio::Fasta)   _Scanner (Bio::SwissProt::KeyWList)   
DBIdsClient (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Hie)   Primer3Commandline (Bio::Emboss::Applications)   SequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Sequencing::Phd)   
DBIdsLookup (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Dom)   Primers (Bio::Emboss::Primer3)   SequentialAlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Sequencing::Ace)   
DBIdsRecord (Bio::EUtils::DBIdsClient)   Iterator (Bio::SCOP::Des)   PrimerSearchCommandline (Bio::Emboss::Applications)   SequentialSequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIWWW)   
DBSeqRecord (BioSQL::BioSeq)   Iterator (Bio::SCOP::Cla)   PrimerSearchInputTest (test_EmbossPrimer)   SGMLHandle (Bio::File)   _Scanner (Bio::Prosite::Prodoc)   
Defined (Bio::Restriction::Restriction)   Iterator (Bio::Prosite::Prodoc)   PrintFormat (Bio::Restriction::PrintFormat)   SGMLStrippingConsumer (Bio::ParserSupport)   _Scanner (Bio::Prosite)   
Description (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Blast::NCBIStandalone)   ProbconsCommandline (Bio::Align::Applications::_Probcons)   ShortQueryBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   _Scanner (Bio::Enzyme)   
Diagram (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Diagram)   Iterator (Bio::Prosite)   Problem (Bio::EUtils::Datatypes)   SigilsTest (test_GenomeDiagram)   _Scanner (Bio::PopGen::GenePop)   
DiagramTest (test_GenomeDiagram)   Iterator (Bio::Medline)   ProteinAnalysis (Bio::SeqUtils::ProtParam)   SignatureCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::PopGen::FDist)   
DialignCommandline (Bio::Align::Applications::_Dialign)   IUPACAmbiguousDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   ProtsimLine (Bio::UniGene)   SignatureCoderTest (test_NNGene)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
Dictionary (Bio::SwissProt::SProt)   IUPACAmbiguousRNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   Provider (Bio::EUtils::Datatypes)   SignatureFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::Medline)   
Dictionary (Bio::PubMed)   IUPACProtein (Bio::Alphabet::IUPAC)   PSIBlast (Bio::Blast::Record)   SignatureFinderTest (test_NNGene)   _SequenceConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
Dictionary (Bio::Prosite::Prodoc)   IUPACUnambiguousDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   PSIBlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   SimpleAlignTest (test_Muscle_tool)   _ShelveIndex (Bio::Index)   
Dictionary (Bio::Prosite)   IUPACUnambiguousRNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   PSSM (Bio::Align::AlignInfo)   SimpleEnzyme (test_Restriction)   _Switch (Bio::Application)   
dictionary_match (Bio::pairwise2)   
  K  
PublicationDBIdsFetchMixin (Bio::EUtils::DBIdsClient)   SimpleFinisher (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _XMLparser (Bio::Blast::NCBIXML)   
DifferentialCutsite (Bio::CAPS)   

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _


Generated by  Doxygen 1.6.0   Back to index