Logo Search packages:      
Sourcecode: python-biopython version File versions  Download package

Class Index

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _

  A  
DistanceTests (test_EmbossPhylipNew)   LoaderTest (test_BioSQL)   ProtsimLine (Bio::UniGene)   SinglePositionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   
AbstractCommandline (Bio::Application)   Distribution (Bio::Phylo::PhyloXML)   Local (Bio::PopGen::Async::Local)   PSIBlast (Bio::Blast::Record)   SinglePositionTest (test_GAMutation)   
AbstractConsumer (Bio::ParserSupport)   DistributionPage (Bio::Graphics::Distribution)   Location (Bio::GFF::easy)   PSIBlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   SplitFDist (Bio::PopGen::FDist::Async)   
AbstractCut (Bio::Restriction::Restriction)   DiversitySelection (Bio::GA::Selection::Diversity)   LocationFromCoords (Bio::GFF::easy)   PSSM (Bio::Align::AlignInfo)   Sqlite_dbutils (BioSQL::DBUtils)   
AbstractDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   DiversitySelectionTest (test_GASelection)   LocationFromString (Bio::GFF::easy)   Psycopg2_dbutils (BioSQL::DBUtils)   Statistics (Bio::Wise::dnal)   
AbstractDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_AbstractDrawer)   DNAStrand (test_MarkovModel)   LocationJoin (Bio::GFF::easy)   Psycopg_dbutils (BioSQL::DBUtils)   SteadyStateEvolver (Bio::GA::Evolver)   
AbstractLayer (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Layer)   Domain (Bio::SCOP)   LocationParserError (Bio::GenBank)   
  Q  
StepMatrix (Bio::Nexus::Nexus)   
AbstractParser (Bio::ParserSupport)   DomainArchitecture (Bio::Phylo::PhyloXML)   LogDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   qa (Bio::Sequencing::Ace)   StockholmIterator (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AbstractPosition (Bio::SeqFeature)   ds (Bio::Sequencing::Ace)   LogisticRegression (Bio::LogisticRegression)   QualDict (Bio::SeqIO::_index)   StockholmWriter (Bio::AlignIO::StockholmIO)   
AbstractSelection (Bio::GA::Selection::Abstract)   DSSP (Bio::PDB::DSSP)   LogOddsMatrix (Bio::SubsMat)   Qualifier (Bio::GenBank::Record)   StopTrainingTest (test_NNGeneral)   
AbstractTrainer (Bio::HMM::Trainer)   DupLoadTest (test_BioSQL)   LowQualityBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   QualPhredWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   Structure (Bio::PDB::Structure)   
AcceptedReplacementsMatrix (Bio::SubsMat)   
  E  
  M  
QueensCrossover (test_GAQueens)   StructureAlignment (Bio::PDB::StructureAlignment)   
Accession (Bio::Phylo::PhyloXML)   EConsenseCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MafftCommandline (Bio::Align::Applications::_Mafft)   QueensMutation (test_GAQueens)   StructureBuilder (Bio::PDB::StructureBuilder)   
AceDict (Bio::SeqIO::_index)   EFetchTest (test_Entrez)   MarkovModelBuilder (Bio::HMM::MarkovModel)   QueensRepair (test_GAQueens)   STSLine (Bio::UniGene)   
ACEFileRecord (Bio::Sequencing::Ace)   EGQueryTest (test_Entrez)   MASTParser (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Query (Bio::DocSQL)   SubstitutionMatrix (Bio::SubsMat)   
AceTestThree (test_Ace)   EInfoTest (test_Entrez)   MASTParser (Bio::MEME::Parser)   
  R  
SummaryInfo (Bio::Align::AlignInfo)   
AceTestTwo (test_Ace)   EInvertedCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MASTRecord (Bio::Motif::Parsers::MEME)   RandomMotifGenerator (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Superimposer (Bio::PDB::Superimposer)   
af (Bio::Sequencing::Ace)   ELinkTest (test_Entrez)   MASTRecord (Bio::MEME::Parser)   RandomSequenceTest (test_HotRand)   Surrogate (Bio::GFF::GenericTools)   
affine_penalty (Bio::pairwise2)   EmblDict (Bio::SeqIO::_index)   MaxEntropy (Bio::MaxEntropy)   rd (Bio::Sequencing::Ace)   SVDSuperimposer (Bio::SVDSuperimposer::SVDSuperimposer)   
AfterPosition (Bio::SeqFeature)   EmblScanner (Bio::GenBank::Scanner)   MEMEInstance (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Reaction (Bio::Pathway)   SwissDict (Bio::SeqIO::_index)   
align (Bio::pairwise2)   EmbossIterator (Bio::AlignIO::EmbossIO)   MEMEMotif (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Reads (Bio::Sequencing::Ace)   System (Bio::Pathway)   
align::alignment_function (Bio::pairwise2)   EmbossWriter (Bio::AlignIO::EmbossIO)   MEMEMotif (Bio::MEME::Motif)   ReadTest (test_BioSQL)   
  T  
AlignAceCommandline (Bio::Motif::Applications::_AlignAce)   ENeighborCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MEMEParser (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::Compass)   TabDict (Bio::SeqIO::_index)   
AlignAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   Entity (Bio::PDB::Entity)   MEMEParser (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::Emboss::Primer3)   TabWriter (Bio::SeqIO::TabIO)   
AlignAceConsumer (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   EnzymeComparison (test_Restriction)   MEMERecord (Bio::Motif::Parsers::MEME)   Record (Bio::Cluster)   TaggingConsumer (Bio::ParserSupport)   
AlignAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   EPostTest (test_Entrez)   MEMERecord (Bio::MEME::Parser)   Record (Bio::Sequencing::Phd)   Taxonomy (Bio::Phylo::PhyloXML)   
AlignAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   EProtDistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Meth_Dep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::SCOP::Des)   TCoffeeCommandline (Bio::Align::Applications::_TCoffee)   
AlignAceParser (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   EProtParsCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Meth_Undep (Bio::Restriction::Restriction)   Record (Bio::PopGen::FDist)   TelomereSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
AlignAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   ESearchTest (test_Entrez)   MethodTests (test_PhyloXML)   Record (Bio::Fasta)   test_biopython (setup)   
AlignAceScanner (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   ESeqBootCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MixinTests (test_Phylo)   Record (Bio::ExPASy::Prosite)   TestAlphabet (test_GASelection)   
Alignment (Bio::Blast::Record)   ESpellTest (test_Entrez)   Model (Bio::PDB::Model)   Record (Bio::ExPASy::Prodoc)   TestAlphabet (test_GAMutation)   
Alignment (Bio::Align::Generic)   Est2GenomeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   MolSeq (Bio::Phylo::PhyloXML)   Record (Bio::ExPASy::Enzyme)   TestAlphabet (test_GARepair)   
AlignmentIterator (Bio::AlignIO::Interfaces)   ESummaryTest (test_Entrez)   MostCountSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Record (Bio::Motif::Parsers::MAST)   TestAlphabet (test_GAOrganism)   
AlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   ETandemCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Motif (Bio::Motif::_Motif)   Record (Bio::SwissProt)   TestAlphabet (test_GACrossover)   
Ambiguous (Bio::Restriction::Restriction)   EventGenerator (Bio::ParserSupport)   Motif (Bio::MEME::Motif)   Record (Bio::Prosite::Prodoc)   TestCrossover (test_GACrossover)   
AmbiguousRepair (Bio::GA::Repair::Stabilizing)   Events (Bio::Phylo::PhyloXML)   Motif (Bio::AlignAce::Motif)   Record (Bio::UniGene)   TestFastqErrors (test_SeqIO_QualityIO)   
AmbiguousRepairTest (test_GARepair)   ExactPosition (Bio::SeqFeature)   MotifCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   Record (Bio::SCOP::Cla)   TestMutator (test_GAMutation)   
Amplifier (Bio::Emboss::PrimerSearch)   ExampleManager (Bio::NeuralNetwork::Training)   MotifCoderTest (test_NNGene)   Record (Bio::KEGG::Enzyme)   TestQual (test_SeqIO_QualityIO)   
Annotation (Bio::Phylo::PhyloXML)   ExampleManagerTest (test_NNGeneral)   MotifFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Motif)   Record (Bio::SwissProt::SProt)   TestReadWrite (test_SeqIO_QualityIO)   
AppendableListDictionary (Bio::GFF::GenericTools)   ExPASyTests (test_SeqIO_online)   MotifFinderTest (test_NNGene)   Record (Bio::SwissProt::KeyWList)   TestReferenceFastqConversions (test_SeqIO_QualityIO)   
ApplicationResult (Bio::Application)   ExpectedFrequencyMatrix (Bio::SubsMat)   MultiGraph (Bio::Pathway::Rep::MultiGraph)   Record (Bio::Medline)   TestWriteRead (test_SeqIO_features)   
AppTest (test_PopGen_SimCoal)   ExtendedIUPACDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   MultipleAlignCL (Bio::Clustalw)   Record (Bio::KEGG::Compound)   TestWriteRead (test_SeqIO_QualityIO)   
AppTest (test_PopGen_GenePop_EasyController)   ExtendedIUPACProtein (Bio::Alphabet::IUPAC)   MultipleAlignment (Bio::Blast::Record)   Record (Bio::SCOP::Hie)   TitleFunctions (test_SeqIO_FastaIO)   
AppTest (test_PopGen_GenePop)   
  F  
MultipleSeqAlignment (Bio::Align)   Record (Bio::Affy::CelFile)   TournamentSelection (Bio::GA::Selection::Tournament)   
AppTest (test_PopGen_FDist)   FastaAlignment (Bio::Fasta::FastaAlign)   MuscleCommandline (Bio::Align::Applications::_Muscle)   Record (Bio::SCOP::Dom)   TournamentSelectionTest (test_GASelection)   
ArgsParser (Bio::GFF::GenericTools)   FastacmdCommandline (Bio::Blast::Applications)   MutableSeq (Bio::Seq)   Record (Bio::ExPASy::ScanProsite)   Track (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Track)   
Astral (Bio::SCOP)   FastaDict (Bio::SeqIO::_index)   MutationHelper (test_GAMutation)   Record (Bio::Prosite)   TrainingExample (Bio::NeuralNetwork::Training)   
Async (Bio::PopGen::Async)   FastaM10Iterator (Bio::AlignIO::FastaIO)   Mysql_dbutils (BioSQL::DBUtils)   Record (Bio::PopGen::GenePop)   TrainingSequence (Bio::HMM::Trainer)   
  B  
FastaWriter (Bio::SeqIO::FastaIO)   
  N  
Record (Bio::GenBank::Record)   TranalignCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
BarChartDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   FastqIlluminaDict (Bio::SeqIO::_index)   NaiveBayes (Bio::NaiveBayes)   Record (Bio::Geo::Record)   TransferTest (test_BioSQL)   
BarChartTest (test_GraphicsDistribution)   FastqPhredWriter (Bio::SeqIO::QualityIO)   NcbiblastnCommandline (Bio::Blast::Applications)   RecordParser (Bio::Fasta)   TranslationTests (test_Emboss)   
BasicNetwork (Bio::NeuralNetwork::BackPropagation::Network)   FastqSangerDict (Bio::SeqIO::_index)   NcbiblastpCommandline (Bio::Blast::Applications)   RecordParser (Bio::PopGen::FDist)   Tree (Bio::Phylo::Newick)   
BaumWelchTrainer (Bio::HMM::Trainer)   FastqSolexaDict (Bio::SeqIO::_index)   NcbiblastxCommandline (Bio::Blast::Applications)   RecordParser (Bio::GenBank)   Tree (Bio::Nexus::Trees)   
BeforePosition (Bio::SeqFeature)   FConsenseCommandline (Bio::Emboss::Applications)   NcbipsiblastCommandline (Bio::Blast::Applications)   RecordParser (Bio::SwissProt::SProt)   Tree (Bio::Phylo::BaseTree)   
BetweenPosition (Bio::SeqFeature)   FDistAsync (Bio::PopGen::FDist::Async)   NcbirpsblastCommandline (Bio::Blast::Applications)   RecordParser (Bio::Compass)   TreeComparisonTests (test_EmbossPhylipNew)   
BinaryCharacters (Bio::Phylo::PhyloXML)   FDNADistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   NcbirpstblastnCommandline (Bio::Blast::Applications)   RecordParser (Bio::Prosite::Prodoc)   TreeElement (Bio::Phylo::BaseTree)   
Blast (Bio::Blast::Record)   FDNAParsCommandline (Bio::Emboss::Applications)   NcbitblastnCommandline (Bio::Blast::Applications)   RecordParser (Bio::Prosite)   TreeMixin (Bio::Phylo::BaseTree)   
BlastallCommandline (Bio::Blast::Applications)   Feature (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Feature)   NcbitblastxCommandline (Bio::Blast::Applications)   RecordParser (Bio::UniGene)   TreeTests (test_PhyloXML)   
BlastErrorParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   Feature (Bio::GFF)   NeedleCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Reference (Bio::SwissProt)   TreeTests (test_Phylo)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIXML)   Feature (Bio::GenBank::Record)   NeighborSearch (Bio::PDB::NeighborSearch)   Reference (Bio::Phylo::PhyloXML)   TwoCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   
BlastParser (Bio::Blast::NCBIStandalone)   FeatureAggregate (Bio::GFF)   NetCatch (Bio::NetCatch)   Reference (Bio::SwissProt::SProt)   TwoCuts (Bio::Restriction::Restriction)   
BlastpgpCommandline (Bio::Blast::Applications)   FeatureDict (Bio::GFF::easy)   Network (Bio::Pathway)   Reference (Bio::SeqFeature)   TwoPointCrossover (Bio::GA::Crossover::TwoPoint)   
Block (Bio::Nexus::Nexus)   FeatureLocation (Bio::SeqFeature)   newenzyme (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   Reference (Bio::ExPASy::Prodoc)   TwoPointTest (test_GACrossover)   
Blunt (Bio::Restriction::Restriction)   FeatureParser (Bio::GenBank)   NewickError (Bio::Phylo::NewickIO)   Reference (Bio::Prosite::Prodoc)   TypeCompiler (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   
BootstrapTests (test_EmbossPhylipNew)   FeatureQuery (Bio::GFF)   NexusWriter (Bio::AlignIO::NexusIO)   Reference (Bio::GenBank::Record)   
  U  
BranchColor (Bio::Phylo::PhyloXML)   FeatureQueryRow (Bio::GFF)   NoCrossover (test_GASelection)   Res (Bio::SCOP::Raf)   UndoHandle (Bio::File)   
bs (Bio::Sequencing::Ace)   FeatureSet (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_FeatureSet)   NoCut (Bio::Restriction::Restriction)   Residue (Bio::PDB::Residue)   UniformCrossover (Bio::GA::Crossover::Uniform)   
  C  
FeatureValueCleaner (Bio::GenBank::utils)   Node (Bio::SCOP)   ResidueDepth (Bio::PDB::ResidueDepth)   UniformTest (test_GACrossover)   
CaPPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   FileRecord (Bio::PopGen::GenePop::FileParser)   Node (Bio::Nexus::Nodes)   Residues (Bio::SCOP::Residues)   UnigeneProtsimRecord (Bio::UniGene)   
CAPSMap (Bio::CAPS)   FileRetriever (Bio::PopGen::Async)   NodeData (Bio::Nexus::Trees)   RestrictionBatches (test_Restriction)   UnigeneRecord (Bio::UniGene)   
CelConsumer (Bio::Affy::CelFile)   FNeighborCommandline (Bio::Emboss::Applications)   NoMutation (test_GASelection)   RestrictionType (Bio::Restriction::Restriction)   UnigeneSequenceRecord (Bio::UniGene)   
CelParser (Bio::Affy::CelFile)   FormatConverter (Bio::Align::FormatConvert)   NonPalindromic (Bio::Restriction::Restriction)   RetrieveSeqname (Bio::GFF)   UnigeneSTSRecord (Bio::UniGene)   
CelRecord (Bio::Affy::CelFile)   FormattedSeq (Bio::Restriction::Restriction)   NoRepair (test_GASelection)   RouletteWheelSelection (Bio::GA::Selection::RouletteWheel)   Unknown (Bio::Restriction::Restriction)   
CelScanner (Bio::Affy::CelFile)   FourPointTest (test_GACrossover)   NoSelection (test_GASelection)   RouletteWheelSelectionTest (test_GASelection)   UnknownSeq (Bio::Seq)   
Chain (Bio::Nexus::Nodes)   FProtDistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Not_available (Bio::Restriction::Restriction)   Round (Bio::Blast::Record)   Uri (Bio::Phylo::PhyloXML)   
ChainSelector (Bio::PDB::Dice)   FProtParsCommandline (Bio::Emboss::Applications)   NotDefined (Bio::Restriction::Restriction)   RpsBlastCommandline (Bio::Blast::Applications)   UtilTests (test_Phylo_depend)   
CharBuffer (Bio::Nexus::Nexus)   Fragment (Bio::PDB::FragmentMapper)   NovoalignCommandline (Bio::Sequencing::Applications::_Novoalign)   rt (Bio::Sequencing::Ace)   
  V  
Chromosome (Bio::Graphics::BasicChromosome)   FragmentMapper (Bio::PDB::FragmentMapper)   NumberAlphabet (test_HMMGeneral)   
  S  
ValidationIncreaseStop (Bio::NeuralNetwork::StopTraining)   
ChromosomeCounts (Bio::Graphics::DisplayRepresentation)   FSeqBootCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
  O  
SafeFitnessCrossover (Bio::GA::Crossover::General)   
  W  
ChromosomeCountTest (test_GraphicsChromosome)   FSSPSumRec (Bio::FSSP)   ObservedFrequencyMatrix (Bio::SubsMat)   SafeFitnessMutation (Bio::GA::Mutation::General)   wa (Bio::Sequencing::Ace)   
ChromosomeSegment (Bio::Graphics::BasicChromosome)   FTreeDistCommandline (Bio::Emboss::Applications)   OneCut (Bio::Restriction::Restriction)   SafeFitnessTest (test_GAMutation)   WaterCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
CircularDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_CircularDrawer)   FuzznucCommandline (Bio::Emboss::Applications)   OneOfPosition (Bio::SeqFeature)   SafeFitnessTest (test_GACrossover)   WithinPosition (Bio::SeqFeature)   
Clade (Bio::Phylo::PhyloXML)   
  G  
Organism (Bio::GA::Organism)   ScaledDPAlgorithms (Bio::HMM::DynamicProgramming)   wr (Bio::Sequencing::Ace)   
Clade (Bio::Phylo::Newick)   GenBankDict (Bio::SeqIO::_index)   Organism (Bio::Graphics::BasicChromosome)   Schema (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Writer (Bio::Phylo::NewickIO)   
Clade (Bio::Phylo::BaseTree)   GenBankScanner (Bio::GenBank::Scanner)   OrganismGraphicTest (test_GraphicsChromosome)   SchemaCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Writer (Bio::Phylo::PhyloXMLIO)   
CladeRelation (Bio::Phylo::PhyloXML)   GeneralPointCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   OrganismTest (test_GAOrganism)   SchemaCoderTest (test_NNGene)   WriterTests (test_PhyloXML)   
ClosedLoopTest (test_BioSQL)   GenerationEvolver (Bio::GA::Evolver)   Other (Bio::Phylo::PhyloXML)   SchemaDNAAlphabet (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   
  _  
ClustalAlignment (Bio::Clustalw)   Generic_dbutils (BioSQL::DBUtils)   OutputRecord (Bio::Emboss::PrimerSearch)   SchemaFactory (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _AbstractHSExposure (Bio::PDB::HSExposure)   
ClustalIterator (Bio::AlignIO::ClustalIO)   GeneticAlgorithmFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   Ov3 (Bio::Restriction::Restriction)   SchemaFactoryTest (test_NNGene)   _AbstractParameter (Bio::Application)   
ClustalwCommandline (Bio::Align::Applications::_Clustalw)   Graph (Bio::Pathway::Rep::Graph)   Ov5 (Bio::Restriction::Restriction)   SchemaFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _Argument (Bio::Application)   
ClustalWriter (Bio::AlignIO::ClustalIO)   GraphData (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Graph)   OverhangError (Bio::Restriction::_Update::RestrictionCompiler)   SchemaFinderTest (test_NNGene)   _BaseGenBankConsumer (Bio::GenBank)   
CodonAdaptationIndex (Bio::SeqUtils::CodonUsage)   GraphSet (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_GraphSet)   
  P  
SchemaMatchingTest (test_NNGene)   _BlastAllOrPgpCommandLine (Bio::Blast::Applications)   
ColorTranslator (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Colors)   
  H  
PairwiseAlignmentTests (test_Emboss)   SchemaTest (test_NNGene)   _BlastCommandLine (Bio::Blast::Applications)   
Commandline (Bio::Nexus::Nexus)   HashSet (Bio::Pathway::Rep::HashSet)   PalindromeCommandline (Bio::Emboss::Applications)   Scop (Bio::SCOP)   _ChromosomeComponent (Bio::Graphics::BasicChromosome)   
ComparativeScatterPlot (Bio::Graphics::Comparative)   Header (Bio::Blast::Record)   Palindromic (Bio::Restriction::Restriction)   ScoreDistribution (Bio::Motif::Thresholds)   _EmbossCommandLine (Bio::Emboss::Applications)   
ComparativeTest (test_GraphicsGeneral)   Hetero (Bio::Crystal)   Parameters (Bio::Blast::Record)   Segment (Bio::GFF)   _EmbossMinimalCommandLine (Bio::Emboss::Applications)   
ComparativeTest (test_GraphicsBitmaps)   HiddenMarkovModel (Bio::HMM::MarkovModel)   Parser (Bio::Phylo::NewickIO)   Select (Bio::PDB::PDBIO)   _FastqSeqFileDict (Bio::SeqIO::_index)   
CompareAceCommandline (Bio::Motif::Applications::_AlignAce)   HSExposureCA (Bio::PDB::HSExposure)   Parser (Bio::Phylo::PhyloXMLIO)   Seq (Bio::Seq)   _FeatureConsumer (Bio::GenBank)   
CompareAceCommandline (Bio::AlignAce::Applications)   HSExposureCB (Bio::PDB::HSExposure)   ParserFailureError (Bio::GenBank)   SeqFeature (Bio::SeqFeature)   _FileIterator (Bio::PopGen::GenePop::Controller)   
CompareAceConsumer (Bio::AlignAce::Parser)   HSP (Bio::Blast::Record)   ParseTests (test_PhyloXML)   SeqFeatureCreation (test_SeqIO_features)   _GenePopCommandline (Bio::PopGen::GenePop::Controller)   
CompareAceConsumer (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   
  I  
ParsimonyTests (test_EmbossPhylipNew)   SeqFeatureExtraction (test_SeqIO_features)   _IndexedSeqFileDict (Bio::SeqIO::_index)   
CompareAceParser (Bio::AlignAce::Parser)   Id (Bio::Phylo::PhyloXML)   PatternHit (Bio::Prosite)   SeqInterfaceTest (test_BioSQL)   _InMemoryIndex (Bio::Index)   
CompareAceParser (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   identity_match (Bio::pairwise2)   PatternIO (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SeqMap (Bio::SCOP::Raf)   _InsdcWriter (Bio::SeqIO::InsdcIO)   
CompareAceScanner (Bio::AlignAce::Scanner)   IepCommandline (Bio::Emboss::Applications)   PatternIOTest (test_NNGene)   SeqMapIndex (Bio::SCOP::Raf)   _MASTConsumer (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
CompareAceScanner (Bio::Motif::Parsers::AlignAce)   InDepthLoadTest (test_BioSQL)   PatternRepository (Bio::NeuralNetwork::Gene::Pattern)   SeqMat (Bio::SubsMat)   _MASTConsumer (Bio::MEME::Parser)   
ComparisonTestCase (run_tests)   Index (Bio::SCOP::Cla)   PatternRepositoryTest (test_NNGene)   SeqmatchallCommandline (Bio::Emboss::Applications)   _MASTScanner (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
Confidence (Bio::Phylo::PhyloXML)   IndexDictTests (test_SeqIO_index)   PDBIO (Bio::PDB::PDBIO)   SeqRecord (Bio::SeqRecord)   _MASTScanner (Bio::MEME::Parser)   
Connection (Bio::GFF)   InputRecord (Bio::Emboss::PrimerSearch)   PDBList (Bio::PDB::PDBList)   SeqRecordCreation (test_SeqRecord)   _MEMEConsumer (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
Contig (Bio::Sequencing::Ace)   InsdcScanner (Bio::GenBank::Scanner)   PDBParser (Bio::PDB::PDBParser)   SeqRecordMethods (test_SeqRecord)   _MEMEConsumer (Bio::MEME::Parser)   
ConversionMutation (Bio::GA::Mutation::Simple)   install_biopython (setup)   Pgdb_dbutils (BioSQL::DBUtils)   SeqRetAlignIOTests (test_Emboss)   _MEMEScanner (Bio::Motif::Parsers::MEME)   
ConversionTest (test_GAMutation)   Instance (Bio::MEME::Motif)   PhdDict (Bio::SeqIO::_index)   SeqretCommandline (Bio::Emboss::Applications)   _MEMEScanner (Bio::MEME::Parser)   
ConvertTests (test_SeqIO_convert)   IntelliGeneticsDict (Bio::SeqIO::_index)   PhdWriter (Bio::SeqIO::PhdIO)   SeqRetSeqIOTests (test_Emboss)   _Ncbiblast2SeqCommandline (Bio::Blast::Applications)   
ConvertTests (test_AlignIO_convert)   Interaction (Bio::Pathway)   PhylipIterator (Bio::AlignIO::PhylipIO)   Sequence (Bio::Phylo::PhyloXML)   _NcbiblastCommandline (Bio::Blast::Applications)   
CreatePopulationTest (test_GAOrganism)   InterlacedSequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   PhylipWriter (Bio::AlignIO::PhylipIO)   SequenceIterator (Bio::SeqIO::Interfaces)   _Option (Bio::Application)   
ct (Bio::Sequencing::Ace)   InterleaveCrossover (Bio::GA::Crossover::GeneralPoint)   PhyloElement (Bio::Phylo::PhyloXML)   SequenceLine (Bio::UniGene)   _PostgreSQL_dbutils (BioSQL::DBUtils)   
  D  
InterleaveTest (test_GACrossover)   Phylogeny (Bio::Phylo::PhyloXML)   SequenceParser (Bio::Fasta)   _PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   
DatabaseLoader (BioSQL::Loader)   InterProParser (Bio::InterPro)   Phyloxml (Bio::Phylo::PhyloXML)   SequenceParser (Bio::SwissProt::SProt)   _RecordConsumer (Bio::UniGene)   
DatabaseRemover (BioSQL::Loader)   Iterator (Bio::GenBank)   PhyloXMLError (Bio::Phylo::PhyloXMLIO)   SequenceRelation (Bio::Phylo::PhyloXML)   _RecordConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
DatabaseReport (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Blast::NCBIStandalone)   PhyloXMLWarning (Bio::Phylo::PhyloXML)   SequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _RecordConsumer (Bio::Prosite::Prodoc)   
Date (Bio::Phylo::PhyloXML)   Iterator (Bio::UniGene)   PirDict (Bio::SeqIO::_index)   SequentialAlignmentWriter (Bio::AlignIO::Interfaces)   _RecordConsumer (Bio::Prosite)   
DBSeqRecord (BioSQL::BioSeq)   Iterator (Bio::SCOP::Dom)   Point (Bio::Phylo::PhyloXML)   SequentialSequenceWriter (Bio::SeqIO::Interfaces)   _RecordConsumer (Bio::PopGen::FDist)   
Defined (Bio::Restriction::Restriction)   Iterator (Bio::Compass)   Polygon (Bio::Phylo::PhyloXML)   SffDict (Bio::SeqIO::_index)   _RecordConsumer (Bio::GenBank)   
Description (Bio::Blast::Record)   Iterator (Bio::Fasta)   Polypeptide (Bio::PDB::Polypeptide)   SffWriter (Bio::SeqIO::SffIO)   _RestrictedDict (Bio::SeqRecord)   
Diagram (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_Diagram)   IUPACAmbiguousDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   PositionGap (Bio::SeqFeature)   SGMLHandle (Bio::File)   _Scanner (Bio::Enzyme)   
DiagramTest (test_GenomeDiagram)   IUPACAmbiguousRNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   PPBuilder (Bio::PDB::Polypeptide)   SGMLStrippingConsumer (Bio::ParserSupport)   _Scanner (Bio::Blast::NCBIStandalone)   
DialignCommandline (Bio::Align::Applications::_Dialign)   IUPACProtein (Bio::Alphabet::IUPAC)   PrankCommandline (Bio::Align::Applications::_Prank)   ShortQueryBlastError (Bio::Blast::NCBIStandalone)   _Scanner (Bio::UniGene)   
Dictionary (Bio::SwissProt::SProt)   IUPACUnambiguousDNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   Primer3Commandline (Bio::Emboss::Applications)   SigilsTest (test_GenomeDiagram)   _Scanner (Bio::SwissProt::SProt)   
Dictionary (Bio::Prosite::Prodoc)   IUPACUnambiguousRNA (Bio::Alphabet::IUPAC)   Primers (Bio::Emboss::Primer3)   SignatureCoder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::Prosite::Prodoc)   
Dictionary (Bio::Prosite)   
  K  
PrimerSearchCommandline (Bio::Emboss::Applications)   SignatureCoderTest (test_NNGene)   _Scanner (Bio::Prosite)   
dictionary_match (Bio::pairwise2)   KDTree (Bio::KDTree::KDTree)   PrimerSearchInputTest (test_EmbossPrimer)   SignatureFinder (Bio::NeuralNetwork::Gene::Signature)   _Scanner (Bio::PopGen::FDist)   
DifferentialCutsite (Bio::CAPS)   kNN (Bio::kNN)   PrintFormat (Bio::Restriction::PrintFormat)   SignatureFinderTest (test_NNGene)   _Scanner (Bio::Compass)   
DifferentialSchemaFitness (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   KnownStateTrainer (Bio::HMM::Trainer)   ProbconsCommandline (Bio::Align::Applications::_Probcons)   SimpleAlignTest (test_Muscle_tool)   _SequenceConsumer (Bio::SwissProt::SProt)   
DiffseqCommandline (Bio::Emboss::Applications)   
  L  
Property (Bio::Phylo::PhyloXML)   SimpleEnzyme (test_Restriction)   _SequentialSeqFileDict (Bio::SeqIO::_index)   
DirectoryRetriever (Bio::PopGen::Async)   LabelTest (test_GenomeDiagram)   ProteinAnalysis (Bio::SeqUtils::ProtParam)   SimpleFinisher (Bio::NeuralNetwork::Gene::Schema)   _ShelveIndex (Bio::Index)   
DisorderedAtom (Bio::PDB::Atom)   LetterAlphabet (test_HMMGeneral)   ProteinDomain (Bio::Phylo::PhyloXML)   SinglePointCrossover (Bio::GA::Crossover::Point)   _Switch (Bio::Application)   
DisorderedEntityWrapper (Bio::PDB::Entity)   LinearDrawer (Bio::Graphics::GenomeDiagram::_LinearDrawer)   ProteinX (Bio::SeqUtils)   SinglePointTest (test_GACrossover)   _XMLparser (Bio::Blast::NCBIXML)   
DisorderedResidue (Bio::PDB::Residue)   LineDistribution (Bio::Graphics::Distribution)   

A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | _


Generated by  Doxygen 1.6.0   Back to index