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MatrixInfo.py
00001 """
A whole bunch of substitution matrices for use in alignments, etc.

The info on this page was obtained from:
    http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mlist1.html
and was extracted using the code in 'get_matrices.py.'
"""
# a list of all available substitution matrices
available_matrices = ['benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100',
                      'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45', 
                      'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62', 
                      'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80', 
                      'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng', 
                      'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant', 
                      'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach', 
                      'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180', 
                      'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60', 
                      'pam90', 'rao', 'risler', 'structure'
                     ]

#NOTE - The only reason we define temp functions rather than assinging
#the dictionaries directly to variables is too work arround a JVM
#limitation on code size if runnning under Jython. The temp functions
#have an underscore to indicate they are private, and are in any case
#deleted after use (partly to ensure we don't use any of them twice).

# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner6.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : -1.6, ('L', 'R') : -3.2, ('I', 'I') : 4.4, ('Q', 'Q') : 5.3, 
('W', 'N') : -4.4, ('V', 'I') : 3.9, ('H', 'T') : -1.7, ('H', 'P') : -0.4, 
('W', 'V') : -4.8, ('Q', 'E') : 2.1, ('W', 'R') : 2.0, ('Q', 'A') : -1.7, 
('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.1, ('L', 'N') : -3.4, ('Y', 'M') : -3.6, 
('Y', 'I') : -3.3, ('Y', 'E') : -4.1, ('E', 'S') : -1.2, ('Y', 'A') : -4.0, 
('Y', 'Y') : 9.5, ('T', 'C') : -1.5, ('E', 'C') : -4.7, ('Y', 'Q') : -1.4, 
('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.7, ('C', 'C') : 12.1, ('M', 'R') : -3.0, 
('P', 'T') : 0.6, ('V', 'E') : -3.0, ('P', 'P') : 6.5, ('I', 'T') : 0.7, 
('K', 'S') : -1.2, ('R', 'G') : -0.1, ('I', 'P') : -2.0, ('R', 'C') : -0.4, 
('A', 'T') : 1.7, ('K', 'K') : 5.6, ('A', 'P') : 1.1, ('V', 'M') : 3.3, 
('I', 'D') : -4.2, ('K', 'C') : -2.8, ('K', 'G') : -1.4, ('R', 'S') : -0.9, 
('F', 'Q') : -4.4, ('F', 'A') : -3.2, ('V', 'V') : 4.0, ('M', 'N') : -2.5, 
('F', 'E') : -6.7, ('D', 'N') : 2.5, ('F', 'I') : 0.0, ('F', 'M') : -0.1, 
('M', 'S') : -1.3, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -2.4, ('W', 'E') : -5.6, 
('W', 'A') : -4.3, ('W', 'M') : -4.4, ('H', 'S') : -0.9, ('W', 'I') : -5.0, 
('S', 'C') : 0.9, ('L', 'A') : -1.3, ('L', 'E') : -5.0, ('W', 'Q') : -2.6, 
('H', 'G') : -2.1, ('Q', 'N') : 0.1, ('H', 'C') : -1.2, ('L', 'M') : -2.9, 
('W', 'Y') : -0.3, ('Y', 'N') : -0.9, ('E', 'P') : -2.6, ('Y', 'F') : 5.6, 
('E', 'T') : -1.6, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.5, ('G', 'A') : 0.8, 
('Y', 'V') : -3.8, ('E', 'D') : 4.4, ('W', 'H') : -2.8, ('Y', 'R') : -2.6, 
('M', 'Q') : -3.1, ('P', 'S') : 1.4, ('R', 'H') : 1.8, ('A', 'C') : -1.7, 
('R', 'D') : -1.5, ('K', 'P') : -2.3, ('L', 'D') : -5.3, ('K', 'T') : -1.1, 
('V', 'N') : -2.4, ('M', 'A') : -0.2, ('K', 'H') : 0.9, ('V', 'R') : -3.7, 
('P', 'C') : -2.7, ('M', 'E') : -4.1, ('A', 'S') : 1.4, ('T', 'T') : 2.4, 
('R', 'T') : -1.3, ('I', 'G') : -3.4, ('R', 'P') : -1.3, ('K', 'D') : -0.2, 
('I', 'C') : -3.6, ('F', 'R') : -4.9, ('F', 'V') : -0.5, ('L', 'C') : -3.8, 
('F', 'F') : 8.3, ('D', 'A') : -0.6, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.3, 
('L', 'P') : -0.2, ('Q', 'S') : -1.4, ('N', 'C') : -1.6, ('N', 'G') : -0.1, 
('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -2.6, ('Q', 'G') : -1.6, ('W', 'P') : -4.8, 
('Q', 'C') : -3.2, ('N', 'S') : 1.2, ('L', 'H') : -2.2, ('L', 'L') : 4.8, 
('G', 'T') : -0.5, ('M', 'M') : 4.8, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -4.0, 
('Y', 'G') : -4.9, ('Y', 'C') : 2.6, ('E', 'A') : -0.7, ('E', 'E') : 5.2, 
('Y', 'S') : -1.8, ('M', 'P') : -1.8, ('V', 'C') : -3.1, ('M', 'T') : 0.6, 
('V', 'G') : -2.3, ('R', 'E') : -0.4, ('V', 'K') : -3.8, ('K', 'Q') : 2.5, 
('R', 'A') : -1.7, ('I', 'R') : -3.8, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 
('M', 'D') : -4.3, ('M', 'H') : -3.4, ('K', 'A') : -1.9, ('R', 'Q') : 2.5, 
('K', 'E') : 0.9, ('F', 'S') : -1.8, ('I', 'K') : -3.8, ('D', 'P') : -2.8, 
('D', 'T') : -1.2, ('I', 'M') : 4.0, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -3.0, 
('F', 'G') : -5.7, ('F', 'K') : -6.3, ('F', 'T') : -2.4, ('D', 'D') : 5.2, 
('Q', 'T') : -1.7, ('W', 'G') : -1.7, ('Q', 'P') : 0.1, ('W', 'C') : 1.6, 
('W', 'K') : -1.4, ('H', 'Q') : 3.2, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 14.7, 
('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -2.9, ('L', 'K') : -4.1, 
('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -2.1, 
('Y', 'L') : -1.6, ('Y', 'H') : 4.4, ('G', 'S') : 0.8, ('Y', 'D') : -2.3, 
('V', 'Q') : -3.5, ('L', 'T') : -0.4, ('G', 'G') : 5.8, ('G', 'C') : -1.3, 
('E', 'N') : 1.1, ('Y', 'T') : -3.4, ('Y', 'P') : -3.8, ('R', 'N') : -0.1, 
('V', 'D') : -3.3, ('K', 'R') : 4.3, ('V', 'H') : -3.8, ('I', 'Q') : -3.8, 
('V', 'P') : -1.6, ('M', 'C') : -3.7, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.6, 
('M', 'G') : -3.7, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -4.1, ('M', 'K') : -2.9, 
('I', 'A') : 0.1, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 5.1, ('F', 'P') : -3.2, 
('L', 'I') : 2.4, ('I', 'S') : -1.2, ('D', 'S') : -0.4, ('L', 'S') : -1.5, 
('I', 'H') : -3.7, ('F', 'D') : -5.7, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.1, 
('D', 'G') : 0.8, ('F', 'L') : 2.4
}
benner6 = _temp()

# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner22.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0.5, ('L', 'R') : -2.9, ('I', 'I') : 4.2, ('Q', 'Q') : 4.2, 
('W', 'N') : -5.2, ('V', 'I') : 3.6, ('H', 'T') : -1.1, ('H', 'P') : -0.4, 
('W', 'V') : -4.5, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.1, ('Q', 'A') : -0.9, 
('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.3, ('L', 'N') : -3.5, ('Y', 'M') : -1.8, 
('Y', 'I') : -2.2, ('Y', 'E') : -4.0, ('E', 'S') : -0.5, ('Y', 'A') : -3.5, 
('Y', 'Y') : 9.0, ('T', 'C') : -1.1, ('E', 'C') : -4.3, ('Y', 'Q') : -1.9, 
('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.4, ('C', 'C') : 12.6, ('M', 'R') : -2.1, 
('P', 'T') : 0.4, ('V', 'E') : -2.7, ('P', 'P') : 7.0, ('I', 'T') : 0.3, 
('K', 'S') : -0.4, ('R', 'G') : -0.7, ('I', 'P') : -2.3, ('R', 'C') : -1.6, 
('A', 'T') : 1.4, ('K', 'K') : 4.4, ('A', 'P') : 0.8, ('V', 'M') : 2.5, 
('I', 'D') : -4.0, ('K', 'C') : -3.3, ('K', 'G') : -1.0, ('R', 'S') : -0.5, 
('F', 'Q') : -3.6, ('F', 'A') : -3.1, ('V', 'V') : 3.7, ('M', 'N') : -2.6, 
('F', 'E') : -5.7, ('D', 'N') : 2.4, ('F', 'I') : 0.5, ('F', 'M') : 0.7, 
('M', 'S') : -1.5, ('S', 'S') : 2.0, ('L', 'Q') : -2.0, ('W', 'E') : -6.3, 
('W', 'A') : -5.5, ('W', 'M') : -2.8, ('H', 'S') : -0.5, ('W', 'I') : -4.4, 
('S', 'C') : 0.3, ('L', 'A') : -1.7, ('L', 'E') : -4.4, ('W', 'Q') : -3.3, 
('H', 'G') : -2.0, ('Q', 'N') : 0.5, ('H', 'C') : -1.5, ('L', 'M') : 3.2, 
('W', 'Y') : 1.5, ('Y', 'N') : -1.2, ('E', 'P') : -1.7, ('Y', 'F') : 5.9, 
('E', 'T') : -0.9, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.7, ('G', 'A') : 0.8, 
('Y', 'V') : -2.6, ('E', 'D') : 3.9, ('W', 'H') : -2.7, ('Y', 'R') : -2.7, 
('M', 'Q') : -1.7, ('P', 'S') : 1.1, ('R', 'H') : 1.5, ('A', 'C') : -1.2, 
('R', 'D') : -1.0, ('K', 'P') : -1.6, ('L', 'D') : -4.9, ('K', 'T') : -0.4, 
('V', 'N') : -2.3, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.8, ('V', 'R') : -2.9, 
('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -3.4, ('A', 'S') : 1.3, ('T', 'T') : 2.5, 
('R', 'T') : -0.7, ('I', 'G') : -3.8, ('R', 'P') : -1.2, ('K', 'D') : 0.2, 
('I', 'C') : -2.4, ('F', 'R') : -4.3, ('F', 'V') : -0.1, ('L', 'C') : -2.6, 
('F', 'F') : 7.7, ('D', 'A') : -0.2, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.4, 
('L', 'P') : -1.3, ('Q', 'S') : -0.6, ('N', 'C') : -1.9, ('N', 'G') : 0.4, 
('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -4.5, ('Q', 'G') : -1.4, ('W', 'P') : -5.8, 
('Q', 'C') : -3.3, ('N', 'S') : 1.1, ('L', 'H') : -2.1, ('L', 'L') : 4.6, 
('G', 'T') : -0.7, ('M', 'M') : 4.9, ('G', 'P') : -1.8, ('Y', 'K') : -3.6, 
('Y', 'G') : -4.8, ('Y', 'C') : 0.6, ('E', 'A') : -0.3, ('E', 'E') : 4.6, 
('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.0, ('V', 'C') : -1.7, ('M', 'T') : 0.1, 
('V', 'G') : -2.5, ('R', 'E') : -0.1, ('V', 'K') : -2.7, ('K', 'Q') : 2.2, 
('R', 'A') : -1.2, ('I', 'R') : -3.2, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9, 
('M', 'D') : -3.9, ('M', 'H') : -2.4, ('K', 'A') : -1.0, ('R', 'Q') : 2.2, 
('K', 'E') : 1.0, ('F', 'S') : -2.2, ('I', 'K') : -3.0, ('D', 'P') : -1.8, 
('D', 'T') : -0.7, ('I', 'M') : 3.1, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -1.8, 
('F', 'G') : -5.8, ('F', 'K') : -5.1, ('F', 'T') : -2.6, ('D', 'D') : 4.8, 
('Q', 'T') : -0.7, ('W', 'G') : -4.5, ('Q', 'P') : -0.1, ('W', 'C') : 0.5, 
('W', 'K') : -3.7, ('H', 'Q') : 2.4, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 15.7, 
('V', 'L') : 2.0, ('L', 'G') : -4.9, ('W', 'S') : -3.9, ('L', 'K') : -3.3, 
('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -1.6, 
('Y', 'L') : -0.7, ('Y', 'H') : 3.7, ('G', 'S') : 0.6, ('Y', 'D') : -3.0, 
('V', 'Q') : -2.4, ('L', 'T') : -1.0, ('G', 'G') : 6.2, ('G', 'C') : -1.7, 
('E', 'N') : 1.2, ('Y', 'T') : -3.0, ('Y', 'P') : -3.5, ('R', 'N') : 0.4, 
('V', 'D') : -3.0, ('K', 'R') : 3.9, ('V', 'H') : -3.0, ('I', 'Q') : -2.7, 
('V', 'P') : -1.7, ('M', 'C') : -2.5, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.4, 
('M', 'G') : -3.8, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -3.6, ('M', 'K') : -2.0, 
('I', 'A') : -0.4, ('N', 'N') : 3.3, ('R', 'R') : 5.0, ('F', 'P') : -3.4, 
('L', 'I') : 2.7, ('I', 'S') : -1.4, ('D', 'S') : 0.1, ('L', 'S') : -2.1, 
('I', 'H') : -3.2, ('F', 'D') : -5.4, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.3, 
('D', 'G') : 0.7, ('F', 'L') : 2.2
}
benner22 = _temp()
del _temp
assert benner6 != benner22

# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner74.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 3.0, ('L', 'R') : -2.4, ('I', 'I') : 4.0, ('Q', 'Q') : 3.0, 
('W', 'N') : -4.0, ('V', 'I') : 3.2, ('H', 'T') : -0.5, ('H', 'P') : -1.0, 
('W', 'V') : -2.9, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.6, ('Q', 'A') : -0.3, 
('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.4, ('L', 'N') : -3.1, ('Y', 'M') : -0.5, 
('Y', 'I') : -1.0, ('Y', 'E') : -3.0, ('E', 'S') : 0.1, ('Y', 'A') : -2.6, 
('Y', 'Y') : 8.1, ('T', 'C') : -0.6, ('E', 'C') : -3.2, ('Y', 'Q') : -1.8, 
('E', 'G') : -0.5, ('V', 'A') : 0.1, ('C', 'C') : 11.8, ('M', 'R') : -1.8, 
('P', 'T') : 0.1, ('V', 'E') : -2.1, ('P', 'P') : 7.5, ('I', 'T') : -0.3, 
('K', 'S') : 0.0, ('R', 'G') : -1.0, ('I', 'P') : -2.6, ('R', 'C') : -2.2, 
('A', 'T') : 0.7, ('K', 'K') : 3.4, ('A', 'P') : 0.4, ('V', 'M') : 1.8, 
('I', 'D') : -3.9, ('K', 'C') : -2.9, ('K', 'G') : -1.1, ('R', 'S') : -0.2, 
('F', 'Q') : -2.8, ('F', 'A') : -2.6, ('V', 'V') : 3.4, ('M', 'N') : -2.2, 
('F', 'E') : -4.3, ('D', 'N') : 2.2, ('F', 'I') : 0.9, ('F', 'M') : 1.3, 
('M', 'S') : -1.4, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -1.7, ('W', 'E') : -4.7, 
('W', 'A') : -4.1, ('W', 'M') : -1.3, ('H', 'S') : -0.3, ('W', 'I') : -2.3, 
('S', 'C') : 0.1, ('L', 'A') : -1.4, ('L', 'E') : -3.1, ('W', 'Q') : -2.8, 
('H', 'G') : -1.6, ('Q', 'N') : 0.7, ('H', 'C') : -1.3, ('L', 'M') : 2.9, 
('W', 'Y') : 3.6, ('Y', 'N') : -1.4, ('E', 'P') : -0.7, ('Y', 'F') : 5.3, 
('E', 'T') : -0.2, ('A', 'A') : 2.4, ('I', 'N') : -2.8, ('G', 'A') : 0.6, 
('Y', 'V') : -1.4, ('E', 'D') : 2.9, ('W', 'H') : -1.0, ('Y', 'R') : -2.0, 
('M', 'Q') : -1.0, ('P', 'S') : 0.5, ('R', 'H') : 1.0, ('A', 'C') : 0.3, 
('R', 'D') : -0.5, ('K', 'P') : -0.8, ('L', 'D') : -4.2, ('K', 'T') : 0.1, 
('V', 'N') : -2.2, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.6, ('V', 'R') : -2.2, 
('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -2.2, ('A', 'S') : 1.1, ('T', 'T') : 2.5, 
('R', 'T') : -0.3, ('I', 'G') : -4.3, ('R', 'P') : -0.1, ('K', 'D') : 0.4, 
('I', 'C') : -1.2, ('F', 'R') : -3.5, ('F', 'V') : 0.1, ('L', 'C') : -1.6, 
('F', 'F') : 7.2, ('D', 'A') : -0.3, ('F', 'N') : -3.2, ('W', 'D') : -5.5, 
('L', 'P') : -2.2, ('Q', 'S') : 0.1, ('N', 'C') : -1.8, ('N', 'G') : 0.4, 
('H', 'N') : 1.2, ('W', 'T') : -3.7, ('Q', 'G') : -1.1, ('W', 'P') : -5.2, 
('Q', 'C') : -2.6, ('N', 'S') : 0.9, ('L', 'H') : -1.9, ('L', 'L') : 4.2, 
('G', 'T') : -1.0, ('M', 'M') : 4.5, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -2.4, 
('Y', 'G') : -4.3, ('Y', 'C') : -0.4, ('E', 'A') : -0.1, ('E', 'E') : 3.7, 
('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.4, ('V', 'C') : -0.2, ('M', 'T') : -0.4, 
('V', 'G') : -3.1, ('R', 'E') : 0.3, ('V', 'K') : -1.9, ('K', 'Q') : 1.7, 
('R', 'A') : -0.8, ('I', 'R') : -2.6, ('N', 'A') : -0.2, ('V', 'S') : -1.0, 
('M', 'D') : -3.2, ('M', 'H') : -1.5, ('K', 'A') : -0.4, ('R', 'Q') : 1.6, 
('K', 'E') : 1.2, ('F', 'S') : -2.6, ('I', 'K') : -2.3, ('D', 'P') : -1.0, 
('D', 'T') : -0.2, ('I', 'M') : 2.6, ('F', 'C') : -0.7, ('W', 'L') : -0.9, 
('F', 'G') : -5.4, ('F', 'K') : -3.6, ('F', 'T') : -2.2, ('D', 'D') : 4.8, 
('Q', 'T') : -0.1, ('W', 'G') : -4.1, ('Q', 'P') : -0.2, ('W', 'C') : -0.9, 
('W', 'K') : -3.6, ('H', 'Q') : 1.4, ('Q', 'D') : 0.8, ('W', 'W') : 14.7, 
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benner74 = _temp()
del _temp


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def _temp():
    return {
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('V', 'R') : -4, ('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -4, ('K', 'L') : -4, 
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('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : -1, 
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blosum100 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum30.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 1, 
('Q', 'Q') : 8, ('N', 'A') : 0, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : 0, 
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('N', 'N') : 8, ('W', 'M') : -3, ('Q', 'C') : -2, ('W', 'I') : -3, 
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('B', 'L') : -1, ('B', 'H') : -2, ('F', 'F') : 10, ('X', 'W') : -2, 
('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -2, ('X', 'S') : 0, 
('F', 'N') : -1, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -4, ('V', 'Y') : 1, 
('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : -1, ('W', 'H') : -5, ('H', 'N') : -1, 
('W', 'T') : -5, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -1, ('W', 'P') : -3, 
('L', 'D') : -1, ('B', 'I') : -2, ('L', 'H') : -1, ('S', 'N') : 0, 
('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -1, ('E', 'Q') : 2, 
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('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -1, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -2, 
('P', 'R') : -1, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : 0, ('V', 'K') : -2, 
('K', 'Q') : 0, ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1, 
('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : 0, ('K', 'I') : -2, ('M', 'D') : -3, 
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('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 2, ('X', 'Q') : 0, ('B', 'B') : 5
}
blosum30 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum35.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : 1, 
('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -1, ('W', 'R') : 0, 
('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 12, ('S', 'H') : -1, 
('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -2, ('W', 'A') : -2, ('Y', 'M') : 0, 
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('Y', 'A') : -1, ('V', 'D') : -2, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8, 
('G', 'N') : 1, ('E', 'C') : -1, ('Y', 'Q') : 0, ('Z', 'Z') : 4, 
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('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -1, ('M', 'N') : -1, 
('P', 'H') : -1, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : 0, 
('T', 'M') : 0, ('Z', 'C') : -2, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -1, 
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('Z', 'W') : -1, ('F', 'E') : -3, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : 0, 
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('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -1, ('Q', 'R') : 2, 
('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : 1, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -1, 
('S', 'C') : -3, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 1, ('L', 'E') : -1, 
('W', 'Q') : -1, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 1, 
('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2, 
('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -2, ('V', 'L') : 2, ('G', 'E') : -2, 
('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : 0, 
('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -3, ('V', 'F') : 1, 
('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : 0, ('B', 'P') : -1, ('T', 'E') : -1, 
('V', 'N') : -2, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : 0, ('K', 'H') : -2, 
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('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : 0, ('I', 'G') : -3, 
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blosum35 =_temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum40.cmp
def _temp():
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blosum40 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum45.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -2, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 10, ('S', 'H') : -1, 
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('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 1, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4
}
blosum45 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum50.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 10, ('S', 'H') : -1, 
('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : 0, 
('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -3, 
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('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -3, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 5, 
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('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2, 
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('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1, 
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('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 8, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -4, 
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('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -3, 
('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2, 
('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 8, 
('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3, 
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('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2, 
('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -1, 
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blosum50 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum55.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3, 
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('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8, 
('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -3, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 5, 
('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 13, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 
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('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3, 
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('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 7, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -2, 
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('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1, 
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('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -3, 
('K', 'Q') : 2, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -1, 
('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4, 
('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 15, ('M', 'H') : -1, ('P', 'N') : -2, 
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('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -1, 
('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 1, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 5
}
blosum55 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum60.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 5, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 7, ('S', 'H') : -1, 
('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -3, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -1, 
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('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 6, 
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('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -1, ('M', 'N') : -2, 
('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -3, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1, 
('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -3, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -1, 
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('Z', 'W') : -2, ('F', 'E') : -3, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : 0, 
('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : 0, 
('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -3, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -2, 
('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -3, ('Q', 'R') : 1, 
('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -1, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -2, 
('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -1, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -3, 
('W', 'Q') : -2, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0, 
('N', 'R') : 0, ('H', 'C') : -3, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2, 
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('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -2, 
('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -3, ('V', 'F') : -1, 
('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1, 
('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1, 
('V', 'R') : -2, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -2, 
('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -3, 
('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 5, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1, 
('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 0, 
('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -2, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0, 
('B', 'L') : -3, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 6, ('X', 'W') : -2, 
('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -2, ('X', 'S') : 0, 
('F', 'N') : -3, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -4, ('V', 'Y') : -1, 
('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -2, ('H', 'N') : 1, 
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('L', 'D') : -3, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1, 
('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2, 
('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -2, ('G', 'D') : -1, 
('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 5, 
('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -2, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2, 
('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -2, 
('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1, 
('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -3, 
('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 10, ('M', 'H') : -1, ('P', 'N') : -2, 
('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 4, 
('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -1, ('X', 'F') : -1, 
('K', 'C') : -3, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -3, 
('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -3, 
('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -3, ('B', 'A') : -2, 
('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -2, ('Z', 'F') : -3, 
('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -2, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 1, 
('L', 'C') : -1, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4, 
('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -2, 
('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -1, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2, 
('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6, 
('G', 'C') : -2, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3, 
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}
blosum60 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum62.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 5, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1, 
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('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -2, ('X', 'S') : 0, 
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('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1, 
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('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -3, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2, 
('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -2, 
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('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -3, 
('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : -2, 
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('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -3, ('B', 'A') : -2, 
('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -2, ('Z', 'F') : -3, 
('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -2, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 0, 
('L', 'C') : -1, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4, 
('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -2, 
('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -1, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2, 
('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6, 
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('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 4, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -3, 
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('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4
}
blosum62 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum65.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1, 
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('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7, 
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('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -3, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1, 
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('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4, 
('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1, 
('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 0, 
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('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1, 
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('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1, 
('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2, 
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('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 5, 
('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -3, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2, 
('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -2, 
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('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -3, 
('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 10, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : -2, 
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('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -3, ('B', 'A') : -2, 
('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -3, 
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('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4
}
blosum65 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum70.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1, 
('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -1, 
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('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7, 
('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -4, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4, 
('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 
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('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -2, 
('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -4, 
('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2, 
('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -3, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1, 
('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -4, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -2, 
('B', 'W') : -4, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -2, 
('Z', 'W') : -3, ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1, 
('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : -1, 
('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3, 
('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -4, ('Q', 'R') : 1, 
('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -3, 
('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -3, 
('W', 'Q') : -2, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0, 
('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2, 
('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -2, 
('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -2, 
('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -4, ('V', 'F') : -1, 
('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1, 
('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -3, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1, 
('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3, 
('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4, 
('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1, 
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('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -4, 
('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -3, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 1, 
('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4, 
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blosum70 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum75.cmp
def _temp():
    return {
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('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1, 
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('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4
}
blosum75 =  _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum80.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -3, ('W', 'R') : -4, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1, 
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('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4
}
blosum80 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum85.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -3, ('W', 'R') : -4, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1, 
('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -2, 
('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -4, 
('Y', 'A') : -3, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7, 
('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -5, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4, 
('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 
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blosum85 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum90.cmp
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('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 
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}
blosum90 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum95.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -1, 
('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -4, ('W', 'R') : -4, 
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('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1, 
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('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -5, 
('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -3, 
('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 4, 
('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2, 
('K', 'C') : -5, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -4, 
('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -5, 
('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : -2, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -3, 
('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -5, ('Z', 'F') : -4, 
('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -4, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 1, 
('L', 'C') : -3, ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5, 
('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -3, 
('H', 'A') : -3, ('S', 'M') : -3, ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : 1, 
('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -3, ('G', 'G') : 6, 
('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5, 
('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -2, 
('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -3, ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -2, 
('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : -2, ('M', 'C') : -3, 
('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -4, 
('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2, 
('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -2, 
('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -2, 
('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4, 
('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : -1, ('F', 'H') : -2, 
('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4
}
blosum95 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/feng.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 3, ('L', 'R') : 2, ('I', 'I') : 6, ('Q', 'Q') : 6, 
('W', 'N') : 0, ('V', 'I') : 5, ('H', 'T') : 2, ('H', 'P') : 3, 
('W', 'V') : 3, ('Q', 'E') : 4, ('W', 'R') : 2, ('Q', 'A') : 3, 
('H', 'H') : 6, ('H', 'D') : 3, ('L', 'N') : 1, ('Y', 'M') : 2, 
('Y', 'I') : 3, ('Y', 'E') : 1, ('E', 'S') : 3, ('Y', 'A') : 2, 
('Y', 'Y') : 6, ('T', 'C') : 2, ('E', 'C') : 0, ('Y', 'Q') : 2, 
('E', 'G') : 4, ('V', 'A') : 5, ('C', 'C') : 6, ('M', 'R') : 2, 
('P', 'T') : 4, ('V', 'E') : 4, ('P', 'P') : 6, ('I', 'T') : 3, 
('K', 'S') : 3, ('R', 'G') : 3, ('I', 'P') : 2, ('R', 'C') : 2, 
('A', 'T') : 5, ('K', 'K') : 6, ('A', 'P') : 5, ('V', 'M') : 4, 
('I', 'D') : 1, ('K', 'C') : 0, ('K', 'G') : 2, ('R', 'S') : 3, 
('F', 'Q') : 1, ('F', 'A') : 2, ('V', 'V') : 6, ('M', 'N') : 1, 
('F', 'E') : 0, ('D', 'N') : 5, ('F', 'I') : 4, ('F', 'M') : 2, 
('M', 'S') : 1, ('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : 2, ('W', 'E') : 1, 
('W', 'A') : 2, ('W', 'M') : 3, ('H', 'S') : 3, ('W', 'I') : 2, 
('S', 'C') : 4, ('L', 'A') : 2, ('L', 'E') : 1, ('W', 'Q') : 1, 
('H', 'G') : 1, ('Q', 'N') : 3, ('H', 'C') : 2, ('L', 'M') : 5, 
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('E', 'T') : 3, ('A', 'A') : 6, ('I', 'N') : 2, ('G', 'A') : 5, 
('Y', 'V') : 3, ('E', 'D') : 5, ('W', 'H') : 1, ('Y', 'R') : 1, 
('M', 'Q') : 2, ('P', 'S') : 4, ('R', 'H') : 4, ('A', 'C') : 2, 
('R', 'D') : 2, ('K', 'P') : 2, ('L', 'D') : 1, ('K', 'T') : 4, 
('V', 'N') : 2, ('M', 'A') : 2, ('K', 'H') : 3, ('V', 'R') : 2, 
('P', 'C') : 2, ('M', 'E') : 1, ('A', 'S') : 5, ('T', 'T') : 6, 
('R', 'T') : 3, ('I', 'G') : 2, ('R', 'P') : 3, ('K', 'D') : 3, 
('I', 'C') : 2, ('F', 'R') : 1, ('F', 'V') : 4, ('L', 'C') : 2, 
('F', 'F') : 6, ('D', 'A') : 4, ('F', 'N') : 1, ('W', 'D') : 0, 
('L', 'P') : 3, ('Q', 'S') : 3, ('N', 'C') : 2, ('N', 'G') : 3, 
('H', 'N') : 4, ('W', 'T') : 1, ('Q', 'G') : 2, ('W', 'P') : 2, 
('Q', 'C') : 1, ('N', 'S') : 5, ('L', 'H') : 3, ('L', 'L') : 6, 
('G', 'T') : 2, ('M', 'M') : 6, ('G', 'P') : 3, ('Y', 'K') : 1, 
('Y', 'G') : 2, ('Y', 'C') : 3, ('E', 'A') : 4, ('E', 'E') : 6, 
('Y', 'S') : 3, ('M', 'P') : 2, ('V', 'C') : 2, ('M', 'T') : 3, 
('V', 'G') : 4, ('R', 'E') : 2, ('V', 'K') : 3, ('K', 'Q') : 4, 
('R', 'A') : 2, ('I', 'R') : 2, ('N', 'A') : 3, ('V', 'S') : 2, 
('M', 'D') : 0, ('M', 'H') : 1, ('K', 'A') : 3, ('R', 'Q') : 3, 
('K', 'E') : 4, ('F', 'S') : 3, ('I', 'K') : 2, ('D', 'P') : 2, 
('D', 'T') : 2, ('I', 'M') : 4, ('F', 'C') : 3, ('W', 'L') : 4, 
('F', 'G') : 1, ('F', 'K') : 0, ('F', 'T') : 1, ('D', 'D') : 6, 
('Q', 'T') : 3, ('W', 'G') : 3, ('Q', 'P') : 3, ('W', 'C') : 3, 
('W', 'K') : 1, ('H', 'Q') : 4, ('Q', 'D') : 4, ('W', 'W') : 6, 
('V', 'L') : 5, ('L', 'G') : 2, ('W', 'S') : 2, ('L', 'K') : 2, 
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('Y', 'L') : 3, ('Y', 'H') : 3, ('G', 'S') : 5, ('Y', 'D') : 2, 
('V', 'Q') : 2, ('L', 'T') : 2, ('G', 'G') : 6, ('G', 'C') : 3, 
('E', 'N') : 3, ('Y', 'T') : 2, ('Y', 'P') : 2, ('R', 'N') : 2, 
('V', 'D') : 3, ('K', 'R') : 5, ('V', 'H') : 1, ('I', 'Q') : 1, 
('V', 'P') : 3, ('M', 'C') : 2, ('K', 'N') : 4, ('V', 'T') : 3, 
('M', 'G') : 1, ('T', 'S') : 5, ('I', 'E') : 1, ('M', 'K') : 2, 
('I', 'A') : 2, ('N', 'N') : 6, ('R', 'R') : 6, ('F', 'P') : 2, 
('L', 'I') : 5, ('I', 'S') : 2, ('D', 'S') : 3, ('L', 'S') : 2, 
('I', 'H') : 1, ('F', 'D') : 1, ('D', 'C') : 1, ('F', 'H') : 2, 
('D', 'G') : 4, ('F', 'L') : 4
}
feng = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/fitch.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 2, ('U', 'I') : 1, ('W', 'T') : 0, ('R', 'R') : 3, 
('N', 'M') : 1, ('U', 'M') : 2, ('U', 'O') : 1, ('N', 'A') : 2, 
('U', 'A') : 1, ('N', 'C') : 1, ('U', 'C') : 1, ('N', 'E') : 2, 
('U', 'E') : 1, ('W', 'H') : 1, ('W', 'R') : 1, ('W', 'V') : 2, 
('Q', 'E') : 1, ('S', 'S') : 3, ('T', 'T') : 3, ('S', 'F') : 2, 
('Q', 'A') : 1, ('Q', 'C') : 1, ('H', 'F') : 1, ('S', 'H') : 1, 
('L', 'H') : 1, ('S', 'N') : 2, ('Q', 'I') : 2, ('S', 'L') : 2, 
('L', 'L') : 3, ('Y', 'M') : 1, ('M', 'M') : 3, ('Y', 'I') : 1, 
('W', 'N') : 2, ('Y', 'R') : 2, ('Y', 'E') : 1, ('O', 'O') : 3, 
('Y', 'A') : 2, ('Y', 'C') : 2, ('U', 'S') : 2, ('Y', 'U') : 2, 
('Q', 'Q') : 3, ('E', 'A') : 1, ('N', 'L') : 1, ('E', 'C') : 1, 
('W', 'W') : 3, ('E', 'E') : 3, ('Y', 'S') : 2, ('V', 'A') : 2, 
('C', 'C') : 3, ('V', 'C') : 2, ('T', 'H') : 0, ('V', 'E') : 1, 
('T', 'N') : 0, ('O', 'I') : 1, ('R', 'E') : 2, ('O', 'E') : 1, 
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('V', 'Q') : 1, ('V', 'M') : 2, ('V', 'S') : 1, ('Q', 'O') : 2, 
('I', 'H') : 1, ('M', 'F') : 1, ('R', 'Q') : 2, ('M', 'H') : 0, 
('O', 'F') : 2, ('T', 'F') : 1, ('M', 'I') : 2, ('M', 'L') : 1, 
('V', 'T') : 1, ('Q', 'H') : 2, ('Q', 'N') : 1, ('T', 'M') : 1, 
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('T', 'R') : 2, ('H', 'H') : 3, ('F', 'A') : 1, ('F', 'C') : 2, 
('F', 'E') : 1, ('W', 'L') : 1, ('T', 'L') : 1, ('U', 'R') : 2, 
('U', 'H') : 2, ('N', 'H') : 2, ('U', 'Q') : 2, ('W', 'E') : 2, 
('U', 'L') : 1, ('W', 'C') : 1, ('U', 'N') : 1, ('W', 'A') : 1, 
('W', 'O') : 1, ('I', 'F') : 0, ('U', 'F') : 2, ('N', 'F') : 1, 
('L', 'C') : 1, ('S', 'C') : 2, ('L', 'A') : 2, ('S', 'A') : 1, 
('W', 'S') : 2, ('L', 'E') : 2, ('S', 'E') : 2, ('Q', 'L') : 1, 
('H', 'E') : 1, ('S', 'I') : 1, ('H', 'C') : 1, ('S', 'O') : 2, 
('H', 'A') : 2, ('S', 'M') : 1, ('Y', 'L') : 2, ('Y', 'N') : 1, 
('Y', 'H') : 1, ('O', 'M') : 0, ('Y', 'Q') : 1, ('Y', 'F') : 1, 
('W', 'I') : 1, ('C', 'A') : 1, ('R', 'I') : 2, ('Y', 'O') : 1, 
('Q', 'M') : 1, ('S', 'Q') : 2, ('U', 'T') : 2, ('Y', 'T') : 2, 
('Y', 'V') : 2, ('O', 'L') : 1, ('R', 'N') : 1, ('A', 'A') : 3, 
('N', 'I') : 2, ('R', 'L') : 1, ('T', 'I') : 1, ('L', 'F') : 1, 
('T', 'O') : 1, ('R', 'H') : 2, ('O', 'H') : 2, ('V', 'F') : 2, 
('T', 'C') : 2, ('V', 'H') : 1, ('T', 'A') : 0, ('R', 'F') : 1, 
('V', 'L') : 2, ('T', 'E') : 1, ('V', 'N') : 1, ('M', 'A') : 0, 
('Q', 'F') : 1, ('M', 'C') : 0, ('W', 'U') : 2, ('I', 'I') : 3, 
('V', 'V') : 3, ('O', 'N') : 2, ('I', 'E') : 2, ('T', 'Q') : 2, 
('I', 'A') : 1, ('N', 'N') : 3, ('I', 'C') : 0, ('S', 'R') : 2, 
('V', 'R') : 1, ('L', 'I') : 1, ('V', 'I') : 1, ('R', 'M') : 2, 
('Y', 'W') : 1, ('M', 'E') : 2, ('V', 'U') : 2, ('W', 'Q') : 0, 
('U', 'U') : 3, ('V', 'O') : 1, ('F', 'F') : 3
}
fitch = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/genetic.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0.0, ('L', 'R') : -0.4, ('I', 'I') : 4.1, ('Q', 'Q') : 5.5, 
('W', 'N') : -3.0, ('V', 'I') : 1.0, ('H', 'T') : -1.8, ('H', 'P') : 0.7, 
('W', 'V') : -2.1, ('Q', 'E') : 2.0, ('W', 'R') : 1.8, ('Q', 'A') : -2.1, 
('H', 'H') : 4.7, ('H', 'D') : 1.7, ('L', 'N') : -2.2, ('Y', 'M') : -2.9, 
('Y', 'I') : -1.6, ('Y', 'E') : -0.9, ('E', 'S') : -2.8, ('Y', 'A') : -2.4, 
('Y', 'Y') : 6.5, ('T', 'C') : -1.9, ('E', 'C') : -3.0, ('Y', 'Q') : -0.8, 
('E', 'G') : 1.4, ('V', 'A') : 1.0, ('C', 'C') : 5.5, ('M', 'R') : -0.4, 
('P', 'T') : 1.1, ('V', 'E') : 1.3, ('P', 'P') : 3.8, ('I', 'T') : 0.8, 
('K', 'S') : -1.5, ('R', 'G') : 0.8, ('I', 'P') : -1.6, ('R', 'C') : 0.7, 
('A', 'T') : 0.9, ('K', 'K') : 5.6, ('A', 'P') : 0.8, ('V', 'M') : 1.0, 
('I', 'D') : -2.1, ('K', 'C') : -3.2, ('K', 'G') : -2.2, ('R', 'S') : 0.3, 
('F', 'Q') : -2.1, ('F', 'A') : -2.4, ('V', 'V') : 4.1, ('M', 'N') : 0.1, 
('F', 'E') : -2.9, ('D', 'N') : 1.7, ('F', 'I') : 1.3, ('F', 'M') : 0.5, 
('M', 'S') : -1.3, ('S', 'S') : 2.6, ('L', 'Q') : 0.1, ('W', 'E') : -3.2, 
('W', 'A') : -2.2, ('W', 'M') : -2.0, ('H', 'S') : -1.6, ('W', 'I') : -2.2, 
('S', 'C') : 1.5, ('L', 'A') : -2.3, ('L', 'E') : -2.5, ('W', 'Q') : -2.3, 
('H', 'G') : -2.2, ('Q', 'N') : 0.4, ('H', 'C') : -1.6, ('L', 'M') : 1.5, 
('W', 'Y') : -0.5, ('Y', 'N') : 2.5, ('E', 'P') : -2.1, ('Y', 'F') : 2.0, 
('E', 'T') : -2.1, ('A', 'A') : 4.0, ('I', 'N') : 0.9, ('G', 'A') : 1.2, 
('Y', 'V') : -2.2, ('E', 'D') : 3.8, ('W', 'H') : -2.1, ('Y', 'R') : -1.9, 
('M', 'Q') : -1.2, ('P', 'S') : 0.4, ('R', 'H') : 3.6, ('A', 'C') : -1.9, 
('R', 'D') : -2.3, ('K', 'P') : -1.5, ('L', 'D') : -2.4, ('K', 'T') : 1.0, 
('V', 'N') : -2.2, ('M', 'A') : -2.0, ('K', 'H') : 0.6, ('V', 'R') : -2.1, 
('P', 'C') : -1.9, ('M', 'E') : -1.8, ('A', 'S') : 0.1, ('T', 'T') : 4.0, 
('R', 'T') : -0.6, ('I', 'G') : -2.5, ('R', 'P') : 0.3, ('K', 'D') : 0.3, 
('I', 'C') : -1.9, ('F', 'R') : -1.5, ('F', 'V') : 1.0, ('L', 'C') : -1.3, 
('F', 'F') : 4.5, ('D', 'A') : 1.0, ('F', 'N') : -1.3, ('W', 'D') : -2.9, 
('L', 'P') : 0.0, ('Q', 'S') : -2.3, ('N', 'C') : -1.5, ('N', 'G') : -2.6, 
('H', 'N') : 1.8, ('W', 'T') : -2.2, ('Q', 'G') : -2.1, ('W', 'P') : -1.6, 
('Q', 'C') : -3.1, ('N', 'S') : -0.3, ('L', 'H') : -0.1, ('L', 'L') : 3.4, 
('G', 'T') : -2.1, ('M', 'M') : 5.4, ('G', 'P') : -1.8, ('Y', 'K') : -0.8, 
('Y', 'G') : -1.8, ('Y', 'C') : 2.6, ('E', 'A') : 1.3, ('E', 'E') : 5.7, 
('Y', 'S') : 0.3, ('M', 'P') : -1.4, ('V', 'C') : -2.2, ('M', 'T') : 0.7, 
('V', 'G') : 1.1, ('R', 'E') : -2.0, ('V', 'K') : -2.1, ('K', 'Q') : 2.2, 
('R', 'A') : -1.6, ('I', 'R') : -1.2, ('N', 'A') : -1.7, ('V', 'S') : -2.2, 
('M', 'D') : -2.5, ('M', 'H') : -1.8, ('K', 'A') : -1.9, ('R', 'Q') : 0.3, 
('K', 'E') : 2.0, ('F', 'S') : 0.0, ('I', 'K') : 0.7, ('D', 'P') : -2.2, 
('D', 'T') : -2.1, ('I', 'M') : 3.3, ('F', 'C') : 1.8, ('W', 'L') : -0.3, 
('F', 'G') : -1.9, ('F', 'K') : -2.8, ('F', 'T') : -2.1, ('D', 'D') : 4.8, 
('Q', 'T') : -1.7, ('W', 'G') : 1.4, ('Q', 'P') : 1.0, ('W', 'C') : 4.1, 
('W', 'K') : -3.0, ('H', 'Q') : 3.6, ('Q', 'D') : 0.3, ('W', 'W') : 7.5, 
('V', 'L') : 1.1, ('L', 'G') : -2.2, ('W', 'S') : 0.8, ('L', 'K') : -2.0, 
('N', 'P') : -1.6, ('H', 'E') : 0.3, ('N', 'T') : 0.9, ('H', 'A') : -2.1, 
('Y', 'L') : -1.6, ('Y', 'H') : 2.3, ('G', 'S') : -0.6, ('Y', 'D') : 2.3, 
('V', 'Q') : -2.0, ('L', 'T') : -1.9, ('G', 'G') : 4.2, ('G', 'C') : 1.0, 
('E', 'N') : 0.3, ('Y', 'T') : -2.1, ('Y', 'P') : -2.3, ('R', 'N') : -1.5, 
('V', 'D') : 1.0, ('K', 'R') : -0.2, ('V', 'H') : -2.1, ('I', 'Q') : -1.9, 
('V', 'P') : -2.1, ('M', 'C') : -2.7, ('K', 'N') : 3.5, ('V', 'T') : -2.2, 
('M', 'G') : -2.3, ('T', 'S') : 1.0, ('I', 'E') : -2.3, ('M', 'K') : 1.6, 
('I', 'A') : -1.8, ('N', 'N') : 4.7, ('R', 'R') : 2.9, ('F', 'P') : -1.8, 
('L', 'I') : 1.2, ('I', 'S') : -0.5, ('D', 'S') : -2.1, ('L', 'S') : -1.2, 
('I', 'H') : -1.8, ('F', 'D') : -1.7, ('D', 'C') : -1.6, ('F', 'H') : -1.1, 
('D', 'G') : 1.1, ('F', 'L') : 2.2
}
genetic = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/gonnet.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 3.6, ('L', 'R') : -2.2, ('I', 'I') : 4.0, ('Q', 'Q') : 2.7, 
('W', 'N') : -3.6, ('V', 'I') : 3.1, ('H', 'T') : -0.3, ('H', 'P') : -1.1, 
('W', 'V') : -2.6, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.6, ('Q', 'A') : -0.2, 
('H', 'H') : 6.0, ('H', 'D') : 0.4, ('L', 'N') : -3.0, ('Y', 'M') : -0.2, 
('Y', 'I') : -0.7, ('Y', 'E') : -2.7, ('E', 'S') : 0.2, ('Y', 'A') : -2.2, 
('Y', 'Y') : 7.8, ('T', 'C') : -0.5, ('E', 'C') : -3.0, ('Y', 'Q') : -1.7, 
('E', 'G') : -0.8, ('V', 'A') : 0.1, ('C', 'C') : 11.5, ('M', 'R') : -1.7, 
('P', 'T') : 0.1, ('V', 'E') : -1.9, ('P', 'P') : 7.6, ('I', 'T') : -0.6, 
('K', 'S') : 0.1, ('R', 'G') : -1.0, ('I', 'P') : -2.6, ('R', 'C') : -2.2, 
('A', 'T') : 0.6, ('K', 'K') : 3.2, ('A', 'P') : 0.3, ('V', 'M') : 1.6, 
('I', 'D') : -3.8, ('K', 'C') : -2.8, ('K', 'G') : -1.1, ('R', 'S') : -0.2, 
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('F', 'E') : -3.9, ('D', 'N') : 2.2, ('F', 'I') : 1.0, ('F', 'M') : 1.6, 
('M', 'S') : -1.4, ('S', 'S') : 2.2, ('L', 'Q') : -1.6, ('W', 'E') : -4.3, 
('W', 'A') : -3.6, ('W', 'M') : -1.0, ('H', 'S') : -0.2, ('W', 'I') : -1.8, 
('S', 'C') : 0.1, ('L', 'A') : -1.2, ('L', 'E') : -2.8, ('W', 'Q') : -2.7, 
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gonnet = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/grant.cmp
def _temp():
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('L', 'R') : 103, ('I', 'I') : 215, ('Q', 'Q') : 215, ('N', 'E') : 150, 
('Q', 'Y') : 128, ('H', 'P') : 138, ('W', 'V') : 186, ('Q', 'E') : 173, 
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('M', 'I') : 120, ('T', 'Q') : 85, ('O', 'R') : 138, ('M', 'M') : 215, 
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('M', 'A') : 55, ('Q', 'U') : 102, ('L', 'P') : 188, ('N', 'O') : 72, 
('Q', 'S') : 147, ('H', 'V') : 131, ('W', 'L') : 121, ('H', 'R') : 186, 
('W', 'P') : 120, ('Q', 'C') : 61, ('H', 'F') : 115, ('N', 'S') : 169, 
('Q', 'O') : 116, ('U', 'U') : 215, ('N', 'W') : 66, ('L', 'L') : 215, 
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('N', 'C') : 76, ('F', 'L') : 102
}
grant = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/ident.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : -1, ('L', 'R') : -1, ('I', 'I') : 6, ('Q', 'Q') : 6, 
('W', 'N') : -1, ('V', 'I') : -1, ('H', 'T') : -1, ('H', 'P') : -1, 
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('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -1, ('E', 'S') : -1, ('Y', 'A') : -1, 
('Y', 'Y') : 6, ('T', 'C') : -1, ('E', 'C') : -1, ('Y', 'Q') : -1, 
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('I', 'D') : -1, ('K', 'C') : -1, ('K', 'G') : -1, ('R', 'S') : -1, 
('F', 'Q') : -1, ('F', 'A') : -1, ('V', 'V') : 6, ('M', 'N') : -1, 
('F', 'E') : -1, ('D', 'N') : -1, ('F', 'I') : -1, ('F', 'M') : -1, 
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('M', 'Q') : -1, ('P', 'S') : -1, ('R', 'H') : -1, ('A', 'C') : -1, 
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('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -1, ('N', 'A') : -1, ('V', 'S') : -1, 
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('D', 'G') : -1, ('F', 'L') : -1
}
ident = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/johnson.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 3.4, ('S', 'P') : -1.0, ('N', 'M') : -3.7, ('Q', 'Q') : 9.0, 
('N', 'A') : -1.4, ('N', 'E') : -0.7, ('W', 'V') : -4.9, ('Q', 'E') : 2.4, 
('L', 'H') : -4.2, ('W', 'R') : -3.8, ('Q', 'A') : -0.6, ('S', 'D') : -0.2, 
('H', 'H') : 12.7, ('Q', 'M') : -0.6, ('S', 'H') : -2.6, ('H', 'D') : -0.7, 
('Q', 'I') : -7.0, ('S', 'L') : -5.2, ('Y', 'M') : -1.3, ('Y', 'I') : -2.5, 
('Y', 'E') : -3.7, ('Y', 'A') : -4.0, ('G', 'F') : -8.6, ('V', 'T') : -1.9, 
('Y', 'Y') : 10.5, ('V', 'H') : -3.9, ('E', 'C') : -6.9, ('Y', 'Q') : -5.1, 
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('V', 'M') : 0.7, ('T', 'F') : -5.0, ('R', 'C') : -5.6, ('V', 'Q') : -3.6, 
('K', 'K') : 7.6, ('P', 'D') : -1.0, ('I', 'H') : -5.1, ('M', 'F') : -0.6, 
('I', 'D') : -4.8, ('K', 'C') : -8.7, ('P', 'L') : -2.8, ('K', 'G') : -3.5, 
('P', 'H') : -4.3, ('T', 'R') : -1.4, ('F', 'A') : -3.2, ('F', 'E') : -6.4, 
('S', 'S') : 5.8, ('W', 'E') : -7.6, ('N', 'N') : 8.0, ('W', 'M') : -0.9, 
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('S', 'G') : -1.3, ('L', 'E') : -5.6, ('W', 'Q') : -8.2, ('H', 'G') : -3.2, 
('S', 'K') : -1.5, ('Q', 'N') : -0.8, ('V', 'D') : -5.2, ('H', 'C') : -8.2, 
('Y', 'N') : -1.3, ('Y', 'F') : 3.4, ('W', 'I') : -3.3, ('C', 'A') : -3.4, 
('G', 'E') : -2.5, ('G', 'A') : -0.5, ('Y', 'V') : -1.8, ('E', 'D') : 2.4, 
('W', 'H') : -4.0, ('Y', 'R') : -2.1, ('N', 'I') : -4.7, ('R', 'L') : -3.7, 
('T', 'I') : -3.2, ('Q', 'L') : -4.4, ('R', 'H') : 0.1, ('T', 'M') : -3.2, 
('V', 'F') : -1.3, ('R', 'D') : -3.4, ('T', 'A') : -0.8, ('T', 'P') : -2.0, 
('T', 'E') : -0.5, ('V', 'N') : -5.7, ('P', 'G') : -2.5, ('M', 'A') : -1.5, 
('K', 'H') : 0.1, ('V', 'R') : -4.9, ('P', 'C') : -8.9, ('M', 'E') : -2.8, 
('V', 'V') : 7.0, ('T', 'T') : 6.8, ('M', 'I') : 2.6, ('T', 'Q') : -0.4, 
('I', 'G') : -5.5, ('P', 'K') : -0.6, ('M', 'M') : 11.2, ('K', 'D') : -1.5, 
('I', 'C') : -7.7, ('L', 'C') : -8.7, ('F', 'F') : 10.4, ('D', 'A') : -1.6, 
('S', 'R') : -0.6, ('W', 'D') : -6.0, ('N', 'C') : -7.6, ('N', 'G') : -1.4, 
('W', 'T') : -9.3, ('Q', 'G') : -2.8, ('S', 'F') : -4.8, ('W', 'P') : -7.4, 
('L', 'D') : -8.0, ('H', 'F') : -1.7, ('Q', 'K') : 1.1, ('S', 'N') : 1.0, 
('L', 'L') : 7.3, ('Q', 'F') : -6.4, ('Y', 'K') : -3.7, ('Y', 'G') : -5.4, 
('Y', 'C') : -7.7, ('G', 'D') : -2.1, ('E', 'A') : -0.7, ('Y', 'W') : 2.3, 
('E', 'E') : 8.6, ('Y', 'S') : -3.4, ('R', 'M') : -4.2, ('V', 'C') : -4.8, 
('T', 'H') : -3.0, ('R', 'I') : -5.4, ('V', 'G') : -5.6, ('T', 'L') : -4.6, 
('R', 'E') : -0.2, ('V', 'K') : -3.7, ('R', 'Q') : 2.1, ('R', 'A') : -1.6, 
('T', 'D') : -1.8, ('P', 'F') : -5.0, ('V', 'S') : -4.3, ('K', 'I') : -4.7, 
('M', 'D') : -5.9, ('W', 'W') : 15.2, ('M', 'H') : -2.3, ('P', 'N') : -2.4, 
('I', 'F') : 0.5, ('K', 'A') : -0.9, ('M', 'L') : 4.4, ('K', 'E') : 1.1, 
('N', 'K') : 0.1, ('R', 'P') : -3.6, ('L', 'F') : 1.8, ('F', 'C') : -4.4, 
('W', 'G') : -6.3, ('W', 'L') : -1.0, ('D', 'D') : 8.5, ('N', 'H') : 1.7, 
('S', 'Q') : -1.2, ('Q', 'P') : -3.6, ('N', 'L') : -4.8, ('W', 'K') : -5.4, 
('Q', 'D') : -1.1, ('W', 'N') : -6.1, ('S', 'A') : 0.0, ('L', 'G') : -7.2, 
('W', 'S') : -6.2, ('S', 'E') : -2.2, ('L', 'K') : -3.4, ('H', 'E') : -2.3, 
('S', 'I') : -4.7, ('Q', 'H') : 1.4, ('H', 'A') : -3.1, ('S', 'M') : -4.8, 
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('G', 'C') : -8.2, ('Y', 'T') : -2.7, ('W', 'C') : -9.1, ('Y', 'P') : -7.0, 
('T', 'K') : -0.2, ('R', 'N') : -1.5, ('A', 'A') : 6.0, ('W', 'A') : -5.8, 
('T', 'C') : -6.0, ('N', 'D') : 2.6, ('R', 'F') : -6.0, ('T', 'G') : -3.8, 
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('I', 'I') : 8.1, ('P', 'A') : -1.0, ('M', 'G') : -5.2, ('T', 'S') : 2.0, 
('I', 'E') : -4.8, ('P', 'M') : -9.8, ('M', 'K') : -1.9, ('K', 'F') : -5.6, 
('I', 'A') : -2.2, ('P', 'I') : -5.7, ('R', 'R') : 10.0, ('L', 'I') : 2.6, 
('F', 'D') : -7.0, ('D', 'C') : -9.7
}
johnson = _temp()
del _temp



# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/levin.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -1, ('S', 'P') : 0, ('I', 'I') : 2, 
('Q', 'Q') : 2, ('N', 'A') : 0, ('H', 'T') : 0, ('N', 'E') : 0, 
('H', 'P') : 0, ('W', 'V') : 0, ('Q', 'E') : 1, ('W', 'R') : 0, 
('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 2, ('H', 'D') : 0, 
('L', 'N') : -1, ('W', 'A') : -1, ('Y', 'M') : 0, ('Y', 'I') : 0, 
('Y', 'E') : -1, ('Y', 'A') : -1, ('Y', 'Y') : 2, ('Y', 'Q') : -1, 
('E', 'G') : 0, ('A', 'D') : 0, ('C', 'C') : 2, ('M', 'R') : -1, 
('V', 'E') : -1, ('T', 'N') : 0, ('R', 'K') : 1, ('P', 'P') : 3, 
('I', 'T') : 0, ('K', 'S') : 0, ('R', 'G') : 0, ('I', 'P') : -1, 
('C', 'G') : 0, ('C', 'S') : 0, ('A', 'P') : -1, ('I', 'D') : -1, 
('M', 'I') : 0, ('K', 'G') : 0, ('M', 'N') : -1, ('F', 'Q') : -1, 
('I', 'V') : 1, ('F', 'A') : -1, ('V', 'V') : 2, ('F', 'E') : -1, 
('C', 'M') : 0, ('F', 'I') : 1, ('F', 'M') : 0, ('S', 'S') : 2, 
('L', 'Q') : -1, ('W', 'E') : -1, ('N', 'N') : 3, ('V', 'A') : 0, 
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('F', 'F') : 2, ('F', 'N') : -1, ('V', 'D') : -1, ('L', 'P') : -1, 
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('K', 'Q') : 0, ('R', 'A') : 0, ('I', 'R') : -1, ('T', 'D') : 0, 
('V', 'S') : -1, ('C', 'Q') : 0, ('M', 'D') : -1, ('W', 'W') : 2, 
('M', 'H') : -1, ('T', 'G') : 0, ('K', 'A') : 0, ('R', 'Q') : 0, 
('T', 'T') : 2, ('F', 'S') : -1, ('D', 'P') : 0, ('F', 'C') : -1, 
('W', 'L') : 0, ('F', 'G') : -1, ('F', 'K') : -1, ('D', 'D') : 2, 
('L', 'S') : -1, ('W', 'G') : -1, ('S', 'Q') : 0, ('Q', 'P') : 0, 
('W', 'C') : -1, ('N', 'D') : 1, ('H', 'Q') : 0, ('Q', 'D') : 0, 
('W', 'N') : -1, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -1, ('W', 'S') : -1, 
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('Y', 'P') : -1, ('A', 'E') : 1, ('C', 'V') : 0, ('M', 'S') : -1, 
('A', 'A') : 2, ('V', 'H') : -1, ('T', 'E') : 0, ('C', 'N') : 0, 
('I', 'Q') : -1, ('C', 'R') : 0, ('V', 'P') : -1, ('K', 'E') : 0, 
('K', 'N') : 1, ('V', 'T') : 0, ('M', 'G') : -1, ('T', 'S') : 0, 
('I', 'E') : -1, ('M', 'K') : -1, ('I', 'A') : 0, ('R', 'R') : 2, 
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('K', 'K') : 2, ('I', 'H') : -1, ('F', 'D') : -1, ('F', 'H') : -1, 
('D', 'G') : 0, ('F', 'L') : 0
}
levin = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mclach.cmp
def _temp():
    return {
('N', 'I') : 1, ('K', 'V') : 2, ('S', 'P') : 3, ('N', 'M') : 2, 
('L', 'V') : 5, ('N', 'A') : 3, ('H', 'T') : 4, ('N', 'E') : 4, 
('Q', 'Y') : 1, ('H', 'P') : 3, ('W', 'V') : 2, ('H', 'L') : 2, 
('Q', 'A') : 3, ('H', 'H') : 8, ('N', 'Q') : 4, ('Q', 'M') : 3, 
('Q', 'I') : 0, ('S', 'L') : 2, ('G', 'V') : 2, ('Y', 'M') : 2, 
('K', 'L') : 2, ('Y', 'I') : 3, ('E', 'S') : 4, ('K', 'A') : 3, 
('E', 'W') : 1, ('G', 'F') : 0, ('E', 'K') : 4, ('Y', 'Y') : 9, 
('K', 'F') : 0, ('E', 'G') : 3, ('C', 'C') : 9, ('C', 'G') : 1, 
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('R', 'G') : 3, ('K', 'W') : 1, ('R', 'C') : 1, ('I', 'L') : 5, 
('C', 'S') : 2, ('C', 'W') : 2, ('K', 'C') : 0, ('R', 'W') : 3, 
('P', 'L') : 1, ('K', 'G') : 3, ('R', 'S') : 4, ('D', 'R') : 1, 
('D', 'V') : 1, ('D', 'N') : 5, ('F', 'I') : 3, ('F', 'M') : 5, 
('D', 'F') : 1, ('S', 'S') : 8, ('Q', 'V') : 2, ('S', 'W') : 3, 
('Q', 'R') : 5, ('N', 'N') : 8, ('H', 'W') : 3, ('W', 'M') : 1, 
('H', 'S') : 3, ('W', 'I') : 3, ('T', 'F') : 1, ('Q', 'F') : 0, 
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('E', 'T') : 4, ('G', 'Y') : 0, ('E', 'H') : 2, ('E', 'L') : 1, 
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('D', 'Q') : 4, ('K', 'P') : 3, ('D', 'I') : 1, ('D', 'M') : 2, 
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('Q', 'W') : 2, ('S', 'V') : 2, ('Q', 'S') : 4, ('H', 'V') : 2, 
('W', 'L') : 3, ('N', 'G') : 3, ('Q', 'G') : 2, ('S', 'F') : 2, 
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('N', 'W') : 0, ('L', 'L') : 8, ('E', 'Y') : 2, ('M', 'M') : 8, 
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('T', 'L') : 3, ('I', 'V') : 5, ('C', 'I') : 1, ('R', 'A') : 2, 
('C', 'Y') : 1, ('C', 'M') : 3, ('P', 'F') : 1, ('A', 'V') : 3, 
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('S', 'A') : 4, ('H', 'I') : 2, ('Q', 'L') : 3, ('N', 'P') : 1, 
('S', 'I') : 2, ('Q', 'H') : 4, ('N', 'T') : 3, ('H', 'A') : 3, 
('S', 'M') : 2, ('Y', 'L') : 3, ('G', 'W') : 1, ('E', 'R') : 3, 
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('C', 'F') : 0, ('A', 'A') : 8, ('K', 'R') : 5, ('A', 'M') : 3, 
('Q', 'Q') : 8, ('R', 'F') : 1, ('T', 'G') : 2, ('A', 'I') : 2, 
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('T', 'S') : 5, ('P', 'M') : 1, ('R', 'V') : 2, ('T', 'W') : 2, 
('A', 'Y') : 1, ('P', 'I') : 1, ('R', 'R') : 8, ('N', 'Y') : 2, 
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('F', 'L') : 5, ('W', 'F') : 6
}
mclach = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/miyata.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0.14, ('L', 'R') : -1.37, ('S', 'P') : 0.69, ('I', 'I') : 1.25, 
('Q', 'Q') : 1.25, ('N', 'A') : -0.53, ('H', 'T') : -0.07, ('N', 'E') : 0.4, 
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('H', 'H') : 1.25, ('N', 'Q') : 0.26, ('H', 'D') : -0.47, ('L', 'N') : -2.24, 
('Y', 'M') : 0.32, ('Y', 'I') : 0.39, ('Y', 'E') : -1.97, ('E', 'S') : -0.81, 
('Y', 'A') : -1.93, ('Y', 'Y') : 1.25, ('E', 'C') : -2.01, ('Y', 'Q') : -1.23, 
('E', 'G') : -1.53, ('V', 'A') : -0.6, ('C', 'C') : 1.25, ('M', 'R') : -1.04, 
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('K', 'S') : -1.46, ('R', 'G') : -2.33, ('I', 'P') : -1.37, ('R', 'C') : -1.81, 
('V', 'Q') : -0.88, ('K', 'K') : 1.25, ('A', 'P') : 1.19, ('I', 'D') : -2.73, 
('K', 'C') : -2.02, ('M', 'I') : 0.96, ('K', 'G') : -2.29, ('R', 'S') : -1.49, 
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('V', 'V') : 1.25, ('M', 'N') : -1.83, ('F', 'E') : -2.34, ('D', 'N') : 0.6, 
('F', 'I') : 0.64, ('F', 'M') : 0.43, ('M', 'S') : -1.42, ('S', 'S') : 1.25, 
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('S', 'G') : 0.4, ('L', 'E') : -2.28, ('W', 'Q') : -2.17, ('H', 'G') : -1.53, 
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('I', 'L') : 1.11, ('E', 'T') : -0.58, ('W', 'I') : -0.47, ('A', 'A') : 1.25, 
('I', 'N') : -2.12, ('G', 'A') : 0.34, ('Y', 'V') : -0.27, ('W', 'H') : -1.91, 
('Y', 'R') : -0.77, ('M', 'Q') : -1.05, ('R', 'H') : 0.43, ('A', 'C') : -0.14, 
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('K', 'T') : -0.85, ('V', 'N') : -1.51, ('M', 'A') : -1.17, ('K', 'H') : 0.46, 
('V', 'R') : -1.18, ('P', 'C') : -0.08, ('M', 'E') : -1.88, ('I', 'K') : -1.59, 
('T', 'T') : 1.25, ('R', 'T') : -0.78, ('I', 'G') : -2.35, ('R', 'P') : -1.65, 
('K', 'D') : -0.8, ('I', 'C') : -0.38, ('F', 'R') : -1.22, ('F', 'V') : -0.18, 
('D', 'Q') : -0.22, ('K', 'P') : -1.69, ('F', 'F') : 1.25, ('D', 'A') : -1.12, 
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('Q', 'S') : -0.4, ('N', 'C') : -1.58, ('N', 'G') : -0.71, ('H', 'N') : -0.04, 
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}
miyata = _temp()
del _temp

# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/nwsgappep.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1.3, ('S', 'P') : 0.4, ('W', 'B') : -0.7, ('N', 'N') : 1.5, 
('N', 'A') : 0.2, ('N', 'E') : 0.5, ('Z', 'Y') : -0.6, ('W', 'V') : -0.8, 
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('Y', 'I') : 0.1, ('Y', 'E') : -0.5, ('Y', 'A') : -0.3, ('G', 'F') : -0.6, 
('V', 'T') : 0.2, ('G', 'B') : 0.6, ('Y', 'Y') : 1.5, ('N', 'L') : -0.4, 
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('Q', 'D') : 0.7, ('W', 'N') : -0.3, ('S', 'A') : 0.4, ('L', 'G') : -0.5, 
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('Z', 'V') : -0.2, ('F', 'D') : -1.0, ('Z', 'R') : 0.2, ('D', 'C') : -0.5, 
('B', 'B') : 1.1
}
nwsgappep = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam120.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : -1, ('L', 'R') : -4, ('S', 'P') : 1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -5, ('W', 'R') : 1, 
('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 7, ('S', 'H') : -2, 
('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -7, ('Y', 'M') : -4, 
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('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8, 
('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -7, ('Y', 'Q') : -5, ('Z', 'Z') : 4, 
('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -1, ('V', 'E') : -3, 
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('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -4, ('V', 'Q') : -3, 
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('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -3, 
('P', 'H') : -1, ('F', 'Q') : -6, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -2, 
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('N', 'N') : 4, ('W', 'M') : -6, ('Q', 'C') : -7, ('W', 'I') : -6, 
('S', 'C') : 0, ('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : 1, ('L', 'E') : -4, 
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('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -3, 
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('G', 'A') : 1, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 3, ('Y', 'R') : -5, 
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('T', 'A') : 1, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -2, 
('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -2, 
('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -3, ('K', 'L') : -4, 
('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -2, ('I', 'G') : -4, 
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('Z', 'D') : 3, ('F', 'R') : -5, ('X', 'K') : -2, ('Q', 'D') : 1, 
('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -4, ('Z', 'H') : 1, 
('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 8, ('X', 'W') : -5, 
('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : -1, 
('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -8, ('V', 'Y') : -3, 
('W', 'L') : -3, ('H', 'R') : 1, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 2, 
('W', 'T') : -6, ('T', 'T') : 4, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -7, 
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('Y', 'G') : -6, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -1, ('G', 'D') : 0, 
('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : -2, ('E', 'E') : 5, 
('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -5, ('V', 'C') : -3, ('T', 'H') : -3, 
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('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -2, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4, 
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('K', 'C') : -7, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -4, 
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('L', 'C') : -7, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5, 
('W', 'S') : -2, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -2, 
('H', 'A') : -3, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : -1, 
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('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 6, ('P', 'A') : 1, ('M', 'G') : -4, 
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}
pam120 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam180.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -4, ('S', 'P') : 1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : 0, ('Z', 'Y') : -6, ('W', 'R') : 2, 
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('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -7, ('Y', 'Q') : -6, ('Z', 'Z') : 5, 
('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 13, ('M', 'R') : -1, ('V', 'E') : -3, 
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('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 2, ('T', 'F') : -4, ('V', 'Q') : -3, 
('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -3, 
('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -3, 
('P', 'H') : -1, ('F', 'Q') : -6, ('Z', 'G') : -1, ('X', 'L') : -2, 
('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -7, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -3, 
('B', 'W') : -7, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 0, ('F', 'A') : -5, 
('Z', 'W') : -8, ('F', 'E') : -7, ('D', 'N') : 3, ('B', 'K') : 0, 
('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 1, ('B', 'G') : 0, ('X', 'T') : -1, 
('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -6, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3, 
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('N', 'N') : 4, ('W', 'M') : -6, ('Q', 'C') : -7, ('W', 'I') : -7, 
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('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2, 
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('G', 'A') : 1, ('K', 'R') : 4, ('E', 'D') : 4, ('Y', 'R') : -6, 
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('V', 'V') : 6, ('M', 'I') : 2, ('T', 'Q') : -2, ('I', 'G') : -4, 
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('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 10, ('X', 'W') : -6, 
('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : 0, 
('F', 'N') : -5, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -9, ('V', 'Y') : -4, 
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('Y', 'S') : -4, ('C', 'N') : -5, ('V', 'C') : -3, ('T', 'H') : -2, 
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('B', 'E') : 3, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -7, ('B', 'A') : 0, 
('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 5, ('W', 'G') : -9, ('Z', 'F') : -7, 
('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -10, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 4, 
('L', 'C') : -8, ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -6, 
('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -2, 
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('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : 2, ('Y', 'T') : -4, ('Y', 'P') : -7, 
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('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -2, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -7, 
('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 6, ('P', 'A') : 1, ('M', 'G') : -4, 
('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : 1, 
('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 8, ('X', 'M') : -1, 
('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 3, ('X', 'E') : -1, 
('Z', 'N') : 1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 3, 
('F', 'D') : -8, ('X', 'Y') : -3, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -3, 
('B', 'F') : -6, ('F', 'L') : 1, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4
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pam180 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam250.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : 1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 4, ('N', 'A') : 0, ('Z', 'Y') : -4, ('W', 'R') : 2, 
('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 6, ('S', 'H') : -1, 
('H', 'D') : 1, ('L', 'N') : -3, ('W', 'A') : -6, ('Y', 'M') : -2, 
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('Y', 'A') : -3, ('V', 'D') : -2, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 10, 
('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -5, ('Y', 'Q') : -4, ('Z', 'Z') : 3, 
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('Z', 'P') : 0, ('V', 'M') : 2, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -2, 
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('S', 'C') : 0, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 1, ('L', 'E') : -3, 
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('N', 'R') : 0, ('H', 'C') : -3, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -1, 
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('G', 'A') : 1, ('K', 'R') : 3, ('E', 'D') : 3, ('Y', 'R') : -4, 
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('T', 'A') : 1, ('T', 'P') : 0, ('B', 'P') : -1, ('T', 'E') : 0, 
('V', 'N') : -2, ('P', 'G') : 0, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : 0, 
('V', 'R') : -2, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3, 
('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 2, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -3, 
('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : 0, ('I', 'C') : -2, 
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('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : 2, 
('B', 'L') : -3, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 9, ('X', 'W') : -4, 
('B', 'D') : 3, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : 0, 
('F', 'N') : -3, ('S', 'R') : 0, ('W', 'D') : -7, ('V', 'Y') : -2, 
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('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -2, ('L', 'H') : -2, ('S', 'N') : 1, 
('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 6, ('Y', 'K') : -4, ('E', 'Q') : 2, 
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('B', 'V') : -2, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : 0, ('E', 'E') : 4, 
('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -1, 
('P', 'R') : 0, ('V', 'G') : -1, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -2, 
('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -2, ('T', 'D') : 0, 
('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -2, ('K', 'I') : -2, ('M', 'D') : -3, 
('V', 'W') : -6, ('W', 'W') : 17, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : 0, 
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('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 4, ('W', 'G') : -7, ('Z', 'F') : -5, 
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('L', 'C') : -6, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4, 
('W', 'S') : -2, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 1, ('S', 'I') : -1, 
('H', 'A') : -1, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 0, 
('Y', 'D') : -4, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -1, ('G', 'G') : 5, 
('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5, 
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('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : 1, ('M', 'G') : -3, 
('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -2, ('P', 'M') : -2, ('M', 'K') : 0, 
('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -2, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1, 
('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1, 
('Z', 'N') : 1, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 2, 
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('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 2, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 3
}
pam250 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam30.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : -4, ('L', 'R') : -8, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -3, 
('Q', 'Q') : 8, ('N', 'A') : -4, ('Z', 'Y') : -9, ('W', 'R') : -2, 
('Q', 'A') : -4, ('S', 'D') : -4, ('H', 'H') : 9, ('S', 'H') : -6, 
('H', 'D') : -4, ('L', 'N') : -7, ('W', 'A') : -13, ('Y', 'M') : -11, 
('G', 'R') : -9, ('Y', 'I') : -6, ('Y', 'E') : -8, ('B', 'Y') : -6, 
('Y', 'A') : -8, ('V', 'D') : -8, ('B', 'S') : -1, ('Y', 'Y') : 10, 
('G', 'N') : -3, ('E', 'C') : -14, ('Y', 'Q') : -12, ('Z', 'Z') : 6, 
('V', 'A') : -2, ('C', 'C') : 10, ('M', 'R') : -4, ('V', 'E') : -6, 
('T', 'N') : -2, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 2, ('V', 'S') : -6, 
('Z', 'P') : -4, ('V', 'M') : -1, ('T', 'F') : -9, ('V', 'Q') : -7, 
('K', 'K') : 7, ('P', 'D') : -8, ('I', 'H') : -9, ('I', 'D') : -7, 
('T', 'R') : -6, ('P', 'L') : -7, ('K', 'G') : -7, ('M', 'N') : -9, 
('P', 'H') : -4, ('F', 'Q') : -13, ('Z', 'G') : -5, ('X', 'L') : -6, 
('T', 'M') : -4, ('Z', 'C') : -14, ('X', 'H') : -5, ('D', 'R') : -10, 
('B', 'W') : -10, ('X', 'D') : -5, ('Z', 'K') : -4, ('F', 'A') : -8, 
('Z', 'W') : -14, ('F', 'E') : -14, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : -2, 
('X', 'X') : -5, ('F', 'I') : -2, ('B', 'G') : -3, ('X', 'T') : -4, 
('F', 'M') : -4, ('B', 'C') : -12, ('Z', 'I') : -6, ('Z', 'V') : -6, 
('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : -5, ('W', 'E') : -17, ('Q', 'R') : -2, 
('N', 'N') : 8, ('W', 'M') : -13, ('Q', 'C') : -14, ('W', 'I') : -14, 
('S', 'C') : -3, ('L', 'A') : -6, ('S', 'G') : -2, ('L', 'E') : -9, 
('W', 'Q') : -13, ('H', 'G') : -9, ('S', 'K') : -4, ('Q', 'N') : -3, 
('N', 'R') : -6, ('H', 'C') : -7, ('Y', 'N') : -4, ('G', 'Q') : -7, 
('Y', 'F') : 2, ('C', 'A') : -6, ('V', 'L') : -2, ('G', 'E') : -4, 
('G', 'A') : -2, ('K', 'R') : 0, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -10, 
('M', 'Q') : -4, ('T', 'I') : -2, ('C', 'D') : -14, ('V', 'F') : -8, 
('T', 'A') : -1, ('T', 'P') : -4, ('B', 'P') : -7, ('T', 'E') : -6, 
('V', 'N') : -8, ('P', 'G') : -6, ('M', 'A') : -5, ('K', 'H') : -6, 
('V', 'R') : -8, ('P', 'C') : -8, ('M', 'E') : -7, ('K', 'L') : -8, 
('V', 'V') : 7, ('M', 'I') : -1, ('T', 'Q') : -5, ('I', 'G') : -11, 
('P', 'K') : -6, ('M', 'M') : 11, ('K', 'D') : -4, ('I', 'C') : -6, 
('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -9, ('X', 'K') : -5, ('Q', 'D') : -2, 
('X', 'G') : -5, ('Z', 'L') : -7, ('X', 'C') : -9, ('Z', 'H') : -1, 
('B', 'L') : -9, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 9, ('X', 'W') : -11, 
('B', 'D') : 6, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -8, ('X', 'S') : -3, 
('F', 'N') : -9, ('S', 'R') : -3, ('W', 'D') : -15, ('V', 'Y') : -7, 
('W', 'L') : -6, ('H', 'R') : -2, ('W', 'H') : -7, ('H', 'N') : 0, 
('W', 'T') : -13, ('T', 'T') : 7, ('S', 'F') : -6, ('W', 'P') : -14, 
('L', 'D') : -12, ('B', 'I') : -6, ('L', 'H') : -6, ('S', 'N') : 0, 
('B', 'T') : -3, ('L', 'L') : 7, ('Y', 'K') : -9, ('E', 'Q') : 1, 
('Y', 'G') : -14, ('Z', 'S') : -5, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -3, 
('B', 'V') : -8, ('E', 'A') : -2, ('Y', 'W') : -5, ('E', 'E') : 8, 
('Y', 'S') : -7, ('C', 'N') : -11, ('V', 'C') : -6, ('T', 'H') : -7, 
('P', 'R') : -4, ('V', 'G') : -5, ('T', 'L') : -7, ('V', 'K') : -9, 
('K', 'Q') : -3, ('R', 'A') : -7, ('I', 'R') : -5, ('T', 'D') : -5, 
('P', 'F') : -10, ('I', 'N') : -5, ('K', 'I') : -6, ('M', 'D') : -11, 
('V', 'W') : -15, ('W', 'W') : 13, ('M', 'H') : -10, ('P', 'N') : -6, 
('K', 'A') : -7, ('M', 'L') : 1, ('K', 'E') : -4, ('Z', 'E') : 6, 
('X', 'N') : -3, ('Z', 'A') : -3, ('Z', 'M') : -5, ('X', 'F') : -8, 
('K', 'C') : -14, ('B', 'Q') : -3, ('X', 'B') : -5, ('B', 'M') : -10, 
('F', 'C') : -13, ('Z', 'Q') : 6, ('X', 'Z') : -5, ('F', 'G') : -9, 
('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -5, ('F', 'K') : -14, ('B', 'A') : -3, 
('X', 'R') : -6, ('D', 'D') : 8, ('W', 'G') : -15, ('Z', 'F') : -13, 
('S', 'Q') : -5, ('W', 'C') : -15, ('W', 'K') : -12, ('H', 'Q') : 1, 
('L', 'C') : -15, ('W', 'N') : -8, ('S', 'A') : 0, ('L', 'G') : -10, 
('W', 'S') : -5, ('S', 'E') : -4, ('H', 'E') : -5, ('S', 'I') : -7, 
('H', 'A') : -7, ('S', 'M') : -5, ('Y', 'L') : -7, ('Y', 'H') : -3, 
('Y', 'D') : -11, ('E', 'R') : -9, ('X', 'P') : -5, ('G', 'G') : 6, 
('G', 'C') : -9, ('E', 'N') : -2, ('Y', 'T') : -6, ('Y', 'P') : -13, 
('T', 'K') : -3, ('A', 'A') : 6, ('P', 'Q') : -3, ('T', 'C') : -8, 
('V', 'H') : -6, ('T', 'G') : -6, ('I', 'Q') : -8, ('Z', 'T') : -6, 
('C', 'R') : -8, ('V', 'P') : -6, ('P', 'E') : -5, ('M', 'C') : -13, 
('K', 'N') : -1, ('I', 'I') : 8, ('P', 'A') : -2, ('M', 'G') : -8, 
('T', 'S') : 0, ('I', 'E') : -5, ('P', 'M') : -8, ('M', 'K') : -2, 
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('L', 'I') : -1, ('X', 'I') : -5, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -5, 
('Z', 'N') : -3, ('X', 'A') : -3, ('B', 'R') : -7, ('B', 'N') : 6, 
('F', 'D') : -15, ('X', 'Y') : -7, ('Z', 'R') : -4, ('F', 'H') : -6, 
('B', 'F') : -10, ('F', 'L') : -3, ('X', 'Q') : -5, ('B', 'B') : 6
}
pam30 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam300.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : 1, ('V', 'T') : 0, 
('Q', 'Q') : 4, ('N', 'A') : 0, ('Z', 'Y') : -5, ('W', 'R') : 3, 
('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 7, ('S', 'H') : -1, 
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('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -2, ('B', 'S') : 1, ('Y', 'Y') : 12, 
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('G', 'A') : 2, ('K', 'R') : 4, ('E', 'D') : 4, ('Y', 'R') : -5, 
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('B', 'D') : 3, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : 0, 
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('W', 'T') : -6, ('T', 'T') : 2, ('S', 'F') : -4, ('W', 'P') : -6, 
('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -2, ('L', 'H') : -2, ('S', 'N') : 1, 
('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 7, ('Y', 'K') : -5, ('E', 'Q') : 3, 
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('B', 'V') : -2, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : 0, ('E', 'E') : 4, 
('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -1, 
('P', 'R') : 0, ('V', 'G') : -1, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -2, 
('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -2, ('T', 'D') : 0, 
('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -2, ('K', 'I') : -2, ('M', 'D') : -3, 
('V', 'W') : -7, ('W', 'W') : 22, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : 0, 
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('B', 'E') : 3, ('X', 'V') : 0, ('F', 'K') : -6, ('B', 'A') : 0, 
('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 4, ('W', 'G') : -8, ('Z', 'F') : -5, 
('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -9, ('W', 'K') : -4, ('H', 'Q') : 3, 
('L', 'C') : -7, ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4, 
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('H', 'A') : -1, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : 0, ('Y', 'H') : 0, 
('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -1, ('G', 'G') : 5, 
('G', 'C') : -4, ('E', 'N') : 2, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5, 
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('V', 'H') : -2, ('T', 'G') : 0, ('I', 'Q') : -2, ('Z', 'T') : 0, 
('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -1, ('P', 'E') : 0, ('M', 'C') : -6, 
('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : 1, ('M', 'G') : -3, 
('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -2, ('P', 'M') : -2, ('M', 'K') : 0, 
('I', 'A') : 0, ('P', 'I') : -2, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -1, 
('L', 'I') : 3, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1, 
('Z', 'N') : 1, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : 0, ('B', 'N') : 2, 
('F', 'D') : -6, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2, 
('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 3, ('X', 'Q') : 0, ('B', 'B') : 3
}
pam300 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam60.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : -3, ('L', 'R') : -6, ('S', 'P') : 0, ('V', 'T') : -1, 
('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -7, ('W', 'R') : 0, 
('Q', 'A') : -3, ('S', 'D') : -2, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -4, 
('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -5, ('W', 'A') : -10, ('Y', 'M') : -7, 
('G', 'R') : -7, ('Y', 'I') : -4, ('Y', 'E') : -7, ('B', 'Y') : -5, 
('Y', 'A') : -6, ('V', 'D') : -6, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 9, 
('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -10, ('Y', 'Q') : -8, ('Z', 'Z') : 5, 
('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -4, 
('T', 'N') : -1, ('P', 'P') : 7, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -4, 
('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -6, ('V', 'Q') : -5, 
('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -5, ('I', 'H') : -6, ('I', 'D') : -5, 
('T', 'R') : -4, ('P', 'L') : -5, ('K', 'G') : -5, ('M', 'N') : -6, 
('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -9, ('Z', 'G') : -3, ('X', 'L') : -4, 
('T', 'M') : -2, ('Z', 'C') : -10, ('X', 'H') : -3, ('D', 'R') : -6, 
('B', 'W') : -8, ('X', 'D') : -3, ('Z', 'K') : -2, ('F', 'A') : -6, 
('Z', 'W') : -11, ('F', 'E') : -10, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : -1, 
('X', 'X') : -3, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -2, ('X', 'T') : -2, 
('F', 'M') : -2, ('B', 'C') : -9, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -5, 
('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -12, ('Q', 'R') : 0, 
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('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -4, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -7, 
('W', 'Q') : -9, ('H', 'G') : -6, ('S', 'K') : -2, ('Q', 'N') : -2, 
('N', 'R') : -3, ('H', 'C') : -6, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -5, 
('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -5, ('V', 'L') : -1, ('G', 'E') : -2, 
('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 3, ('Y', 'R') : -8, 
('M', 'Q') : -2, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -10, ('V', 'F') : -5, 
('T', 'A') : 1, ('T', 'P') : -2, ('B', 'P') : -4, ('T', 'E') : -4, 
('V', 'N') : -5, ('P', 'G') : -4, ('M', 'A') : -3, ('K', 'H') : -4, 
('V', 'R') : -5, ('P', 'C') : -6, ('M', 'E') : -5, ('K', 'L') : -6, 
('V', 'V') : 6, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -4, ('I', 'G') : -7, 
('P', 'K') : -4, ('M', 'M') : 10, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -4, 
('Z', 'D') : 2, ('F', 'R') : -7, ('X', 'K') : -3, ('Q', 'D') : -1, 
('X', 'G') : -3, ('Z', 'L') : -5, ('X', 'C') : -6, ('Z', 'H') : 0, 
('B', 'L') : -7, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 8, ('X', 'W') : -8, 
('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -6, ('X', 'S') : -2, 
('F', 'N') : -6, ('S', 'R') : -2, ('W', 'D') : -11, ('V', 'Y') : -5, 
('W', 'L') : -4, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -5, ('H', 'N') : 1, 
('W', 'T') : -9, ('T', 'T') : 6, ('S', 'F') : -5, ('W', 'P') : -10, 
('L', 'D') : -9, ('B', 'I') : -4, ('L', 'H') : -4, ('S', 'N') : 1, 
('B', 'T') : -2, ('L', 'L') : 6, ('Y', 'K') : -7, ('E', 'Q') : 2, 
('Y', 'G') : -10, ('Z', 'S') : -3, ('Y', 'C') : -2, ('G', 'D') : -2, 
('B', 'V') : -5, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : -3, ('E', 'E') : 7, 
('Y', 'S') : -5, ('C', 'N') : -7, ('V', 'C') : -4, ('T', 'H') : -5, 
('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -5, ('V', 'K') : -6, 
('K', 'Q') : -1, ('R', 'A') : -5, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -3, 
('P', 'F') : -7, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -7, 
('V', 'W') : -11, ('W', 'W') : 13, ('M', 'H') : -7, ('P', 'N') : -4, 
('K', 'A') : -5, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : -3, ('Z', 'E') : 5, 
('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -2, ('Z', 'M') : -4, ('X', 'F') : -5, 
('K', 'C') : -10, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -3, ('B', 'M') : -6, 
('F', 'C') : -9, ('Z', 'Q') : 6, ('X', 'Z') : -3, ('F', 'G') : -7, 
('B', 'E') : 2, ('X', 'V') : -3, ('F', 'K') : -10, ('B', 'A') : -2, 
('X', 'R') : -4, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -11, ('Z', 'F') : -10, 
('S', 'Q') : -3, ('W', 'C') : -12, ('W', 'K') : -8, ('H', 'Q') : 2, 
('L', 'C') : -11, ('W', 'N') : -6, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -8, 
('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -2, ('H', 'E') : -3, ('S', 'I') : -4, 
('H', 'A') : -5, ('S', 'M') : -4, ('Y', 'L') : -5, ('Y', 'H') : -2, 
('Y', 'D') : -8, ('E', 'R') : -6, ('X', 'P') : -3, ('G', 'G') : 6, 
('G', 'C') : -7, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -5, ('Y', 'P') : -10, 
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('C', 'R') : -6, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : -3, ('M', 'C') : -10, 
('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 7, ('P', 'A') : 0, ('M', 'G') : -6, 
('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -6, ('M', 'K') : 0, 
('I', 'A') : -3, ('P', 'I') : -6, ('R', 'R') : 8, ('X', 'M') : -3, 
('L', 'I') : 0, ('X', 'I') : -3, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -3, 
('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -2, ('B', 'R') : -5, ('B', 'N') : 5, 
('F', 'D') : -11, ('X', 'Y') : -5, ('Z', 'R') : -2, ('F', 'H') : -4, 
('B', 'F') : -8, ('F', 'L') : -1, ('X', 'Q') : -3, ('B', 'B') : 5
}
pam60 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam90.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : -2, ('L', 'R') : -5, ('S', 'P') : 0, ('V', 'T') : -1, 
('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -6, ('W', 'R') : 0, 
('Q', 'A') : -2, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -3, 
('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -8, ('Y', 'M') : -6, 
('G', 'R') : -5, ('Y', 'I') : -3, ('Y', 'E') : -6, ('B', 'Y') : -4, 
('Y', 'A') : -5, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 9, 
('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -8, ('Y', 'Q') : -6, ('Z', 'Z') : 5, 
('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3, 
('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 7, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -3, 
('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -5, ('V', 'Q') : -4, 
('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -4, ('I', 'H') : -5, ('I', 'D') : -4, 
('T', 'R') : -3, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -4, ('M', 'N') : -4, 
('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -7, ('Z', 'G') : -2, ('T', 'M') : -2, 
('Z', 'C') : -8, ('D', 'R') : -5, ('B', 'W') : -7, ('Z', 'K') : -1, 
('F', 'A') : -5, ('Z', 'W') : -8, ('F', 'E') : -8, ('D', 'N') : 3, 
('B', 'K') : 0, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('F', 'M') : -1, 
('B', 'C') : -7, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3, ('S', 'S') : 4, 
('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -10, ('Q', 'R') : 0, ('N', 'N') : 5, 
('W', 'M') : -7, ('Q', 'C') : -8, ('W', 'I') : -8, ('S', 'C') : -1, 
('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -5, ('W', 'Q') : -7, 
('H', 'G') : -5, ('S', 'K') : -1, ('L', 'I') : 1, ('N', 'R') : -2, 
('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -3, ('Y', 'F') : 4, 
('C', 'A') : -3, ('V', 'L') : 0, ('G', 'E') : -1, ('G', 'A') : 0, 
('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 4, ('Y', 'R') : -6, ('M', 'Q') : -2, 
('T', 'I') : 0, ('C', 'D') : -8, ('V', 'F') : -4, ('T', 'A') : 1, 
('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -3, ('T', 'E') : -2, ('V', 'N') : -4, 
('P', 'G') : -3, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -2, ('V', 'R') : -4, 
('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -4, ('K', 'L') : -5, ('V', 'V') : 6, 
('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -3, ('I', 'G') : -5, ('P', 'K') : -3, 
('M', 'M') : 9, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -3, ('Z', 'D') : 3, 
('F', 'R') : -6, ('Q', 'D') : 0, ('Z', 'L') : -4, ('Z', 'H') : 1, 
('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 8, ('B', 'D') : 5, 
('D', 'A') : -1, ('S', 'L') : -5, ('F', 'N') : -5, ('S', 'R') : -1, 
('W', 'D') : -9, ('W', 'L') : -3, ('H', 'R') : 1, ('W', 'H') : -4, 
('H', 'N') : 2, ('W', 'T') : -7, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -4, 
('W', 'P') : -8, ('L', 'D') : -7, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, 
('S', 'N') : 1, ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 6, ('Y', 'K') : -6, 
('E', 'Q') : 2, ('Y', 'G') : -8, ('Z', 'S') : -2, ('Y', 'C') : -1, 
('G', 'D') : -1, ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : -2, 
('E', 'E') : 6, ('Y', 'S') : -4, ('C', 'N') : -6, ('V', 'C') : -3, 
('T', 'H') : -3, ('P', 'R') : -1, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -3, 
('V', 'K') : -5, ('K', 'Q') : -1, ('R', 'A') : -4, ('I', 'R') : -3, 
('T', 'D') : -2, ('P', 'F') : -6, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, 
('M', 'D') : -5, ('V', 'W') : -9, ('W', 'W') : 13, ('M', 'H') : -5, 
('P', 'N') : -2, ('K', 'A') : -3, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : -2, 
('Z', 'E') : 5, ('Q', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -3, 
('K', 'C') : -8, ('B', 'Q') : 0, ('B', 'M') : -5, ('F', 'C') : -7, 
('Z', 'Q') : 5, ('F', 'G') : -6, ('B', 'E') : 2, ('F', 'K') : -8, 
('B', 'A') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -9, ('S', 'Q') : -2, 
('W', 'C') : -10, ('W', 'K') : -6, ('H', 'Q') : 2, ('L', 'C') : -9, 
('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -6, ('W', 'S') : -3, 
('S', 'E') : -2, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -3, ('H', 'A') : -4, 
('S', 'M') : -3, ('Y', 'L') : -3, ('Y', 'H') : -1, ('Y', 'D') : -6, 
('E', 'R') : -4, ('G', 'G') : 5, ('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : 0, 
('Y', 'T') : -4, ('Y', 'P') : -8, ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4, 
('P', 'Q') : -1, ('T', 'C') : -4, ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, 
('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -2, ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -3, 
('P', 'E') : -2, ('M', 'C') : -8, ('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 6, 
('P', 'A') : 0, ('M', 'G') : -5, ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -3, 
('P', 'M') : -4, ('M', 'K') : 0, ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -4, 
('R', 'R') : 7, ('Z', 'F') : -8, ('Z', 'B') : 2, ('Z', 'N') : 0, 
('B', 'R') : -3, ('B', 'N') : 4, ('F', 'D') : -8, ('Z', 'R') : -1, 
('F', 'H') : -3, ('B', 'F') : -6, ('F', 'L') : 0, ('V', 'Y') : -4, 
('B', 'B') : 4
}
pam90 = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/rao.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 11, ('S', 'P') : 10, ('N', 'M') : 6, ('Q', 'Q') : 16, 
('N', 'A') : 9, ('N', 'E') : 10, ('W', 'V') : 11, ('Q', 'E') : 11, 
('L', 'H') : 10, ('W', 'R') : 7, ('Q', 'A') : 11, ('S', 'D') : 10, 
('H', 'H') : 16, ('Q', 'M') : 9, ('S', 'H') : 10, ('H', 'D') : 9, 
('Q', 'I') : 6, ('S', 'L') : 8, ('Y', 'M') : 8, ('Y', 'I') : 10, 
('Y', 'E') : 6, ('Y', 'A') : 9, ('G', 'F') : 7, ('V', 'T') : 10, 
('Y', 'Y') : 16, ('V', 'H') : 9, ('E', 'C') : 9, ('Y', 'Q') : 8, 
('V', 'A') : 9, ('C', 'C') : 16, ('V', 'E') : 4, ('T', 'N') : 10, 
('R', 'K') : 11, ('P', 'P') : 16, ('V', 'I') : 12, ('R', 'G') : 7, 
('V', 'M') : 9, ('T', 'F') : 10, ('R', 'C') : 8, ('V', 'Q') : 6, 
('K', 'K') : 16, ('P', 'D') : 8, ('I', 'H') : 8, ('M', 'F') : 10, 
('I', 'D') : 3, ('K', 'C') : 9, ('P', 'L') : 4, ('K', 'G') : 7, 
('P', 'H') : 5, ('T', 'R') : 9, ('F', 'A') : 10, ('F', 'E') : 6, 
('S', 'S') : 16, ('W', 'E') : 7, ('N', 'N') : 16, ('W', 'M') : 10, 
('Q', 'C') : 10, ('N', 'F') : 6, ('S', 'C') : 10, ('L', 'A') : 11, 
('S', 'G') : 11, ('L', 'E') : 7, ('W', 'Q') : 9, ('H', 'G') : 7, 
('S', 'K') : 10, ('Q', 'N') : 11, ('V', 'D') : 3, ('H', 'C') : 10, 
('Y', 'N') : 8, ('Y', 'F') : 10, ('W', 'I') : 11, ('C', 'A') : 11, 
('G', 'E') : 6, ('G', 'A') : 8, ('Y', 'V') : 10, ('E', 'D') : 11, 
('W', 'H') : 10, ('Y', 'R') : 7, ('N', 'I') : 5, ('R', 'L') : 6, 
('T', 'I') : 10, ('Q', 'L') : 9, ('R', 'H') : 10, ('T', 'M') : 8, 
('V', 'F') : 11, ('R', 'D') : 10, ('T', 'A') : 10, ('T', 'P') : 8, 
('T', 'E') : 8, ('V', 'N') : 5, ('P', 'G') : 11, ('M', 'A') : 11, 
('K', 'H') : 11, ('V', 'R') : 5, ('P', 'C') : 7, ('M', 'E') : 8, 
('V', 'V') : 16, ('T', 'T') : 16, ('M', 'I') : 9, ('T', 'Q') : 10, 
('I', 'G') : 6, ('P', 'K') : 6, ('M', 'M') : 16, ('K', 'D') : 11, 
('I', 'C') : 8, ('L', 'C') : 11, ('F', 'F') : 16, ('D', 'A') : 9, 
('S', 'R') : 9, ('W', 'D') : 6, ('N', 'C') : 9, ('N', 'G') : 10, 
('W', 'T') : 11, ('Q', 'G') : 8, ('S', 'F') : 8, ('W', 'P') : 6, 
('L', 'D') : 6, ('H', 'F') : 9, ('Q', 'K') : 12, ('S', 'N') : 11, 
('L', 'L') : 16, ('Q', 'F') : 7, ('Y', 'K') : 7, ('Y', 'G') : 10, 
('Y', 'C') : 10, ('G', 'D') : 9, ('E', 'A') : 10, ('Y', 'W') : 11, 
('E', 'E') : 16, ('Y', 'S') : 11, ('R', 'M') : 6, ('V', 'C') : 8, 
('T', 'H') : 10, ('R', 'I') : 4, ('V', 'G') : 6, ('T', 'L') : 9, 
('R', 'E') : 9, ('V', 'K') : 5, ('R', 'Q') : 10, ('R', 'A') : 8, 
('T', 'D') : 9, ('P', 'F') : 4, ('V', 'S') : 8, ('K', 'I') : 4, 
('M', 'D') : 5, ('W', 'W') : 16, ('M', 'H') : 10, ('P', 'N') : 9, 
('I', 'F') : 12, ('K', 'A') : 10, ('M', 'L') : 11, ('K', 'E') : 11, 
('N', 'K') : 11, ('R', 'P') : 6, ('L', 'F') : 11, ('F', 'C') : 10, 
('W', 'G') : 8, ('W', 'L') : 11, ('D', 'D') : 16, ('N', 'H') : 10, 
('S', 'Q') : 10, ('Q', 'P') : 7, ('N', 'L') : 7, ('W', 'K') : 7, 
('Q', 'D') : 11, ('W', 'N') : 8, ('S', 'A') : 10, ('L', 'G') : 6, 
('W', 'S') : 10, ('S', 'E') : 9, ('L', 'K') : 7, ('H', 'E') : 11, 
('S', 'I') : 8, ('Q', 'H') : 11, ('H', 'A') : 11, ('S', 'M') : 7, 
('Y', 'L') : 9, ('Y', 'H') : 9, ('Y', 'D') : 7, ('G', 'G') : 16, 
('G', 'C') : 8, ('Y', 'T') : 11, ('W', 'C') : 11, ('Y', 'P') : 8, 
('T', 'K') : 9, ('R', 'N') : 10, ('A', 'A') : 16, ('W', 'A') : 11, 
('T', 'C') : 10, ('N', 'D') : 11, ('R', 'F') : 5, ('T', 'G') : 10, 
('V', 'L') : 10, ('V', 'P') : 3, ('P', 'E') : 5, ('M', 'C') : 10, 
('I', 'I') : 16, ('P', 'A') : 6, ('M', 'G') : 4, ('T', 'S') : 11, 
('I', 'E') : 4, ('P', 'M') : 2, ('M', 'K') : 8, ('K', 'F') : 6, 
('I', 'A') : 9, ('P', 'I') : 3, ('R', 'R') : 16, ('L', 'I') : 10, 
('F', 'D') : 4, ('D', 'C') : 8
}
rao = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/risler.cmp
def _temp() :
    return {
('W', 'F') : -0.9, ('S', 'P') : -0.3, ('N', 'M') : 0.0, ('Q', 'Q') : 2.2, 
('N', 'A') : 1.3, ('N', 'E') : 1.4, ('W', 'V') : -0.7, ('Q', 'E') : 2.1, 
('L', 'H') : -0.9, ('W', 'R') : -0.8, ('Q', 'A') : 1.8, ('S', 'D') : 0.7, 
('H', 'H') : 2.2, ('Q', 'M') : 1.2, ('S', 'H') : -0.4, ('H', 'D') : -1.3, 
('Q', 'I') : 1.4, ('S', 'L') : 1.3, ('Y', 'M') : -0.2, ('Y', 'I') : 0.4, 
('Y', 'E') : 0.2, ('Y', 'A') : 0.2, ('G', 'F') : -0.4, ('V', 'T') : 1.6, 
('Y', 'Y') : 2.2, ('V', 'H') : -0.7, ('E', 'C') : -1.5, ('Y', 'Q') : 0.5, 
('V', 'A') : 2.0, ('C', 'C') : 2.2, ('V', 'E') : 1.6, ('T', 'N') : 1.1, 
('R', 'K') : 2.1, ('P', 'P') : 2.2, ('V', 'I') : 2.2, ('R', 'G') : 0.1, 
('V', 'M') : 0.8, ('T', 'F') : 0.3, ('R', 'C') : -1.5, ('V', 'Q') : 1.5, 
('K', 'K') : 2.2, ('P', 'D') : -1.2, ('I', 'H') : -0.8, ('M', 'F') : -0.2, 
('I', 'D') : 0.0, ('K', 'C') : -1.6, ('P', 'L') : -0.8, ('K', 'G') : -0.1, 
('P', 'H') : -1.6, ('T', 'R') : 1.9, ('F', 'A') : 0.6, ('F', 'E') : 0.6, 
('S', 'S') : 2.2, ('W', 'E') : -1.0, ('N', 'N') : 2.2, ('W', 'M') : -1.3, 
('Q', 'C') : -1.4, ('N', 'F') : 0.4, ('S', 'C') : -1.3, ('L', 'A') : 1.3, 
('S', 'G') : 0.7, ('L', 'E') : 0.9, ('W', 'Q') : -1.0, ('H', 'G') : -1.2, 
('S', 'K') : 1.4, ('Q', 'N') : 1.6, ('V', 'D') : 0.0, ('H', 'C') : -1.8, 
('Y', 'N') : -0.1, ('Y', 'F') : 2.0, ('W', 'I') : -0.7, ('C', 'A') : -1.5, 
('G', 'E') : 0.3, ('G', 'A') : 0.6, ('Y', 'V') : 0.3, ('E', 'D') : 1.0, 
('W', 'H') : -1.7, ('Y', 'R') : 0.8, ('N', 'I') : 0.9, ('R', 'L') : 1.2, 
('T', 'I') : 1.6, ('Q', 'L') : 1.1, ('R', 'H') : -0.4, ('T', 'M') : 0.8, 
('V', 'F') : 0.8, ('R', 'D') : -0.1, ('T', 'A') : 1.9, ('T', 'P') : -0.5, 
('T', 'E') : 1.6, ('V', 'N') : 1.1, ('P', 'G') : -1.2, ('M', 'A') : 1.0, 
('K', 'H') : -1.0, ('V', 'R') : 1.5, ('P', 'C') : -1.8, ('M', 'E') : 0.6, 
('V', 'V') : 2.2, ('T', 'T') : 2.2, ('M', 'I') : 0.9, ('T', 'Q') : 1.7, 
('I', 'G') : 0.0, ('P', 'K') : -0.7, ('M', 'M') : 2.2, ('K', 'D') : 0.1, 
('I', 'C') : -1.6, ('L', 'C') : -1.5, ('F', 'F') : 2.2, ('D', 'A') : 0.2, 
('S', 'R') : 2.0, ('W', 'D') : -1.4, ('N', 'C') : -1.6, ('N', 'G') : 0.2, 
('W', 'T') : -1.0, ('Q', 'G') : 0.2, ('S', 'F') : 0.5, ('W', 'P') : -1.6, 
('L', 'D') : -0.2, ('H', 'F') : -1.1, ('Q', 'K') : 1.7, ('S', 'N') : 1.9, 
('L', 'L') : 2.2, ('Q', 'F') : 0.7, ('Y', 'K') : 0.5, ('Y', 'G') : -0.2, 
('Y', 'C') : -1.1, ('G', 'D') : -0.4, ('E', 'A') : 1.7, ('Y', 'W') : -0.6, 
('E', 'E') : 2.2, ('Y', 'S') : 0.4, ('R', 'M') : 1.1, ('V', 'C') : -1.4, 
('T', 'H') : -0.9, ('R', 'I') : 1.4, ('V', 'G') : 0.1, ('T', 'L') : 1.2, 
('R', 'E') : 1.9, ('V', 'K') : 1.2, ('R', 'Q') : 2.0, ('R', 'A') : 1.5, 
('T', 'D') : 0.0, ('P', 'F') : -1.1, ('V', 'S') : 1.8, ('K', 'I') : 1.0, 
('M', 'D') : -0.5, ('W', 'W') : 2.2, ('M', 'H') : -1.2, ('P', 'N') : -1.0, 
('I', 'F') : 1.0, ('K', 'A') : 1.4, ('M', 'L') : 1.8, ('K', 'E') : 1.4, 
('N', 'K') : 1.0, ('R', 'P') : -0.3, ('L', 'F') : 1.0, ('F', 'C') : -1.6, 
('W', 'G') : -1.3, ('W', 'L') : -0.8, ('D', 'D') : 2.2, ('N', 'H') : -0.3, 
('S', 'Q') : 1.8, ('Q', 'P') : -0.6, ('N', 'L') : 0.8, ('W', 'K') : -1.1, 
('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'N') : -1.1, ('S', 'A') : 2.0, ('L', 'G') : -0.2, 
('W', 'S') : -0.8, ('S', 'E') : 1.8, ('L', 'K') : 0.7, ('H', 'E') : -0.6, 
('S', 'I') : 1.6, ('Q', 'H') : -0.5, ('H', 'A') : -0.6, ('S', 'M') : 0.6, 
('Y', 'L') : 0.5, ('Y', 'H') : -0.8, ('Y', 'D') : -0.4, ('G', 'G') : 2.2, 
('G', 'C') : -1.7, ('Y', 'T') : 0.3, ('W', 'C') : -1.8, ('Y', 'P') : -1.2, 
('T', 'K') : 1.2, ('R', 'N') : 1.2, ('A', 'A') : 2.2, ('W', 'A') : -0.9, 
('T', 'C') : -1.4, ('N', 'D') : 0.8, ('R', 'F') : 0.4, ('T', 'G') : 0.2, 
('V', 'L') : 2.0, ('V', 'P') : -0.6, ('P', 'E') : -0.1, ('M', 'C') : -1.6, 
('I', 'I') : 2.2, ('P', 'A') : -0.2, ('M', 'G') : -0.4, ('T', 'S') : 2.1, 
('I', 'E') : 1.5, ('P', 'M') : -1.2, ('M', 'K') : 0.4, ('K', 'F') : 0.1, 
('I', 'A') : 1.7, ('P', 'I') : -0.6, ('R', 'R') : 2.2, ('L', 'I') : 2.1, 
('F', 'D') : -0.3, ('D', 'C') : -1.7
}
risler = _temp()
del _temp


# http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/str.cmp
def _temp():
    return {
('W', 'F') : 2, ('L', 'R') : -3, ('I', 'I') : 6, ('Q', 'Q') : 6, 
('W', 'N') : -5, ('V', 'I') : 2, ('H', 'T') : -2, ('H', 'P') : -3, 
('W', 'V') : -4, ('Q', 'E') : 2, ('W', 'R') : -2, ('Q', 'A') : 0, 
('H', 'H') : 8, ('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -3, ('Y', 'M') : -1, 
('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('E', 'S') : -1, ('Y', 'A') : -3, 
('Y', 'Y') : 7, ('T', 'C') : -5, ('E', 'C') : -3, ('Y', 'Q') : -3, 
('E', 'G') : -2, ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 11, ('M', 'R') : -4, 
('P', 'T') : -1, ('V', 'E') : -2, ('P', 'P') : 7, ('I', 'T') : -2, 
('K', 'S') : -1, ('R', 'G') : -2, ('I', 'P') : -4, ('R', 'C') : -2, 
('A', 'T') : -1, ('K', 'K') : 5, ('A', 'P') : -1, ('V', 'M') : 0, 
('I', 'D') : -3, ('K', 'C') : -4, ('K', 'G') : -3, ('R', 'S') : 0, 
('F', 'Q') : -4, ('F', 'A') : -3, ('V', 'V') : 5, ('M', 'N') : -2, 
('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 2, ('F', 'I') : 1, ('F', 'M') : 0, 
('M', 'S') : -4, ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -6, 
('W', 'A') : -3, ('W', 'M') : -2, ('H', 'S') : -2, ('W', 'I') : -2, 
('S', 'C') : -4, ('L', 'A') : -2, ('L', 'E') : -4, ('W', 'Q') : -5, 
('H', 'G') : -3, ('Q', 'N') : 0, ('H', 'C') : -6, ('L', 'M') : 3, 
('W', 'Y') : 2, ('Y', 'N') : -1, ('E', 'P') : -1, ('Y', 'F') : 3, 
('E', 'T') : 0, ('A', 'A') : 4, ('I', 'N') : -3, ('G', 'A') : 0, 
('Y', 'V') : -1, ('E', 'D') : 2, ('W', 'H') : -3, ('Y', 'R') : -1, 
('M', 'Q') : 1, ('P', 'S') : -1, ('R', 'H') : 0, ('A', 'C') : -2, 
('R', 'D') : -2, ('K', 'P') : -1, ('L', 'D') : -6, ('K', 'T') : 0, 
('V', 'N') : -4, ('M', 'A') : 0, ('K', 'H') : 0, ('V', 'R') : -3, 
('P', 'C') : -8, ('M', 'E') : -2, ('A', 'S') : 0, ('T', 'T') : 5, 
('R', 'T') : -1, ('I', 'G') : -5, ('R', 'P') : -2, ('K', 'D') : -1, 
('I', 'C') : -4, ('F', 'R') : -4, ('F', 'V') : -1, ('L', 'C') : -6, 
('F', 'F') : 7, ('D', 'A') : -1, ('F', 'N') : -3, ('W', 'D') : -6, 
('L', 'P') : -3, ('Q', 'S') : -1, ('N', 'C') : -6, ('N', 'G') : -1, 
('H', 'N') : 2, ('W', 'T') : -5, ('Q', 'G') : -2, ('W', 'P') : -4, 
('Q', 'C') : -3, ('N', 'S') : 0, ('L', 'H') : -3, ('L', 'L') : 5, 
('G', 'T') : -3, ('M', 'M') : 8, ('G', 'P') : -2, ('Y', 'K') : -2, 
('Y', 'G') : -3, ('Y', 'C') : -6, ('E', 'A') : 0, ('E', 'E') : 5, 
('Y', 'S') : -2, ('M', 'P') : -6, ('V', 'C') : -4, ('M', 'T') : -2, 
('V', 'G') : -4, ('R', 'E') : 0, ('V', 'K') : -3, ('K', 'Q') : 1, 
('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -3, ('N', 'A') : -1, ('V', 'S') : -3, 
('M', 'D') : -4, ('M', 'H') : -2, ('K', 'A') : -1, ('R', 'Q') : 1, 
('K', 'E') : 1, ('F', 'S') : -3, ('I', 'K') : -3, ('D', 'P') : -1, 
('D', 'T') : -1, ('I', 'M') : 1, ('F', 'C') : -2, ('W', 'L') : -1, 
('F', 'G') : -6, ('F', 'K') : -3, ('F', 'T') : -3, ('D', 'D') : 6, 
('Q', 'T') : 0, ('W', 'G') : -4, ('Q', 'P') : -2, ('W', 'C') : -6, 
('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 0, ('Q', 'D') : 0, ('W', 'W') : 10, 
('V', 'L') : 1, ('L', 'G') : -5, ('W', 'S') : -5, ('L', 'K') : -2, 
('N', 'P') : -2, ('H', 'E') : -2, ('N', 'T') : 0, ('H', 'A') : -2, 
('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : 0, ('G', 'S') : -1, ('Y', 'D') : -3, 
('V', 'Q') : -2, ('L', 'T') : -3, ('G', 'G') : 5, ('G', 'C') : -6, 
('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -6, ('R', 'N') : -1, 
('V', 'D') : -4, ('K', 'R') : 2, ('V', 'H') : -2, ('I', 'Q') : -5, 
('V', 'P') : -4, ('M', 'C') : -5, ('K', 'N') : 0, ('V', 'T') : -1, 
('M', 'G') : -4, ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -3, ('M', 'K') : -1, 
('I', 'A') : -2, ('N', 'N') : 5, ('R', 'R') : 7, ('F', 'P') : -5, 
('L', 'I') : 2, ('I', 'S') : -3, ('D', 'S') : 0, ('L', 'S') : -4, 
('I', 'H') : -5, ('F', 'D') : -5, ('D', 'C') : -7, ('F', 'H') : -2, 
('D', 'G') : -1, ('F', 'L') : 2
}
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